直接には戦闘に加わらないで，特別な任務を担当する艦船の総称。
日本海軍では､工作艦・運送艦・測量艦・砕氷艦などが特務艦に類別された。
太平洋戦争前の日本海軍は海上護衛戦を軽視しており、にもかかわらず戦線を太平洋各地に広げてしまったため、多くの特務艦は味方の援護を得られない状態で輸送に哨戒任務にと酷使され、次々と戦没。海軍は輸送船の不足を補うため国内の商船を根こそぎ徴用した上、陽炎型・夕雲型などの新鋭の一等駆逐艦まで輸送に駆り出す有り様となった（こういったわけで戦時中の船員の死亡率は軍艦乗組員以上に高く､日本の船乗りたちには海軍は 非常に恨まれている）。
開戦時から終戦まで生き延びられた特務艦は「宗谷」や「大泊」などほんの一握りに過ぎない。
現代では、この種の艦船は洋上補給を任務とするものを中心に支援艦船と呼ぶことが多い。
日本海軍の有名な特務艦
標的艦
運送艦
- 能登呂 (後水上機母艦に艦種変更。改造後も給油機能を持たされていた)
- 神威 （能登呂同様に給油艦から水上機母艦に改造）
- 第9号輸送艦（大戦中に大量建造された高速輸送艦「特務艦特型」の一隻。非常に危険な強行輸送任務に投入され 、戦闘機や駆逐艦などとも交戦しながらも、多数の輸送任務を成功させる抜群の功績を挙げた。戦後まで残存し、引揚船を経て大洋漁業に供与され捕鯨船母船になるという数奇な運命をたどった）
測量艦
- 大和（元はスループ。海防艦を経て測量艦となる。昭和10年退役。少年刑務所の宿泊船として二代目「大和」が沈没した戦後まで海に浮かんでいた）
- 勝力（敷設艦として日本で初めて建造された艦船。第二次大戦前に測量艦に艦種変更。）
工作艦
給糧艦
給兵艦
砕氷艦
雑用艦
- 宗谷（海軍が大泊の代船として購入した砕氷船だが、多目的支援艦として運用され、人員及び物資の輸送・測量・海洋調査・気象観測・威力偵察・掃海・潜水艦掃討・上陸支援など非常に多岐にわたる任務に従事した。結果として多くの激戦に巻き込まれたにもかかわらず、太平洋戦争の開戦から終戦まで生き残った。戦後は南極観測船・巡視船の重責を務め、海軍艦艇で唯一、船として現存する）
