概要
応仁の乱のさなか、自身の領土を拡張するために策謀を巡らす城主・木野小次郎竹高（きのこじろうたけたか）と、その腹心の部下にして忍者隊首領である稗田八方斎率いる忍者軍をはじめとする集団の総称。
所属忍者の名前は一部を除き「○鬼」という名前で統一され、忍装束の色は赤身のある茶色。つまり史実の忍者が着用していたとされる「柿色」にかなり近い。これは真っ黒な布地よりもやや赤みがかっていた方が、暗闇に溶け込みやすいからだとされる。また同じ色のサングラスを常に（例え変装中であろうと）着用しているが、ドクたまは稀に外す事もある。
ドクタケの常套手段は、様々な城を仲違いさせて戦を起こすように仕向け、双方が疲弊したところで自らの軍勢を差し向けて領地を乗っ取るというもの。
また、海外から硝石を輸入して火薬を密造しようとしたり、庶民から銅を集め石火矢（大砲）を大量に鋳造しようとするなど、大規模な軍拡を目論んでいる。
後の時代に織田信長らが使った戦法を考えると、かなり本格的かつ進歩的な軍備を目指しつつ軍略を巡らせていると言えるが、その野望は度々忍術学園と兵庫水軍に食い止められている。
なお、作中でドクタケの悪行はあまり知られていない。むしろ策略を用いて領地を奪い取るのは戦国時代においては普通の事であるし、間諜でもある忍者を数多く抱えているので、宣伝戦や情報戦に長けているのかもしれない。
そのため、忍術学園側がドクタケのあくどさを説明する際は『落第忍者乱太郎』のコミックスを持ち出して登場人物に読ませるのがお約束である（アニメ版では『テレビを持ってきて過去の放送を見せる』というパターンもある）。
当初は上記の様な侵略活動を企てる悪役として活躍していたが、原作がギャグマンガな為か、厄介な敵でありつつも、だんだんと奇人変人系のオバカキャラ集団と化していった。八方斎や風鬼、ドクたまなど、悪玉側として人気が出た事もその一因であろう。
ギャグ補正がやたら強すぎるが、話によってはえげつない行為に出る事もあり侮れない。彼らもまたれっきしたプロ忍である事は忘れてはいけない。
ちなみに本作に登場する城勢力の名前の殆どは日本に生息するキノコから取られているものばかり（タソガレドキ、オーマガトキ、クモの子、ナルトは除く）だが、「ドクタケ」というキノコは実在せず、「毒」「茸（たけ）」で毒キノコ全般を指す言葉から来ている。
悪役として分かりやすいと言えば分かりやすいものの、ぶっちゃけ忍たま世界にはドクササコを筆頭にオニタケ、ウスタケ、クサウラベニタケなど毒キノコの名を持つ城は結構多く、何故ドクタケだけがこうもおおざっぱなのかは不明である。
これに関してはドクタケ城の登場が作品の最序盤であった事と、後に命名方針が「善玉は可食」「悪玉は毒」「中立は食用に適さないか食毒不明」でキノコの名を宛てる事にした為だと思われる。いうなれば、ドクタケ（と、それに脅かされていたナメコ城とエノキ城）の存在が後の命名基準を作ったと言っても過言ではない。
ドクタケに勤めている方々
【城主】
- 木野小次郎竹高（きの こじろう たけたか）
戦好きの悪い殿様。
【武将】
- 横槍 入十郎（よこやり いれじゅうろう）
団蔵の故郷・加藤村に拠点を置くドクタケ代官館の代官。悪人面。加藤村の侵略に失敗してからは、キャラクター紹介ページを含め一度も登場していない。
- 鶴山 亀蔵（つるやま かめぞう）
ドクタケ城・五の城の守将（守備隊長）。後に失脚し、ドクササコ城に再就職した。
- ドクタケ軍隊長
本名不明。ドクタケ兵士達の隊長。第14巻にて団蔵の故郷である加藤村に奇襲を仕掛けるも、忍術学園の活躍のせいで失敗に終わり、横槍入十郎に見捨てられた。
【ドクタケ忍者隊】
＜首領＞
- 稗田八方斎（ひえた はっぽうさい）
異常に大きい頭部が特徴。城主である竹高への忠誠心は厚く、彼のために様々な悪事を働く。
＜幹部＞
- 【部隊長】大黄奈栗野木下穴太（おおきなくりのきのした あなた）
能天気な性格。歌にノッて、重要な情報を漏らす事もしばしば。
- 【ドクタケ城水軍創設準備室室長】艦長達魔鬼（きゃぷてん たつまき）
水軍を作るため南蛮留学をしていた、ドクタケ最高とも呼ばれる忍者。しぶ鬼の父でもある。
＜ドクタケ六人衆＞
ドクタケ忍者隊のエリートであり、上位6人（第63巻の情報）…となってる方々。しかし、風鬼や雷鬼がたまに指示役として登場したりするものの、一般隊員との差は殆ど無い。
第2巻で初登場、この時は先代お頭の部下だったが、その後は八方斎の部下として登場している。
- 風鬼（ふうき）
八方斎の右腕的存在で、初期から出ている古参。ふぶ鬼の父でもある。
- 雨鬼（うき）
鼻の下から伸びる髭と顎髭が特徴。
- 雷鬼（らいき）
ケツ顎が特徴のガンマンだが、火縄銃以外は微妙。
- 雲鬼（うんき）
読みのせいでからかわれる。
- 雪鬼（せっき）
細長い顔とチョビ髭が特徴。
- 光鬼（こうき）
無常髭が特徴。茶店に化けて冗談を真に受けたり、毒入り茶を飲んだ。
＜部隊長補佐＞
- 霰鬼（さんき）
穴太のお目付け役。丸い鼻と鼻毛の様な髭が特徴。マイペースな穴太によく振り回される。利吉がドクタケ忍者に変装する時よく使う方。
＜代官配下＞
- 霰鬼
後述の横槍入十郎の部下。上記の霰鬼との関係性は不明。
＜一般隊員＞
- 曇鬼（どんき）
下ぶくれた艶のある顔が特徴。太っている。
- 暁鬼（ぎょうき）
前髪が特徴。ちょっと前から出てたが名前が出るのは遅く、乱太郎ときり丸から｢誰？｣と言われた。
- 霜鬼（そうき）
太い眉と髭が特徴。ドクタケ一の怪力。
- 露鬼（ろき）
眉毛が繋がってる人。
- 彗鬼（すいき）
三角眉毛が特徴。眉毛がそっくりな“水蒸鬼（すいじょうき）”という子供がいる。
- 霞鬼（かき）
笑い薬が塗られた弓矢に刺さった人。
- 霧鬼（むき）
歯が一本抜けてるのが特徴。目元がそっくりな娘の父でもある。
- 虹鬼（こうき）
薄い眉毛が特徴。
- 暈鬼（うんき）
パイプクリーナーを使った人。
- 霖鬼（りんき）
腐った魚が大量に届いても断れない小心者。
- 霙鬼（えいき）
薄い髭が特徴。間抜けな性格。
- 雹鬼（ひょうき）
フランキの子砲の件で怒ってた人。
- 月鬼（げっき）
乱太郎と対決した人。その後出番なし。
- 水鬼（すいき）
ドクタケ城水軍創設準備室で働いている。棒線の様に繋がった眉毛、髭が特徴。
【番外】
- 先代お頭
原作2巻に登場した（読者から見て）最初の忍者隊首領。本名不明。
すぐに八方斎に交代させられたが、アニメ版では焼き物職人に転職している。
【軍師】
- 天鬼（てんき）
小説及び劇場版『ドクタケ忍者隊最強の軍師』に登場。八方斎が「実力はあるが作戦立案や兵法が苦手」というドクタケ忍者隊を強化するためにスカウトした、謎の軍師である。
忍ミュ登場
ミュージカル忍たま乱太郎6弾及び6弾再演に登場。上述のドクタケ六人衆の人物とは別人。ドクタケに就職してすぐに有名な幻術師の元に修行に出され、幻術講座初級を修了して帰ってきた。
忍ミュ8弾、8弾再演に登場するドクタケ忍者隊の1人。
ドクタケ忍者隊センチュリーシリーズの一員。
関係者
ドクタケ忍術教室関係については、ドクたまを参照。
- 善太郎
- 如影忍 / 出浦盛清
- 順忍 / 服部半蔵
- 水蒸鬼
- 霧鬼の子供
- タライ・マワ師
＜動物＞
- 村崎号
