ストーリー
イレギュラーハンターとして復帰したゼロは第0特殊部隊の隊長となり、エックスらと共にイレギュラーの掃討を続けていた。その頃、科学者型レプリロイドであるドップラー博士は研究によって、イレギュラーの原因は「シグマウイルス」と呼ばれる特殊なプログラムであることをつきとめ、その抗体ウイルスを開発した。その結果イレギュラーは消え、世界には平和が訪れた。更にドップラー博士は人間とレプリロイドが共存する平和都市「ドッペルタウン」を作ると宣言し、人間、レプリロイド双方の多くの支持を得るまでに至った。
しかし数ヵ月後、ドップラー博士の抗体ウイルスを注入されたレプリロイド達が突然反乱を起こした。しかもその指揮をとっていたのは、あのドップラー博士だという。イレギュラーハンターは博士をイレギュラーと断定し、エックスとゼロにも出撃命令が下った。
制約付きのサブキャラとしてではあるが、ゼロがX~ゼロ~ゼクスのシリーズ中で初めて使用可能となった作品である。