バーチャルコンソール

ファミコンタイトルの場合はリセットで電源投入時に戻るものが大半であるが、中には「サマーカーニバル'92烈火」のようにリセットしても一度クリアした状態のままになってしまうものがあり、初期状態に戻らないケースがある（烈火の場合は一度クリアするとリセットしても難易度の高い裏面モードのままになってしまう）。

その場合はVCを起動中に3DSの本体電源ボタンを一回押してソフトの強制終了を行う必要がある。

プレイ自体にはさほど影響はないタイトルでは、一例としてFF3の電源投入時に流れてくるストーリーテロップもこの方法で見ることができる（リセットするとセーブデータファイル選択画面に戻るため）。これらの原因は原作におけるファミコンの電源が入ったままの状態でバーチャルコンソールのシステム内で保持されていると見なしているからだと思われる。

ゲームボーイタイトルは通信対戦可能なタイトルは何故か通信対戦が再現されずに一人プレイしかできないようになっているのがほとんど。恐らく、3DSとGBとで通信方法が違う（それぞれワイヤレス通信とケーブルの接続）ための対応と思われる。特別な例として、ポケモン赤・緑・青・ピカチュウとポケモン金・銀・クリスタルのみ通信機能が再現されている。その代わり、まるごとバックアップなどの便利機能は持たない。

New3DS

New3DSでは初代の3DSに加え、スーパーファミコンのVCまでプレイできるようになった（初代の3DSがスーパーファミコンに非対応なのは、本体の処理能力の差があるためと思われる）。

再現性

現在は画面の激しい点滅や、差別用語などで問題のある作品も多々あり、そういった作品の点滅表現や差別表現、ゲームシステムに関わる重大なバグは削除ないし修正されるが、基本的には原作を忠実に再現している。

またポケモンスナップのように、新たなシステムを組み込んだ、アッパーバージョンとして移植される場合もある。

例

ロックマン2　Dr.ワイリーを倒した時の点滅が低減。これ以外のソフトでも点滅部分は回数が減らされたりブラックアウトしたりする修正が施されている。
ソーサリアン　「かんごふ」が「ナース」に、「こじき」が「むしょく」に変更
たけしの挑戦状「どじんのいえ」が「げんちのいえ」に変更
ふぁみこんむかし話新・鬼ヶ島　「じょしだいせいねずみ」が「じょしこうせいねずみ」に変更
ソニック＆ナックルズ　他のＭＤゲームと合体する事が出来るロックオンシステムをメニューから再現可能に
MSXグラディウスシリーズダブルスロットを利用した隠し要素がメニューで選択可能となっており、使用の有無が再現されている。特にMSX版沙羅曼蛇はダブルスロットでグラディウス2がないと真のエンディングが見れない為この機能が必要だったと思われる。

配信終了

期限が過ぎる、契約終了などにより配信終了となってダウンロードできなくなることもある。