貨物を除く旅客6社（JR北海道、JR東日本、JR東海、JR西日本、JR四国、JR九州）について記す
会社順はいずれも下りの起点駅からとする
※なお直通運転にてJRを跨ぐ路線は含まない。
(JR東日本、東海道線の御殿場線直通やJR東海、飯田線の中央本線直通など。)
3社にまたがるもの
駅名は境界駅
東海道本線 熱海駅、米原駅 東日本、東海、西日本
2社にまたがるもの
| 路線 | 境界駅 | 運営するJR会社 |
|---|---|---|
| 山陽本線 | 下関駅 | 西日本、九州（関門～門司間のみ） |
| 中央本線 | 塩尻駅 | 東日本、東海 |
| 関西本線 | 亀山駅 | 東海、西日本 |
| 紀勢本線 | 新宮駅 | 東海、西日本 |
| 高山本線 | 猪谷駅 | 東海、西日本 |
| 大糸線 | 南小谷駅 | 東日本、西日本 |
| 本四備讃線（瀬戸大橋線は通称） | 児島駅 | 西日本、四国 |
津軽海峡線 中小国駅 瀬戸大橋線同様、こちらも通称であり、正式路線名としては中小国駅で津軽線(東日本)と海峡線（北海道）で別れており厳密に会社間をまたがってるわけではない。なお北海道新幹線（青森-札幌間）は全区間が北海道の管轄となる
東海道新幹線・山陽新幹線 会社的にも路線的にも新大阪駅が境界駅であり、会社間はまたがっていない。また山陽新幹線と九州新幹線も同様に博多駅が境界駅となる。
北陸新幹線 2015年の長野-金沢間開業時には上越妙高駅（現在の信越本線脇野田駅付近）が東日本と西日本の境界駅となる。並行在来線は信越本線と北陸本線だが、法令上の路線名はすべての区間が北陸新幹線となる。金沢以西の延伸については正式決定されていないが、米原、京都、新大阪駅までの延長案が出されており、開業されればその案の駅が境界駅となる。
