研究者(エイジ)から、謎の組織に囚われた少女を救い出す事を依頼された運び屋の男タクヤ。その少女は3年前に発生した消滅(ロスト)から唯一生還した少女だという。そしてタクヤは謎の組織の施設に侵入し、少女ユキを救出するも逃亡中にタマシイと呼ばれるものの追跡に遭ってしまう。しかし、そこで彼が見たものはそれと同じタマシイと呼ばれるものを召喚し、追っ手のタマシイと戦うユキの姿だった。

無事、追っ手を引き剥がし依頼主である研究者の元へユキを送り届けたタクヤは、彼からもうひとつ依頼を受ける事になる。それはユキを3年前に消滅した都市「ロスト」に連れて行くというものだった。

第1章「仲間を探して」

「ロストで待っている」消滅したはずのユキの父から届いたメッセージ、その言葉を手がかりにタクヤとユキはロストへと向かう。その最中、タクヤは”謎の組織”と対峙していく中で、それに対抗する為に昔の知り合い達の助けを借りるべく”仲間”を集めていく。

1話『情報』

追っ手のタマシイと戦ううちにユキから「タマシイはロストで消滅した人の想い」「タマシイを召喚するには消滅した人の詳細なプロフィールが必要」という事を聞かされる。それを知ったタクヤは、呼び出す事のできるタマシイを増やし戦力を強化する為、消滅した人々の個人情報を入手するべく古い知り合いのヘッドハンターの元を訪れるのだった(ガチャシステム解禁)。

2話『拒絶』

再びロストへ向かう最中、タクヤは研究者から謎の組織に盗まれたユキの父の研究データの奪取を依頼される。ネットを介して情報を取り出すべく、タクヤは友人のギークの協力を得る為彼の元へ向かう。

ギークはタクヤの指示通り謎の組織からデータを盗み出しタクヤに渡すが、大事に巻き込まれる可能性に恐怖を感じ”ロストから生還した少女のユキ”に対して拒絶的な発言を取ってしまう(タマシイ強化システム解禁)。

3話『内通』

しかし、入手に成功したユキの父の研究データの一部が欠落している事が判明。研究者が謎の組織に内通者を送り欠落したデータの奪取を頼み、タクヤ達はその内通者と合流するべく動き始める。だが、合流地点でタクヤ達が見たものは組織の人間によって始末された内通者の死体だった。幸いデータは内通者が殺害される前に口の中へ隠していた為、入手に成功したがこのような残虐な場面を目の当たりにしたユキは衝撃を受けていた(タマシイ進化システム解禁)。

4話『再会』

謎の組織の強大さを認識させられたタクヤは、探偵時代の同僚であるリサーチャー(ユミコ)に協力を仰ぐべく彼女との合流を目指す。その最中、タクヤはユキになぜ探偵グループを抜けたのかを聞かれ、タクヤは「その時大きな案件を任されていたが突然上の人間が手を引き、その責任を全て押し付けられて追い出された」と話した。

紆余曲折あってリサーチャーと合流するが、彼女が所属し続けている探偵グループはその謎の組織と繋がっており、ユキを引き渡す事を条件にタクヤを再びグループに迎え入れる事を提案してきた。タクヤは当然これを拒否、リサーチャーとの決別を宣言する。

たが、タクヤのそのような生き方に好感を持っているリサーチャーはその直後に探偵グループを辞め、タクヤ達に協力するのだった。

5話『救出』

一方その頃、システムに侵入したとして謎の組織によって捕らえられてしまったギーク。それを知ったタクヤ達は彼を救出する為、ギークが囚われている廃墟に急行する。そしてたどり着いた廃墟には無事なギークと横たわって殺害された組織の黒コートがおり、ギークの話によれば黒コートは突然やってきた”少年”によって殺害されたという。

6話『少年』

ギークとも話をつけ、協力を得る事に成功したタクヤ達は”少年”を避けるルートを通りロストを目指す。タクヤはそこで以前話していた探偵時代に調査していた大きな案件が、その”少年”の調査だった事を明かす。”少年”は不思議な力で政府の要人を次々と暗殺し、噂ではユキと同じようにロストと繋がっているとも言われているらしい。そして現在、その”少年”からタクヤ達の進行ルートは筒抜けになっており、タクヤ達はとうとう”少年”と対峙する事になる。しかしその”少年”の正体は3年前に消滅したはずであったユキの弟「ソウマ」だった。

タクヤはソウマを退けた後、研究者から話を聞きユキとロストが深く繋がっている事、ロストが広がり続ける事でユキの生命力も奪われ最終的に命を落とす事実を知る。これはユキ自身も知らない事実だった。

第2章「進化」

ユキは何としてでも父親をロストから救いだしたいと願っている、たとえそれが契約を受けているタクヤを犠牲にした事だとしてでも…

7話『秘密』

“少年”の正体が実の弟だった事に困惑するユキ。そして2人はロストが発生した時、その近くにいたにもかかわらずその時の記憶が一切思い出せない事に気がつく。更にユキはロスト後に父と何度か連絡をしている事も判明。これまで”謎の組織”から奪取してきたタマシイについての研究データもユキの父によってロスト後に送られてきたものだったのだ。しかし「ロストで待っている」というメッセージ以降連絡が途絶えた為、ユキはロストに向かわなければならないという。

一方ソウマはタクヤ達がロストにたどり着くのを阻止するべく、次々と進化させたタマシイをけしかける。

しかし、ことごとく進化させたタマシイを退けられ、焦り始めるソウマの前に彼の上司であるタイヨウが現れる。そしてソウマに「傷つく事も恐れずタマシイを呼び続ける」事を促すのだった。

8話『狂心』

ロスト近辺に近づいてきたタクヤとユキ。そこでユキはロストが「並行世界へ繋がる穴」である事、そしてロストは「並行世界から強引にこじ開けられたもの」である事を明かす。ユキの父はその「ロストの向こう側」にいるという。

そのような中ソウマによるタマシイの攻勢は激しくなる。しかし、タイヨウに言われた通りにタマシイを呼び出し続けた結果、精神に重大な異常をきたし始めてしまう。

その頃ギークはタイヨウのパートナーである謎の女「ツキ」に呼び出され、タクヤについての情報を聞き出されようとしていた。

9話『決意』

ツキがギークと接触した事により、今までギークが探っていたロストの情報がシャットアウトされ、ロストへの経路案内が困難になってしまう。そして、彼女から得たソウマの状態がかなり悪いという情報がユキの元へと入ってくる。だがこのままロストを放置すればやがて、どちらかの世界に可能性が収束して世界全体が消滅してしまうという。更にヘッドハンターの調査により既にソウマは3年前のロストの混乱で死亡している事が判明。死体も確認されていたが、どこかに消えてしまったらしい。たとえ敵が弟でもユキは前に進む事を決意し、ソウマを倒すのだった。

これによりタイヨウによってタマシイを入れ込まれたソウマの死体は2度目の死を迎えた。

10話『未来』

ソウマを倒したユキはその罪悪感に苛まれながらもタクヤと共にロストを目指す。精神を病むユキにタクヤは『全てが終わった後の幸せな夢』について考えるように促し、ユキはいつもの調子を取り戻す。

その一方リサーチャーやヘッドハンターは世界を救う為とは言え、このような使命を何も関係の無いタクヤに背負わせたことから研究者に不信感を募らせていく。そして、2人はロストに人間が近づくと何が起こるかを知るのだった。

そして、ソウマの死体は2度の死を迎えても尚死ぬ事を許してもらえず、ツキにより再びタマシイを入れ込まれ…

11話『犠牲』

リサーチャーからの連絡でロスト付近に「波動性物質」と呼ばれる人に悪影響を与える物質が満ちている事がタクヤに伝えられる。それによりロストに向かった調査員は多くが死亡、生存者も重度の記憶障害が発生しているという。

ここで、ユキをロストへ運ぶ理由がユキ自身の口から明かされる。ユキは自分に宿るタマシイを呼び出す力が「並行世界へのゲートを開閉する力」でそれを用いてロストを閉じようとしていたのだ。

一方ロストに段々と近づいて来る2人に対してタイヨウとツキは、タマシイを入れ込み蘇生したソウマの力を極限まで引き出し…

12話『誓い』

ユキは研究者からの連絡でタクヤが「波動性物質」の危険性について知ってしまった事を知る。だがタクヤはそれでもロストへ向かう、契約を貫き通す為に、ユキを死なせない為に。

そして、彼女らの前にある1体のタマシイが立ちはだかる。それはユキが1番最初に呼び出したタマシイ「アキラ」、ユキとソウマの父の身辺警護をしていたSPのタマシイだった。ユキはそのタマシイと対峙し、誰がタマシイを呼び出しているのかを察する。

ついにロスト区域まで差し掛かる最中、ユキ達は完全に精神が崩壊したソウマと遭遇。タイヨウにより力を注ぎ込まれ崩壊体となって彼女らの前に立ちはだかる。そして、ユキ達はソウマを倒しロスト周辺区域に侵入するのだった。(ソウマ3度目の死)

第3章「ロストへ」

遂にロスト区域にたどり着いたタクヤ達。しかし彼らを待ち受けていたのは「波動性物質」による人体への悪影響と、”謎の組織”のタイヨウとツキだった。

13話『計画』

タクヤ達は波動性物質による深刻な頭痛に見舞われながらも、ユキの父がいるというロストの中心部を目指す。そのような中、謎の組織の人間にして、並行世界から来た存在である「ツキ」と対峙する。

彼女を退け再びロストを進むタクヤ達だったが、ユキが突然「この光景に見覚えがある」と訴え始め、それが並行世界のユキの記憶が流れ込んできているものだと判明。その記憶によれば、タクヤもユキもここから進んだすぐ先で戦いに敗れ殺されるという。しかしこれは予言ではなく”別”の世界の記憶の流入、自分達までそうなると決まったわけではないと意思を固めユキ達は前に進む。そして、進んだ先で再び現れたツキと戦い勝利をおさめた。戦いに敗れたツキはこれ以上タイヨウによって力を引き出される事を嫌がりながら、自我を徐々に崩壊させつつあった。

14話『意思』

本来ならロストに近づいた者に即時発生する精神崩壊。しかしタクヤとユキはその症状の進行が遅い事に違和感を覚えるタイヨウ。それは「波動性物質」という名前を借りた並行世界からの記憶の流入によって、意思を多重に宿した事によるもの。それに耐えきる事ができれば意思は何十にも強化されるという。

そして、タイヨウによってツキは無理矢理戦闘に駆り出され人格を失っても尚、タクヤ達の前に立ちはだかる。そして、崩壊体と化したツキを倒したタクヤ達の前にタイヨウが現れる。

15話『進化』

遂にタイヨウと正面から対峙するタクヤ達。そして、一時はタイヨウを退けるものの、彼により力を注ぎ込まれたツキがタクヤ達の前に再び立ちはだかり、超存在へと進化を果たす。

そして、通信回線を回復させたギークからタクヤに連絡が送られるが、既にタクヤは仲間達の記憶を失っていた。

超存在ツキもタクヤ達により倒され、焦りを隠せなくなってきたタイヨウは、遂に自分自身を進化させる凶行へと走るのだった。

16話『未来』

ロストの中心まで近づいてきたタクヤ達だが、今まで戦ってきたソウマやツキのように、ユキも力を使って戦い続けると彼らのように崩壊してしまうのではないかという懸念が呟かれ始める。

一方、タイヨウは自身の敵が誰なのかを忘れてしまう程に力を自らに注ぎ入れ進化を果たし、タクヤ達の前に現れる。そのような中タクヤの元にリサーチャーから連絡が入り、記憶が消えていく中で目的を忘れない為のたったひとつの方法を伝える。それは「幸せな未来」のイメージを持ち続ける事だった。タクヤ達はこのイメージを強く持ちタイヨウとの戦いに挑む。

17話『喪失』

遂にロストの内部に侵入したタクヤ達。

謎の組織は彼らがロストを閉じるのを阻止する為に、この世界ごと2人を消滅させようと画策する。そして、タイヨウも2人を妨害する為ロストに侵入した。

ロストの奥で崩壊体となったタイヨウと死力を尽くして戦ったユキは、タクヤの事、今いる場所について全てを忘れてしまう。

18話『幸せ』

記憶を失ったユキと共にロストの中心を目指すタクヤ。その最中ユキは父の声を聞く、それは「もう立ち止まってもいい」という苦難の道からの解放を促すものだった。その言葉に乗せられそうになるユキに対してタクヤは「幸せな未来」のイメージを思い出すようにユキに促し、ユキの記憶が復活。最終進化を果たしたタイヨウを倒す。ユキの父はロストのコアと一体化しており、それを倒したユキがコアに触れる事でロストは閉じる。

こうして、3年前に開いたロストは閉じ消滅を終息へと導いたのだった。

しかしその裏で計画を余儀なく変更する事になった"謎の組織"はもうひとつの計画「プランB」を実行に移そうとしていた。

第4章「新たなる旅立ち」

ロスト消滅から1年後、ロストを閉じた事により石灰化し始めた世界が舞台。

19話『1日目』

ロストを閉じた事により石灰化していく世界に、責任を感じ精神を病んでいたユキ。

一方タクヤは探偵時代の上司であるリサと再会、ユキを守る為に彼女を連れて北を目指す事を依頼される。

そしてタクヤはこの1年閉じこもっていたユキを連れ、北を目指す事になるのだった。

その道中ロストを閉じた事で消え去ったと思われていたタマシイが出現。タクヤ達はやむを得ず応戦する。

その先で今回の依頼人であるリサと合流、彼女の口から北にある目的地「ロスト・ゼロ」について語られる。それは彼女が持つ「イソヤレポート」と呼ばれる一種の予言書のようなものに記載されていたもので、”謎の組織”によって実行されようとしている世界消去「プランB」が始まる地とされている。それを聞いたタクヤは世界を救う為再び長く険しい旅へと臨むのだった。乗り気ではなかったユキもリサの説得で6日間だけ北を目指す事に。同時にリサは部下のコウタに”謎の組織”のギンガと呼ばれる人物ともう一人の人物の調査を指示する。そして、タクヤらの動きを察知した”謎の組織”から1年前のタイヨウの死を感知して並行世界からやってきた老人「ギンガ」が直々に出向く。ギンガはタクヤらをロスト・ゼロに向かうのを阻止すべく、彼らを気絶させる。

20話『3日目』

ギンガにより気絶させられたタクヤは目を覚ますと探偵時代の同僚「コウタ」がいる事に気がつく。久々に会う知り合いにタクヤは何故ここにいるのかを聞くが、コウタはそれより前から再会していると認識していた。違和感を感じたタクヤはユキに今日が旅立ってから何日目かを聞き、今日が3日目だと判明する。タクヤには2日目…つまり昨日の記憶がなかったのだ。コウタはリサからの命令でタクヤ達に同行しており、彼の話では昨日までタクヤはコウタの協力を求めていたという。更に、タクヤが研究者・ギーク・リサーチャーに連絡した所何故か全員から協力を断られてしまう。コウタの情報では仲間達の通信はギンガに傍受されている為協力ができない状態にされているとの事。

そのような中、コウタが敵の調査を行いギンガ…そして完全に死亡したはずのソウマについての情報を手に入れる。現在タクヤらの前に立ちはだかるタマシイ達はそのソウマが呼び出しているらしい。そしてギンガは「波動性物質」を操る能力を持ち、他人の記憶を消去できるという。それを知ったタクヤは昨日の記憶が無い事にギンガが関わっていると懸念する。そして進んだ先でリサと再会した際にタクヤの協力を断った仲間達はタクヤからの連絡を断りながらも、しっかりとタクヤを影でサポートしていた事が聞かされる。そしてそれはギンガによる通信傍受がされる前に仲間達に”ギンガが通信傍受を行う事”が伝えられたものらしく、タクヤはリサから「過去に遡り」それをタクヤ自身が伝える事を提言される。リサの言っている意味が分からないタクヤはそのまま眠りに落ちるのだった。