G1
サイバトロンのリーダーが代々受け継いできたクリスタル状のパーツ。歴代のリーダー達の魂（スパーク）が宿っており、「英知の結晶」と呼ばれている。
受け継ぐ素質のある者がいない時期は、セイバートロン星の長老であるアルファートリンが保管していた。
900万年前、彼がオライオン・パックスを初代コンボイへとリペアした際、その胸へと埋め込んだ。
ユニクロンは、このマトリクスから発せられる霊的な光「サイバトロンのエッセンス」を唯一の弱点としており、ガルバトロンに破壊を命じた。
因みにデストロンには、マトリクスに当たるパーツは存在しない。
なおアニメでは『ザ・ムービー』から登場した後付け設定である為、アニメ第1シリーズでは名前を含めて一切登場していない。
但し第1シリーズと並行して展開されていたアメコミ版では、トランスフォーマーに魂を与える事のできる「クリエーション・マトリクス」という物が登場しており、これがアニメ版マトリクスのアイディアの元になっている。
その後のシリーズでは
初代アニメシリーズのオフィシャルな続編である『ビーストウォーズメタルス』にも登場。初代コンボイのスパークが一体化していると説明された。
これを体内に一時収納したビーストコンボイを、パワードコンボイに変化させている。
国内版アニメシリーズでは、サイバトロンの各司令官が「太陽エネルギー・マトリクス」）「ウルトラマトリクス」（ジンライ）「エネルゴンマトリクス」（ライオコンボイ、ビッグコンボイなどといったパーツを「司令官の証」として所有しているが、これらは本来のアニメの作品世界には存在しないものである。
実写
『トランスフォーマー・リベンジ』にて初登場。
オールスパークから派生したリーダーの証であり、「リーダーのマトリクス」と呼ばれている。
その正体は、恒星を破壊してエネルゴンを得る機械を作動させるための鍵だった。
プライムの一人、フォールンに悪用されないようにするため先代のプライム達が命と引き換えに封印された。
「勇気ある者」だけが手にすることが出来る。
サムはこれを見つけ機能停止したオプティマスプライムを蘇らせた。
『トランスフォーマー・ダークサイドムーン』ではオプティマスによりセンチネルプライムの蘇生に使用された。
プライム
オライオンパックスが戦争で汚染されたサイバトロン星の最深部に入った時、プライマスに託された。これにより、オライオンは最後のプライム、オプティマスプライムとして生きていくようになる。それ以後の記憶はマトリクスの英知に刻まれていたのか、ガイアユニクロン封印の際に記憶を無くしてしまい、オライオンに戻ってしまった。
また、アイアコンの遺産マトリクスセイバー（原語名スターセイバー）は、マトリクスの力に反応するという事が述べられている。
余談
ホットロディマスがロディマスコンボイになる際老け顔になってしまった事や、
コンボイがよく高所から落ちる事から、「老け顔と落下のスキルを受け継ぐ」というネタが
あったりなかったり…
