貨物を除く旅客6社（JR北海道、JR東日本、JR東海、JR西日本、JR四国、JR九州）について記す
会社順はいずれも下りの起点駅からとする
※なお直通運転にてJRを路線は含まない。
(JR東日本、東海道線の御殿場線直通やJR東海、飯田線の中央本線直通など。)
3社にまたがるもの
駅名は境界駅
東海道本線 熱海駅、米原駅 東日本、東海、西日本
2社にまたがるもの
| 路線 | 境界駅 | 運営するJR会社 |
|---|---|---|
| 山陽本線 | 下関駅 | 西日本、九州（関門～門司間のみ） |
| 中央本線 | 塩尻駅 | 東日本、東海 |
| 関西本線 | 亀山駅 | 東海、西日本 |
| 紀勢本線 | 新宮駅 | 東海、西日本 |
| 高山本線 | 猪谷駅 | 東海、西日本 |
| 大糸線 | 南小谷駅 | 東日本、西日本 |
| 本四備讃線（瀬戸大橋線は通称） | 児島駅 | 西日本、四国 |
津軽海峡線 中小国駅 瀬戸大橋線同様、こちらも通称であり、正式路線名としては中小国駅で津軽線(東日本)と海峡線（北海道）で別れており厳密に会社間をまたがってるわけではない。なお北海道新幹線は青森駅から北海道の管轄となる
東海道新幹線と山陽新幹線は会社的にも路線的にも新大阪駅が境界駅であり、会社間はまたがっていない。また山陽新幹線と九州新幹線も同様に博多駅が境界駅となる。
