時は1998年10月31日。アーネスト・ディアズ会長を筆頭とする「ネオダイン・インダストリー（NDI）社」は、次世代通信を担う新事業として、「スターライン・ネットワーク」計画の発足を表明。来月にも、その事業に供用する64基の低軌道周回通信衛星の打ち上げを行うと発表した。
だがこの報道から3週間後、「その実態が通信衛星ではなく、NDI社が世界征服のために用いる核兵器搭載軍事衛星である」との報告が国際特殊諜報機関「VSSE」のもとに届く。
VSSEは急きょ、同社にクリスティー・ライアンをスパイとして潜入させ、この件に関する情報収集を行わせる。クリスティーは情報を入手したが、リークしている現場を同社の軍事部隊に発見され、拘束されてしまう。
VSSEは現地に凄腕工作員のキース・マーティン、ロバート・バクスターのコンビを派遣。彼女の保護と情報の受け取りを指示した。

キャラクター

味方キャラクター

キース・マーティン

1Pの主人公。
コードネームはケルブ（Cherub：智天使）。27歳。
イギリス人のVSSEエージェントでSAS出身。赤いジャケットを着用している。
表向きの仕事は映画製作スタッフ。爆発物に長けている。
家庭用版のクライシスミッションの主人公でもある。
のちにタイムクライシス5にも登場する。

ロバート・バクスター

2Pの主人公。
コードネームはグリフォン（Griffon）。29歳。
キースの相方のVSSEエージェント。アメリカ人でNavy SEALs出身。青いジャケットを着用している。
乗り物の運転スキルが高く、ゲーム中ではヘリを操縦するシーンもある。
表向きの仕事はスクールバスのドライバー。
キースより背が高い。作中はキースよりも先に行動しており、合図を出す回数が多い。
キースと同じく、タイムクライシス5にも登場。

クリスティ・ライアン

VSSEのスパイとしてNDI社に潜入していた女性。情報をリークしていたところをNDI社の一行に発見され、拉致されてしまう。終盤ではVSSEエージェントたちとともに救出された。

敵キャラクター

ヤコフ・キニスキー

ロシア系の白人でステージ1のボスキャラクター。かん高い声が特徴。冒頭のムービーでクリスティーを拉致し、彼女のノートパソコンを奪って逃亡をはかった。
軍事部隊やトレーラ、戦車まで利用してVSSEたちを足止めするも最後は銃撃で倒れ、乗っていたクルーザーが川沿いの家に激突して爆散。死亡したものと思われる。

バフ・ブライアント

アメリカ系黒人でステージ2のボス。ガトリングガンやミサイルの振り回しで攻撃してくる。
終盤でヘリに乗りこんでガトリングガンを発砲してくるが、最後は銃撃で倒れたショックでヘリの天井を撃ちぬいてしまい、そのまま爆散。

ワイルド・ドッグ

犯罪組織「ワイルド・ドッグ」のリーダーだった人物で、正体不明の殺し屋。
前作でリチャード・ミラーに敗れ、組織は壊滅させられ自らも左腕を失う重傷を負うが、生還し今作ではNDI社に雇われている。
左腕は義手だが改造手術を施されており、ゲーム中ではガトリングガンとして使用している。
また副武装としてモーゼルC96も使用。
ステージ3-2ではディアズとともに共闘し、パンチやキックなど体術で攻撃してくることもある。
最後はVSSEたちに追いつめられ自爆。

アーネスト・ディアズ

アメリカ系の元軍人で、今回のストーリーの黒幕。ネオダインインダストリー社の最高責任者。
世界征服の野望に燃え、自らの開発した核軍事衛星をロケットに搭載して打ち上げる計画を企てていた。ゲーム中では部下の立場であるワイルドドッグや敵対するVSSEたちに対し敬語口調で話しかけるなど、紳士的なふるまいを見せる。
ステージ3-2ではロケットランチャーを装備しワイルドドッグとともに攻撃してくる。
3-3序盤ではロケット発射台のエレベーターに搭乗し、クリスティを盾にして攻撃してくる。
終盤で自らが開発した軍事衛星のプロトタイプに乗りこみ、VSSEたちに最後の戦いを挑むが、最終的には衛星は破壊されたあげく本人も銃撃で力尽き、そのままロケット発射台へと転落し爆散。
破損したロケットはNDI社の建物ごと爆発四散した。

敵兵

青兵

もっとも出現率の高い兵士。青い戦闘服を着用し、ハンドガンで武装している。目出し帽をかぶっているため顔は判別できない。防弾チョッキを着用しているが一撃で倒せる。
ステージ1-2ではたるを投げてプレイヤーを妨害するものもいる。
命中率は低い。

赤兵

赤い戦闘服を着用した兵士。命中率がとても高く、出現時に撃つ弾は100％命中弾である。

黄兵

得点兵とも。黄色い戦闘服を着用している。
直接戦闘に参加することはほとんどなく、はるか遠くの背景に一瞬出現した後すぐ隠れたり、画面を一瞬横切ったりなどプレイヤーの意表を突いた行動をとることが多い。
倒すと高得点が得られる。

茶兵

茶色い戦闘服を着用した兵士で、かならず2人一組で登場する。命中率は低い。
どちらを最初に倒したかによってその後の行動が分岐する。
1人プレイ時にしか出てこない。

隊長兵

白い戦闘服にヘルメットをかぶり、背中に通信機を装備した兵士。命中率がやや高め。

マシンガン兵

迷彩服を着用した兵士。連射性のあるサブマシンガンを装備しているため命中率も高い。特定のポイントでは彼らの装備していたサブマシンガンを奪い戦うことになる。

ナイフ兵

トリッキーな動きでナイフを投げたり直接切りかかってくる兵士。ナイフは撃ち落とせないため注意。

手榴弾兵

手りゅう弾を投げてくる兵士。ただし1発投げた後はハンドガンで攻撃してくる。

ロケットランチャー兵

ロケットランチャーで攻撃してくる兵士。命中率は高い。ステージ1-3でトラックから出てくるものは2発攻撃をあてないと倒せない。

水中兵

ステージ1-3のみに出現。水中服とゴーグルを身に着け、背中にはジェット噴射装置を装備している。水中から飛び出し両腕のカッターで斬りつけてくるほか、直接プレイヤーの乗るボートにはい上がって斬りつけてくることも。
倒さなくても次のシーンに進むため無視してもかまわない。

登場兵器

トレーラー

ステージ1-1に登場するNDI社の黒い軍用トレーラーで、一度に大量の兵士を運ぶことができる。
ゲーム内ではヤコフが運転し、横転させながら広場に乗りつけるのが確認できる。
直接車体を撃っても破壊することはできないが、乗っていた敵兵を全滅させると爆発炎上する。

モーターボート

NDI社のモーターボート。プレイヤーが乗ってヤコフのクルーザー（後述）を追跡する。吹きさらしの簡素な構造だが、防弾装備がなされているため敵の銃撃にも耐えられる。敵兵もこれに乗ってプレイヤーに攻撃してくる。

クルーザー

ステージ1-3でヤコフが逃亡をはかる際に乗りこんだクルーザーボート。後部には2基のガトリングガンが装備されており、これでプレイヤーを狙ってくる（破壊可能）。モーターボート同じく、防弾装備のため直接船体を撃っても破壊することはできない。

戦車

NDI社の所有する戦車。厳密には装輪式のため装甲車といったほうがいいかもしれない。
ステージ1-2と2-1で登場し、前者は機関銃、後者はロケットランチャーを装備して攻撃してくる。
ロケットランチャーを装備したタイプは木をなぎ倒して攻撃してくることもあるが、隠れていればやり過ごせる。砲塔部分を集中攻撃すればすばやく倒すことができる。

ヘリコプター

NDI社の軍用ヘリコプター。
ステージ3-2で集団で現れ、ロケットランチャーを武装して攻撃してくる。
攻撃は機体のどの部分でも有効だが、操縦席を撃つと速攻で撃墜することができる。
ステージ2に登場するものは破壊することはできない。
ボスのブライアントが途中これに乗って空から攻撃してくるほか、ムービーでは主人公たちが敵兵からこのヘリを奪ってNDI社へと向かうのも確認できる。