京都編開始時点で神谷道場の門下生が増えており、神谷活心流が復興している。
安慈と左之助の東山道での邂逅がカット。
張の主な武器が、原作ではあっという間に潰された連刃刀になっている。まあ、薄刃太刀を実写で再現しても単なるムチになってしまうだろうし。
京都篇では伊藤博文が志々雄潰しに躍起になっている。
翁が最終的に死亡する。
剣心が志々雄を欺くべくわざと処刑されに向かうオリジナル描写が追加。この際に、方治が読み上げる抜刀斎の犠牲者の中に今後の伏線が含まれている。(おそらく、この時点で人誅編と追憶編を実写化することが検討されていた模様)
戦艦煉獄は原作と違い志々雄一派との最終決戦の場となる（実は原作でのボツ展開）。
原作では剣心や斎藤と「連戦」した志々雄が、なんと剣心・左之助・斎藤・蒼紫の4人がかりでも互角に渡り合う。
半面、十本刀は方治、宗次郎、安慈、張以外はほとんど目立たない。不二や夷腕坊の再現が難しいからであろう。

人誅編/The Final

前掲の通り戌亥番神と外印は既に捕まっているので未登場。戌亥番神の代わりに、乾天門が登場。
冒頭にて、横浜駅で縁が斎藤ら警官隊と交戦している。（逮捕されるも治外法権により釈放）
前川道場と浦村家襲撃は上野山からの赤べこ砲撃（夜半）のわずか数時間後（早朝）と大幅に前倒しされている。足の速い連中である。（もしかしたら気球を使ったのかもしれない）
乙和が常にハイテンションな哄笑を浮かべ顔中に平安貴族のごとく白粉を塗りたくるなど、「鎌と梅花袖箭を使う」以外で原型が残っていないほどキャラが異なる。おまけに同士の中では最初の脱落者となり、『The Beginning』の伏線と思しき末路を辿る。
潜入捜査に向かった張が（欲の皮が張ったせいで）縁に発見され、ボコボコにされている。
人誅による破壊活動が原作よりさらに大掛かりであり、もはや上野戦争や佐賀の乱レベルの「内戦」となっている。
呉の手下たちが外印に始末されないので、その戦力が斎藤ら警官隊との戦闘に投入され、更に別動隊が上記の「人誅」に参加している。その為、原作では京都編以降激減した「剣心VS敵戦闘員軍団」という殺陣が本作では数多見られる。
原作では6人全員での神谷道場襲撃は、映画だと上記の通りのテロに他メンバーが動員されているため、それを囮にした縁がたった1人で乗り込んで制圧してしまう。
外印が登場しない影響（あと尺の都合）からか、薫の人形が登場しない。
剣心が廃人にならないのでオイボレが未登場となり、落人村や鯨波脱獄のエピソード、信州編が丸ごとカット。鯨波に関しては、武器もグレネードランチャーではなくどこぞの人撃ちガトリング斎よろしくマシンガンになっている。
蒼紫が人命救助の際の負傷で戦線離脱し、以降は操のアクションが原作に比べ爆増。
縁と黒星が孤島のアジトに向かうシーンがカットされ、最初のアジトである六角館が最終決戦の場となる。
八ツ目が地面に潜ったりしない（そりゃそうか）。
原作では登場しない宗次郎が人誅編にも登場、剣心と共闘する。…まるで別のジャンプ漫画の実写版である。
原作だと、縁は最終的に逮捕されるものの刑務所から脱走したが、実写版は逮捕されたまま。