時は戦国乱世。先祖代々ヒラ忍者の血筋である猪名寺乱太郎は、父の猪名寺平之介の勧めで忍術学園に入学し、一流のエリート忍者になるべく勉強する。しかし、友達の摂津のきり丸･福富しんべヱと共に、常に成績は落第点。追試、補習授業は当たり前。頑張っても空回りする3人組に先生達も振り回されるが、そんな彼らには常に事件が降り注ぐ。3人組は足りない知恵を出し合って、いつのまにやら大活躍。(Wikipediaより)

特徴

略称、愛称は『忍たま』。pixivでのタグはこちらが圧倒的に主流。
原作タイトルの｢落第｣という言葉がNHKの放送コードに触れるとして、｢忍者のたまご｣ → ｢忍たま｣に変えられた説があるが、1期38話のタイトルが「落第忍者の段」であるため、多少の配慮があったかもしれないものの、放送コードは絡んでいないと思われる。
忍術学園関係者をはじめ、個性的かつ魅力的な男性キャラが多い事から、子供向けアニメとしては異例と言える程女性からの人気が高い。
原作と比べ、体格や頭身、髪色、顔つきなどが変わっているキャラクターがいる。
原作では枠内で表記されているキャラクター名や武器の説明が、アニメでは枠を使って説明出来ない為、キャラクターが台詞で説明する場面がある。(たまに枠外から背景？を破って登場する事もあり、その時は退場する場合穴を塞いでおく様に頼んでいる。そして穴は大概白テープで黒い線が残った状態のまま雑に塞がれている)
作中上級生や他の組のキャラクターを最初に呼ぶ時は学年とクラス名、他の忍者の場合は所属名の後からフルネームを用いる。例：〇〇年△組の〜〜先輩、□□□忍者の〜〜など…
- 2回目からは普通に苗字または名前だけで呼ぶ。
原作ではあるキャラクターが説明した台詞が、アニメでは乱きりしんや違うキャラクター説明したり台詞が変わったりもする。また初期は一年は組が出てた話が乱きりしんだけになったりすることも。
アニメオリジナルストーリーは基本的に一話完結。原作の話の場合は続き物になる場合が多い。但し基本原作のメイン部分以外が独立した話になったり、一切やらないことも。
室町時代の設定があるにもかかわらず、カタカナ用語が普通に使われる（「トス」「レシーブ」「アタック」「バイト」「自主トレ」など）。だが原作でも結構やってるためどっこいどっこいでもある。
その一方で時代考察自体はかなり緻密かつ正確で、後の時代である安土桃山時代～江戸時代の事物を登場させるのは厳禁となっている。原作者によればカタカナ用語などはギャグの範疇で済まされるが、上記の時代のものを出すと子供達に時代背景に関して誤った認識を与えかねないからとのこと。
- 一例として、江戸時代に発祥した通貨である寛永通宝を出してしまったシーンでは原作者の要望により再放送で500円玉に修正されている。
名前や舞台の元ネタは作者の生まれ故郷である兵庫県尼崎市（尼子騒兵衛のPNは尼崎生まれを意味する尼っ子から）の地名から来ている。それゆえ、尼崎市が同作ファンの聖地となっており、讀賣新聞にも聖地巡礼でにぎわうといった趣旨の記事が掲載されたことがある。

登場人物

※各キャラクターの詳細は各項目へ

忍術学園

メディアミックス

劇場版

アニメ映画の第1弾は『映画忍たま乱太郎』のタイトルで1996年に公開。第2弾『劇場版アニメ忍たま乱太郎忍術学園全員出動！の段』は初の長編映画として2011年に公開。第3弾『劇場版忍たま乱太郎ドクタケ忍者隊最強の軍師』は2013年に刊行された『小説落第忍者乱太郎ドクタケ忍者隊最強の軍師』を元に制作され、2024年12月に公開された。