概要
スーパーファミコン版『がんばれゴエモン』シリーズ第3作目となる作品。
物語序盤の舞台は前作までと同じ大江戸だが、中盤からは未来世界のネオ大江戸へ移動。スチームパンクやサイバーパンクをパロディにしたようなSF的世界観に変化する。
また、ゴエモン、エビス丸、サスケに加え、ヤエちゃんが初めて第4のプレイヤーキャラクターとして加わった作品でもある。
前作までと比べてRPG色が濃いアクションアドベンチャーになったほか、新要素のパニックステージやゴエモンインパクトの戦闘システム変更など、野心的な新要素が多数取り入れられている。二人プレイも可能だが、ライフは共用しているのでどちらかが敵の攻撃を食らうと一緒にダメージを受ける。
街や森といった場面は俯瞰視点移動（ゼルダの伝説に近い）で、敵拠点はサイドビューのダンジョン（メトロイドに近い）構成となっている。特に敵拠点は4人の能力を駆使しないと突破出来ない場面が多い。
ストーリー
ものしりじいさんの新発明「たいむましん」のお披露目を見る事になったゴエモンたち。未来へタイムトラベルしてギャルの尻を追い回すじいさんだが、そこにエビス丸そっくりなオカマ「シスター・ビスマル」率いる「からくり盗賊団」が現れ、じいさんは誘拐されてしまう。
ゴエモンたちはじいさん救出の為、伊賀の忍者屋敷でサスケと合流。更にじいさんの別荘で合流したヤエちゃんの手を借りてタイムマシン装備型ゴエモンインパクトの起動に漕ぎつけるが、ビスマルはゴエモンたちの留守を狙ってはぐれ町を襲撃。おみつが誘拐されてしまう。
じいさんとおみつを救うべく未来へ飛び立つゴエモンたち。
果たして、からくり盗賊団の首領「獅子重禄兵衛」とは何者なのか。彼が推し進める「巨神復活大作戦」とは何なのか。そして、彼の必殺技「からくり卍固め」とは一体どのような技なのか……？
アクション
- 武器強化
ヤエちゃん以外はイベントをこなす事で武器が強化される。威力は変化しないものの射程が増すほか、ステージギミックを突破する為の特殊機能が付与されるのでストーリー進行において武器強化は必須である。その関係上、前作までのダメージを受けると武器が弱体化する仕様は無くなった（逆に言うと元の武器に戻す事は出来ない）。
- 術
各プレイヤーキャラは修行（ミニゲーム）をこなす事で「術」を覚える事が出来る。特にエビス丸とヤエちゃんの術はストーリー進行に必須である。ゴエモンとサスケの術は攻撃系なので必ずしも入手する必要はなく、使用時に「巻き物」を10消費する。また、サスケのみ修行する必要はなく、ある住人と会話するだけで改造されて術が使用可能になる。
- からくりうぉーかー
一人乗りのからくりマシン。当初はパニックステージに登場するのみだが、ゲーム中盤から転送装置を使って呼び出せるようになる。主な能力はローラーダッシュによる高速移動と強力なパンチ、機体重量を活かした床（トランポリン）の破壊。各所の強化装置で火炎放射、液体窒素発射装置などが追加される。なお、意外と防御力は低く、搭乗してもダメージを軽減するなどの能力はない。
ステージ
- 街・道中
俯瞰視点のアクションになっており、ほぼRPGのものと同一。町人と会話できる。
- 敵拠点
これまでの横スクロールアクションからサイドビューアクションのダンジョン形式になっており、仕掛けを動かすなどして道を切り拓いていく。町・道中と直接繋がっている俯瞰視点の拠点もある。
- パニックステージ
巨大メカが奥から襲いかかってくる逃亡ステージ。からくりうぉーかーで攻撃をかわしながら一定距離を走破しなければならない。
- 激震インパクトステージ
強制スクロールのゴエモンインパクトで進むステージ。ややSTG寄り。こっちみんな。
- インパクト戦
お馴染みゴエモンインパクトで巨大メカとの対決。前作では被ダメージに加えて時間経過でも燃料（ライフ）が減っていたが、本作では時間制限が撤廃されている。また、コマンド入力で発動する必殺技も追加され、戦術が多彩になった。
パロディ
先述の通りマップ画面がゼルダの伝説風になっており、登場するメカ、からくりうぉーかーはFF6の魔導アーマーやロックマンＸシリーズのライドアーマーに良く似ている。
激震インパクトステージは実はグラディウスが元ネタらしく、敵の出現パターンがそっくり。さらにはボスに沙羅曼蛇のボス・ゴーレムが｢極悪宝船 ごうれむ｣として登場。
BGM
敵拠点｢うぉーかー工場｣と｢からくりタワー｣のBGMが特に人気が高い。
両拠点ともに中盤からダウナーな曲に切り替わってしまう点は賛否両論だが、キーアイテムを入手すると元のBGMに戻ってクライマックスを迎える演出は評価が高い。
ゲスト出演
大江戸ツーリストでは、他の作品のキャラが受付嬢を務める。
江戸時代では、ツインビーのパステル、未来では、ときめきメモリアルの藤崎詩織。
おまけに、どちらもボイス付きである。
隠しボス
ライフゲージを増やせる金銀の招き猫を全て収集し、ライフゲージを16個にして重禄兵衛とのラストバトルに勝利すると、隠しボスが登場する。
過去世界の招き猫は未来に行くと回収不可能になってしまううえ、入手条件が分かりづらい招き猫があるので、隠しボスの存在を知らない人も多い。
また、隠しボスを倒すと真エンディングを見る事が出来る。
