概要
ファンタシースターオンライン2には様々なボスエネミーが登場する。
PSO2esでは、これらのエネミーが人間の姿になった「トランスエネミー」が登場した。
原生種
ロックベア
惑星ナベリウスの森林エリアのボス。
スノウバンシー（雌）/スノウバンサー（雄）
惑星ナベリウス凍土エリアのボス。その姿は巨大な白虎そのもの。俊敏な動きで相手を翻弄し、鋭い爪と牙でプレイヤーを引き裂く。また、口からアイスブレスを吐く。同型種にファングバンサー（バンシー）が存在し、そちらは森林エリアに出現する。
龍族
ヴォル・ドラゴン
惑星アムドゥスキアの火山洞窟に登場するボスエネミー。
クォーツ・ドラゴン
惑星アムドゥスキアの浮遊大陸に登場するボスエネミー。
ドラゴン・エクス
惑星アムドゥスキアの龍祭壇に登場するボスエネミー。
クローム・ドラゴン
正確には龍族ではないボスエネミー。
機甲種
ビッグヴァーダー
惑星リリーパの地下坑道エリアに登場する巨大戦艦に酷似したボスエネミー。
海王種
バル・ロドス
惑星ウォパルの海岸エリアに登場するボスエネミー。
ビオル・メデューナ
惑星ウォパルの海底エリアに登場するボスエネミー。
黒ノ民
アンジャドゥリリ
惑星ハルコタンの白ノ領域エリアに登場する輪入道に酷似したボスエネミー。
ギグル・グンネガム
惑星ハルコタンの白ノ領域エリアに登場するボスエネミー。
マガツ(禍津)
惑星ハルコタンに封印されていた無数の顔を持つ巨大な悪神。
ダーカー
ダーク・ラグネ
各惑星のエマージェンシートライアルで出現することが多い蟲系ダーカーのボスエネミー。
ダーク・ビブラス
採掘基地防衛戦採掘基地防衛戦：襲来から登場した蟲系ダーカーのボスエネミー。
ダークファルス
ダーカーの親玉ともいえるボスエネミー。
世壊種
アンガ・ファンダージ
壊世区域に登場するボスエネミー。
幻創種
幻創戦艦・大和
EP4序盤のレイドボス。
デウス・エスカ
EP4終盤のレイドボス。
魔物種
エリュトロン・ドラゴン
異世界オメガに登場するレイドボス。
レアエネミー
エンペ・ラッピー
ボーナスクエストとEトライアルでのみ登場する巨大なラッピー。
ニャウ
プレイヤーに戦いを挑んでくるジャコウネコのキャラクター。
ファンタシースターオンラインから登場
ガル・グリフォン/グリフォン・ゲルス
PSOに登場したボスエネミー。
コラボエネミー
オーディン
「ファイナルファンタジー14」とのコラボにより登場した闘神。
クーガーNX
「ボーダーブレイク」とのコラボにより登場したブラスト(ロボット)。
エルゼリオン
「モンスターハンターフロンティアZ」とのコラボにより登場した「灼零龍(しゃくれいりゅう)」。
