概要
王立惑星カノンのシンボルたる巨大な樹。これを失うとカノンに滅びが訪れるとされる。
その種は地球にも存在しており、これを木が描かれた聖櫃と共に海底遺跡から発掘した森脇翔平はカノンの女王アマテと精神感応を起こし、感情のリンクが起こるようになる。以降、脳の進化を起こして同調が進み、アマテの名前を突然叫んだり、病室のシーツにマジックのインクを溶かして命の木を描いたりと奇怪な行動をとるようになってしまう。科学者の青井洋介は聖櫃に描かれたこの樹を北欧神話に登場する世界樹イグドラシルではないかと推測していた。
カノンの王族に伝えられる神話によるとこの木の実が宇宙に知恵を与え、木を守るものである戦神と、滅ぼすものであるクイーンベゼルブを生み出し、両者が出会う時世界に変化が訪れるとされる。
出現したクイーンベゼルブが対話を求めていると思い込んだアマテは、その世界を「誰とも争うことがない新しい世界」と考えるようになるが、その実態はクイーンベゼルブが戦神に注入したクグツが体内で過剰生成され、クグツが宇宙中に拡散し、宇宙中の「知恵」を失わせることである。その様相は知恵によって生み出されたモノや痕跡全てが滅し、知恵を失った人間が呻き蠢くだけという地獄絵図でしかなく、ベゼルブを裏から操っていたサイキも望んでいない最悪の世界であった。
episode.7にてジャグラスジャグラーによって切り倒され、倒れそうになった幹も戦神によって実もろとも消し去られてしまった。
その危険を感知して翔平が発掘した木の種も芽吹き始め、察知した各勢力は地球へと向かうことになる。高山我夢は7万光年離れた翔平とアマテの同調が芽吹くトリガーになったと推測し、それを「奇跡」と評した。しかし急速に芽吹きすぎたことで都市のインフラを破壊したため、防衛軍が出動し木を破壊しようとしたが、5大ウルトラマンたちは全ての人に木の価値を理解してもらうのは不可能と判断し、干渉しなかった。防衛軍のこの行動は、ベゼルブとクイーンベゼルブの襲来により未遂に終わった。
その後、サイキはクイーンベゼルブと合体してサイクイーンに変貌し、命の木を消そうとし、ベゼルブとクグツ怪獣達をも動員して総攻撃を開始するが翔平の力により、実がなり、その実によってクグツ怪獣は解放され、サイクイーンもウルトラマン達に倒された。
その後
『ウルトラマンZ』にてヘビクラ・ショウタことジャグラーがストレイジ基地内で育てていた盆栽はこの命の木の若木であること、第24話でナツカワ・ハルキに「昔大きな木を切り倒した」とこの出来事を説明していた(しかしハルキは愚かウルトラマンゼットにはまったく意味が分からなかった模様)。
超全集収録の前日談小説『ジャの道は蛇』ではカノンは大きく近代化してしまい、命の木がかつてあった場所はショッピングモールになってしまっているという。
余談
海底遺跡から命の木の種が発掘される、それに触れたことによって人外（カノン人のアマテ）と交信するという展開は、監督の小中和哉が兄の小中千昭と共に構想していたガメラのリメイク案からとられたと思われる。
