主にFF4のラスボスであるゼロムス、ロックマンX6の８大ボスであるインフィニティー・ミジニオンで言及されどちらもミジンコの様な外見をしている。
ミジンコが「科学実験等で使われる小さく弱い生物」という弱い生物という認識で知られているため、イメージからはかけ離れた尋常ならざる強さを持つ点のギャップから最強と呼ばれる所以となっている。
因みにどちらも目が２個あるため、実際の単眼のミジンコとは外見に差がある。
これは教科書の写真で横から撮った写真が使われているため目が両側にあると勘違いされる点から起きている。
ゼロムス
発売時期的に元祖強いミジンコ
実際は小さい顔が頭部の先端にあるのだが、水晶のような物体が目だと勘違いされることも（これがミジンコと呼ばれる由来）しばしば。
DS版でゼロムスの正面から見た姿が判明し、初めて顔があると気付いたプレイヤー多数。
詳しくはリンク先に書かれているが、HP残量ごとに攻撃が変化し、よりプレイヤーを焦らせる高威力の技を連発する様になる。更にHPが歴代ラスボスでもかなり多い部類に入るため、攻撃パターンの多彩さと短期決戦が厳しく、楽な攻略法が少なくしっかり育成をしなければならない点から最強のミジンコと呼ばれる様になった。
インフィニティー・ミジニオン
ロックマンX6登場の強いミジンコ
明確にミジンコがモチーフであるため、弱そうに見えるが実態はミジンコらしさを凶悪に活用したボスである。
ミジンコは単為生殖により正常な環境ではクローンを作り数を増やす生物である。
これを再現した結果、HP残量や攻撃された状況により分身が複数出るという性能となっている。また本来は水中生物であるためか複数の画面に残る泡を吐き出す特徴を持っているが、この泡の耐久値が妙に高い。そして分身も泡を吐き出す。
他にも多方向に発射される弾など回避するだけで大変な技を多用する上に画面に残る攻撃が分身込みで２倍以上という回避難易度を物量で劇的に上げ最終的に手数の暴力で潰されるという尋常でなく強いボスに仕上がっている。
ミジンコというイメージから弱そうと先入観があり、心を折るボスとなっている。
