その宇宙船に搭乗していた宇宙人は「セイント」という種族名を名乗った。彼らは種としての寿命が尽きかけた自分たちと融和可能な異星の生命を求めて放浪しており、地球との平和的な外交・共存を望んでいた。高度な知性と技術力、そして「聖人」と呼ばれるに相応しい精神性を持つセイントと比べると、彼らを利用する事しか考えていない地球人が野蛮で下等な存在であることは誰の目にも明らかだった。

セイントの理想が踏みにじられる事を危惧した優一郎は管理者からの離反を決意。ベルナールにも同行を求める。しかし、「人類を健全に進化させるためには管理者の頂点に立つことが必要」「セイントに手を引かれて辿り着く理想郷に意味はない」という思想を抱くベルナールは同行を拒み、優一郎の管理者脱出作戦を支援しながらも彼と決別する。

その後、優一郎は故郷の日本へ帰国。管理者と敵対し、セイントとの和解を目指す組織「ヴェスパー」を結成する。その一方でベルナールも管理者の幹部へ出世していき、地球の未来を懸け、優一郎との対立を深めていった。

2002年、ベルナールは遂に管理者の頂点に立ったが、粛清を恐れた前任のエリオット・グレイが某国に隠匿していた核ミサイルを全世界に発射しようとする暴挙を取ってしまう。なお、この戦いで美里優の父親だった美里司令も殉職している。

思慮深くも「戦い以外の選択肢はない」という思想を持つベルナールは、セイントはもちろんかつての親友が率いるヴェスパーに対しても強硬的な崩さない。長い歳月の中で、かつて彼が抱いていた理想や優一郎への友情は朽ち果ててしまったかに思われたが……

アニメ版での行動(ネタバレ注意！)

管理者は遂に月に存在するセイントの本拠地ファ・ベルシアを攻撃しようと企み、その出発前にあえて優一郎を招いて宴会を開き、彼の孫である優の抹殺を宣告する。しかし、優一郎の決死の行動により宴会の席にいた幹部は全滅。ベルナール自身も野望達成を目前に死を遂げた。

原作版での行動(ネタバレ注意！)

セイントの本拠地を攻撃するべく管理者は「地球防衛軍」を名乗り公の前に現れる。そして、月のセイント本拠地ファ・ベルシアを攻撃するための宇宙艦隊を出撃させる。その一方、ヴェスパー最強のアンドロイド・MAHOROの捕獲を目論むキャナン博士に対し、ベルナールが大部隊の貸し出しを許可したことで管理者本拠地の守りは手薄になっていた。

同じ頃、ヴェスパーの潜水艦が管理者の本拠地へ接近しており、艦内にはかつて管理者で作られたサイボーグ兵士「安藤みなわ」が乗船していた。戦力の殆どが手元にない状況でなお鉄壁の守りを誇る管理者本拠地の防衛システムだったが、みなわがリンクシステムを使用して本拠地の「生体チップ」に変わり果てたかつての仲間達の脳髄を説得。彼らの魂を解放して永遠の眠りを与えたことで、防衛システムがストップしてしまう。

こうして管理者本拠地は陥落。ヴェスパーの地上部隊が次々と上陸してくる中、ベルナールは何故か脱出を拒み、秘書に銃口を向けられる。

実は管理者も「真の管理者」と呼ばれる上位組織の傀儡に過ぎなかった。それを知ったベルナールは、優一郎とは異なる形で管理者を切り崩し、ヴェスパーと一進一退の戦いを続けているよう演出しながら、同時に真の管理者を引きずり出す為の内部工作を続けていたのだ。ベルナールはいわば、太古から続く負の連鎖を断ち切ろうとしていた「獅子身中の虫」であり、悪人などではなく「漢の中の漢」だったのである。

当然ながら優一郎もその真意を知っており、上陸後真っ先にベルナールを保護しようとしたが、あくまで管理者の一員である秘書はベルナールに敬意を示しながらも彼を銃撃、致命傷を負わせてしまう。ベルナールは駆け付けた優一郎に未来を託し、彼の胸に抱かれながら波瀾万丈の生涯を終えた。

その後、セイントの戦力を見誤った地球防衛軍は無謀な攻撃を仕掛けて全滅。その影響で飛散した月の破片が地球へ落下しかけたが、まほろが捨て身で発動した「輝ける闇(シャイニング・オブ・ダークネス)」で破片は消滅し、地球滅亡の危機は回避された。ベルナールとまほろという多大な犠牲を払いながらも、ようやく地球とセイントは融和に向けた一歩を踏み出したのである。

その他

上述の通り、管理者本拠地はベルナールの内部工作（キャナンへ部隊を貸し出したことによる防衛戦力の低下）により陥落したと推測できる描写がある。また、管理者の機密情報を知るジャーナリスト・神崎孝則をあえて見逃すよう指示するどころか従軍記者として宇宙艦隊に同行させたり、CODE370(後の安藤みなわ)の脱走を黙認したとも取れる描写があり、彼らを「管理者の悪事を曝露出来る生き証人」にしようとしていたことが窺える。ただ、クローン773(後の安藤ななみ)も脱出していた事は誤算だった様である。ベルナールの最期にみなわも同席し、会話を交わして欲しかったと望む読者もいるようだ。
本拠地の壊滅後、管理者残党はサントリオというチョビ髭の副指揮官に率いられることになった。原作版最終回ではそのまま20年ほどゲリラ活動を続けていたようだが、最後は戦士として成長した美里優の手で引導を渡された。
ベルナールの様な思慮深い人物ほど早死にし、サントリオみたいなどうしようも無い俗物ほど長生きする事に世界の無情を痛感する（もっとも、大義を成し遂げて友と語り合いながら息絶えたベルナールと、みっともなく悪あがきした末に呆気ない死を遂げたサントリオとでは人生の質が全く違うのだが）。