我が船長、最後の挨拶
わがせんちょうさいごのあいさつ
フリントの遺産（イベントスタート）
宝島の海岸を訪れた、海賊ジョン・シルバー。彼は海岸から「とっておき」を掘り出すと、あることを画策し始める。
ジョン・シルバーがふたたび現れたことを知り、宝島を訪れた一行とジム・ホーキンズはシルバーの行方を追う。だがそんな一行の前に、豆の木が現れる。大木を登ったらしいシルバーはフリントの遺した武器を手にしているという。一行もすぐに後を追うことにするのだが…。
ジョン・シルバー船長（クエスト1開始 / クエスト1終了）
開幕：大木を登り始めた一行だったが、シルバーの姿は見つからない。ヴィランにやられたわけではないと考えるタオだったが、そこへフリントの遺産である「大砲」を抱えたジョン・シルバーが現れる。一行に狙いをつけたかに見えるジョン・シルバーだったが、その真の狙いは襲い掛かってきたヴィランたちであった。すぐに一行とシルバーは共闘することになるのだったが…。
終幕：ヴィランを倒した一行とジョン・シルバー。シルバーは一行の素性を知り、自分の手伝いをさせることにする。同行をすんなり認めるシルバーに、クロヴィスは警戒心を募らせた。シルバーの思惑がわからないまま、シルバーを筆頭にした一行は天の頂を目指し、“出航”する。
成長の水（初の帰還）
地上の家に戻ってきた一行とジョン・シルバーだったが、そこに現れたジムに、シルバーは問い詰められる。ジムの真剣な態度を見て、シルバーもからかう態度を止め、真摯に自分の思いを語る。そしてエクスの説得もあり、ジムも人払いを約束する。栄光を掴むために進み始めるシルバー。手に入れた“成長の水”の最初の使い道は―――
ラム酒にはかなわない（天空ヒーローの初Lvアップ）
“成長の水”を「ひどい味」と切り捨てるジョン・シルバーはラム酒のよさについて語り、栄光を掴んだ暁には一杯やろうと誘い出す。未成年の飲酒は禁止、と怒り出すレイナだったが…。
夢に呪われる性分（豆の木の初Lvアップ）
成長する大木を見上げながら、ジョン・シルバーは別の想区にいる自分のことについて言及する。そして別の想区のシルバーもフリントの宝を追っていたと聞き、あることを呟くのだった。
操舵手の仕事（ヴィランの復活）
豆の木の敵を倒して進む一行だったが、倒したはずの場所にもヴィランが復活する。この豆の木の冒険をやり遂げるには、体力を温存し、帰るときを見極めなければならない。そこでジョン・シルバーが語ったことは…。
ジョン・シルバーの試練Ⅰ（第1 の試練開始 / 第1の試練終了）
開幕：枝葉のある場所に着いた一行だったが、そこへヴィランが立ちはだかる。訪れた試練に、ジョン・シルバーは一人で立ち向かう。
終幕： ヴィランたちに勝利するジョン・シルバー。一行の出迎えを受け、シルバーは不敵に笑いながら、次の試練に思いを馳せる。
ジョン・シルバーの試練Ⅱ（第2の試練開始 / 第2の試練経了）
開幕：第二の試練に挑む、ジョン・シルバー。シェインはそんなシルバーを見送りながら、ふとある疑問をタオにぶつける。それは……。
終幕：勝利したジョン・シルバーを出迎えたシェインは大砲への憧れをますます強くする。引退したら譲るというシルバーの言葉に喜ぶシェインだったが、タオはその言葉を信じていなかった。タオの言葉に、シルバーははぐらかした態度で応じる。
ジョン・シルバーの試練Ⅲ（第3 の試練開始 / 第3の試練終了）
開幕：ついにジョン・シルバーは最後の試練に挑む。シルバーをヴァイキングと一緒にするクロヴィスに、ヴァイキングとの違いを語るシルバー。そして自慢の大砲を抱え、ヴィランたちのもとへ向かう。
終幕：最後の試練に勝ったジョン・シルバー。クロヴィスはそれを大砲頼りの戦法と切り捨てるが、勝利のためなら手段を問わないシルバーの哲学に、少なからず共感する。そしてシルバーはそんなクロヴィスと、彼の手綱を引くエクスにも一目置くのだった。
雲の上の怪物（クエスト50開始 / クエスト50終了）
開幕：雲の上でクイーン・バイオラと対峙したジョン・シルバーと一行。そのまま一行とシルバーはクイーン・バイオラ戦に挑む。
終幕：クイーン・バイオラを倒した一行。強敵を倒し、ジョン・シルバーは疲労し、年には勝てないと嘆く。そしてこんなときフリント船長ならどうしたのかと思いを馳せる。しかしクロヴィスやエクスの言葉で、いまは自分が船長であることを改めて実感し、後半戦も踏ん張ることを決意するのだった。
フリントの計画（豆の木が最大まで成長）
大木が天の頂に到達して現れた“大木の使者”。それはなんと死んだはずのフリント船長だった。
ジョン・シルバーはフリント船長の姿を目にして、なぜ自分に『魔法の豆』が渡されたのかを理解する。それは『運命の書』にも記されていなかったシルバーとフリント船長の勝負を実現させるためだった。シルバーはジムやエクスたちの励ましを受け、天の頂を目指す。フリント船長との決着をつけるために。
死人の箱には十五人（クエスト100開始 / クエスト100終了）
開幕：天の頂にたどり着いた一行。そこでジョン・シルバーはフリント船長と対峙する。仲間への感謝を口にするシルバーを見て、フリント船長はシルバーに対して抱いていた憎しみを口にする。お互いの因縁に決着をつけるべく、シルバーと一行、フリント船長の対決がここに始まる。
終幕：フリント船長はジョン・シルバーとの対決に敗北する。戦いで散ることができなかった生涯を悔やむフリント船長だが、シルバーはフリント船長の宝をすべて奪うまで再戦することを誓う。戦いは終わったが、まだシルバーは栄光を掴むには至っていない。それでもついてくるという一行の後押しを受け、シルバーは次の戦いに思いを馳せるのだった。
