Dr.ネファリウス
どくたーねふぁりうす
CV：山野史人
ラチェット&クランク3にて初登場。人類を恨み、全銀河ロボット化計画を企む悪の天才科学者。
キャプテン・クォークとは学生時代の同級生で、後述のVコミックにおける時系列では2度戦い、2度敗れている。かつては生身の体を持っていたが、胴体をサイボーグ化させたのちにクォークとの1回目の敗戦後に完全にロボット化した。
感情が昂ると頭がショートし、一時的に動けなくなるという変な癖がある。(この時大抵『ランスとジャニス』のような彼お気に入りの恋愛ドラマのワンシーンが勝手に再生され始めて周りに気まずい空気が流れる。)
頭に物理的な衝撃を受けると治る、というお決まりの流れがあり、その都度部下のローレンスを始めとした色んなキャラに頭を殴られている。
Vコミック（ラチェクラ3のミニゲーム）
2巻ではブラックウォーターにアメーバたちを放ち悪事を企てるもクォークによって阻止される。
3巻では自身の基地に忍び込んできたクォークと対決するも、敗れる。
4巻では「3」本編と同じロボットの姿で復活し、ロボ軍団をメトロポリスに放ち、クォークの抹殺を企むも、クォークとの2度目の直接対決にまたも破れる。しかしネファリウスを倒したことで油断していたクォークをローレンスがワナにはめ、5巻でクォークを自身の牢獄で拷問にかけようとするも脱出される。
ラチェット&クランク3
当初はティラノイドを利用し、ズガガ銀河襲撃を企てる。
その陰で全銀河ロボット化計画を着実に進めており、コートニー・ギアーズを利用して彼女とネファリウスとの関係性を探ろうとしたクランクを拉致させてクロンクとすり替えさせる、有機生命体をロボット化する「バイオブリタレーター」を使ってスキッドをロボ化するなど着実にコマを進めていった。
そしてラチェット&クランクとクォークが自身のクルーザーに忍び込んだ際にクルーザーを自爆させ、宿敵クォークをついに亡き者にした（とこの時点では思われていた）。
その後もバイオブリタレーターでティラノイドをロボ化するなどより強硬に作戦を進めていったが、惑星コーロスでエネルギー補給中のバイオブリタレーターをクランクによって破壊される。
その後本拠地マイロンでラチェットを迎え撃ち、最後はもうひとつのバイオブリタレーターに乗り込んで戦うも敗北。その後はテレポートにより小惑星の上で長い時を過ごす羽目になった。
ラチェット&クランクFUTURE2
「3」以来にメインの悪役として登場。
フォンゴイドたちに助けられたことによりついに小惑星での生活に別れを告げて完全復活。グレートクロックの存在を知り、ゾニーやフォンゴイドをだまして協力させヒーローが負け悪者が勝つ世界を作るために利用しようと企む。
最終的には自身の宇宙ステーションでラチェットと再び相対するも、ふたたび敗れてショート。荒療治でラチェットに殴られるも治らず、奇妙なダンスを披露しつつ完全に故障。そのまま宇宙ステーションに突っ込み爆散した。
ラチェット&クランクオールフォーワン
プレイアブルキャラとして登場。銀河大統領に就任したクォークを罠に嵌めて始末しようとするが、詰めの甘さが祟って自分まで巻き込まれた上にローレンスにも逃げられてしまい、一時休戦し渋々ラチェット達に同行する事となる。専用ガラメカとして「透明マント」が登場。
ラチェット&クランクTHE GAME(THE MOVIE)
本作ではデザインは多少違うがVコミック2・3巻のような生身の姿で登場。ビッグボス・ドレックお墨付きのマッドサイエンティストとしてブラーグの計画に参加するが、最終的にドレックを裏切り、彼をメルモシープで羊に変え、建造中の惑星に吹っ飛ばした。
その後の展開はゲームと映画版で異なり、ゲームではラチェット達との最終決戦で敗北し、デ・プラネタイザーのコアに飲み込まれて消滅。
映画ではデ・プラネタイザーから脱出したものの逃げ延びた先で謎のロボット集団によって無理やり身体を改造されてしまい、お馴染みのロボットの姿へと変貌する。
ラチェット&クランク パラレル・トラブル
今作でもメインの悪役(の1人)として登場。
惑星コルソンVで開催されたラチェットとクランクのヒーロー祝賀イベントに傭兵集団ゴロツキ商会(「2」や「INTO THE NEXUS」に登場したサッグ商会と同じ)を雇って襲撃。クランクが修復したディメンジョネイターを強奪し、途中トラブルこそあったものの「自分がヒーローに勝った次元」へと飛ぶ。
たまたま遠征に出ていた自分の並行同位体にしてその次元の銀河の支配者皇帝ネファリウスのフリをして皇帝軍を指揮し、ラチェット達や軍に刃向かうレジスタンス達を始末しようとする。
元の次元と違い数多くの優秀な部下に恵まれたおかげか、ラチェット達を尽く出し抜き、遂には彼らが新造したディメンジョネイターの奪取にも成功するが、ラチェットの並行同位体リベットとの戦闘でまたもやロンバックスにコテンパンにやられてしまう。
それどころか、(もう1人の)自分の噂を聞いて戻ってきた皇帝ネファリウスによって支配者の座から引き摺り下ろされた上に彼の銀河侵略の手駒として利用され始める。
皇帝の自分に媚び諂っていたものの内心かなり不服だったようで、皇帝とリベット達の最終決戦後、自分に命乞いする皇帝を「もう、2人もいらんのじゃよ」と突き放し、もう1人の自分の運命にトドメを刺す。
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