概要（ネタバレ）
ストーリーをクリア後、とあるクエストをクリアすると行くことが出来る「神の森」。世界樹の周囲に浮かぶ島で、突入時の際に見られる一本の木と白い花園がメルヘンチックだが、隠しダンジョンだけあってFOEはおろか、ザコまでもが非常に強い。初突入時は深部まで行けないので、条件を満たしたあとにゴーレムを倒す必要がある。
また、30Fに突入すると問答無用で強制エンカウントする部屋があり（FOEではない）、運が悪いといきなりディノゲーターに接触してしまうことも……。
出現モンスター
ザコモンスター
・エリマキブラッド
・ダイオウキノコ
・モケーレムベンベ
・古代ヤドカリ
・鮮血の兵士
・トリプルホーン
・うごめく毒樹
・カーバンクル
・ブラックネイル
・モスロード
・ハイクローラ
・ロードサワロ
・ディノゲーター
FOE
・冥界の来訪者
・呪われし飛南瓜
・樹海の氷王
・ヘカトンケイル（クエストボス）
隠しボス
始原の幼子
30Fの最奥に鎮座する「全てを終わらせる者」。神になんらかのトラブルが起きた際に世界を滅ぼす役目を担っていたと、翼人に伝えられていた。前作の隠しボスとは違い、人間に近い姿をしているが使うスキルは鬼畜レベル。特に「我に触れるな」はカースメーカーの「ペイントレード」以外に反応し、即死レベルの反撃を行うえげつないもの。また、夜と昼では行動パターンが変わる。
その正体とは上帝が創り出した人工生命体である。
始原の魔神
『新・世界樹の迷宮2 ファフニールの騎士』のDLCクエスト「最凶なる迷宮と始原の魔神」で追加された最強のボスモンスター。上記の始原の幼子が進化を完了させた姿で六本の触手が生えた塊に張り付いた人型の姿をしている。頭部には二本の剣が突き刺さっている。
