具体例
MTを搭載する場合
一般的にスポーツカーの車両チューニングの一巻で行われることが多い。スポーツ走行、特にドリフト走行では、ギア比（ギア段数）、許容出力、パワーロス、信頼性、操作性などの観点からマニュアルトランスミッションが好まれる。その際、諸々の事情でオートマチックトランスミッション車を所有、取得した際にマニュアルトランスミッションへ換装が行われる。
また、チューニングを進めていきエンジンの出力が向上していくと、既存のマニュアルトランスミッションでは強度が足りず、破損のおそれが出てくる場合がある。それを防止するため、さらに出力が高い車種の許容出力の大きいトランスミッションを換装する場合がある。
同一車種間でのスワップ
同一車種内でAT、MT両方の設定がある場合、
一般的にMT車はスポーツ走行など過酷な使用がなされる場合がAT車よりも多い。
近年ではMT車の比率が低く希少で、AT車のほうが容易・安価に手に入る場合が多い。
上述の理由から元々所有するMT車のモノコックがダメージを負った際に、AT車を｢交換用の書類付きモノコック｣として利用する。(いわゆる｢ハコ換え｣)
これらの理由から、状態のいいトランスミッションを後から交換するチューニングが盛んである。スポーツ走行に人気で程度の良いMT車の個体が減りつつあるシルビアや、アッパーミドル～高級車であるためもともとAT車の占める割合が多い「マークII3兄弟」やソアラ（JZZ30型）でよく見られる。
他車種間のスワップ
MTの設定が無い車種でスポーツ走行をしたい等の場合、他車種用のマニュアルトランスミッションを取り付けることでスワップを行う。日産・ローレル（C35型）は、同時期のスカイラインと同じ280psを発揮するターボエンジンを搭載するFR車でありながらマニュアルトランスミッションの設定がなかったが、スカイラインとプラットフォームを共用しているため、比較的容易にスカイライン（ER34型）のマニュアルトランスミッションを搭載できた。
同様にトヨタ・アリスト（JZS147型・JZS161型）も、国内最強クラスといわれるエンジンを搭載しながらATの設定しか無かったため、同じエンジンを搭載しているスープラ（JZA80型）用ゲトラグ社製6速MTを換装される場合が多い。このゲトラグ社製ミッションは強度も高く設定されているため、アリストだけでなく同様のコンポーネントを持つ前述の「ツアラー3兄弟」やソアラなど（ノーマルは5速MT）のエンジン出力を上げたときにも用いられる。
また、トヨタ・カローラレビン・スプリンタートレノ（AE111型）に搭載される6速マニュアルトランスミッションは無、または小加工でトヨタ・ヴィッツなどのコンパクトカーに取り付けられる。5速マニュアルよりもギア比がクロスしており走行性能が向上するため、ヴィッツを始めプラットフォームを共用するその他の車種にも流用されることがある。
また、耐久性の観点からミッションスワップが行われる例もある。この例としてはハチロクにRX-7(FC)のミッションをスワップする例がある。
また近年ではそもそもメーカーラインナップの減少でMT車の選択肢が狭まり、MT車を選びたくても選べない。そのため車種によってはMTで乗りたければミッションスワップや逆輸入・並行輸入を行わざるを得ないような状況になっているため、ミッションスワップキットまで登場するまでになっている。ミッションスワップキットの例(SARD製・トヨタ・Nプラットホーム車用)
ATを搭載する場合
MTを換装する場合に比べごく少数だが、逆にMT車にATを換装する場合もある。R32～R34型スカイラインGT-Rは全てMT車しか設定がない。足が不自由など身体的障害により、クラッチ操作が必要なMTが扱えない場合、同時期の日産・シーマのATを搭載し、手での操作のみで運転が可能なスカイラインGT-Rが製作された。
