概要
地の神から力を授かりバーテックスと戦う少女達が勇者なのに対し、神託と呼ばれる地の神の声を聞く事ができる少女達が巫女である。『乃木若葉は勇者である』にて初登場した。
これによって、バーテックスの襲来などを事前に勇者達に知らせる役目を担う。ただ戦う力は持たないので、樹海に入る事はできない。そのため、神託がなければ勇者が突然いなくなってそのまま帰って来なくなるというリスクと常に隣り合わせの立場にある（『花結いのきらめき』ではスマホを使う事で樹海に入った勇者と会話する事が可能。具体的な方法は不明ながら巫女が樹海に入る展開もあった）。
声を聞くとは言っても、実際に声が聞こえるのではなく、ビジョンを見るという形で伝わる。よって巫女によって神託に対する解釈は異なるらしい。
また、神託そのものもいつでも聞きたい時に聞ける訳ではなく、神樹に触れる事である程度能動的に聞く事はできるものの、その多くは予告なしに突然聞こえてくる事がほとんどで、ほぼ一方通行である。
他にも、祝詞を唱える事でバーテックスの影響で枯れた草木を蘇らせたりする力もある。
勇者と同じように適性を持った少女が巫女に覚醒するが、勇者と異なり敷居が低いらしく巫女そのものは多数存在する。
『花結いのきらめき』にて語られた所によると、内省的な性格の方が神格に近づけるらしい。
西暦時代は一部の巫女が勇者と共に行動していたが、神世紀では世界の事情が伏せられるようになった関係で、世界の秘密に携わる巫女は一般人や家族との接触が制限され、大赦内で厳重に管理されるようになったため勇者とは行動を共にしなくなった（よって神世紀が舞台の作品では勇者と直接関わる巫女が登場しない）。
『花結いのきらめき』に登場する中立神の巫女は、勇者達の人間性を見極めるという役割の都合上、素質がある一般人を選んで召喚する＝召喚される前から巫女ではないという特異な存在となっている(本人達は面接に例えていたが、むしろ裁判員制度に近い)。さらに、他の巫女にはないある能力を持っていて…
作中に登場する巫女は、どういう訳か一部の勇者と相思相愛になっている傾向が強い。
実際、『花結いのきらめき』で巫女3人が一週間の修行合宿に行っただけで相方達が凹んでしまっている。
また、ひとたび怒ると勇者も怯むほど危険な考えを巡らせたり過剰防衛ともとれる行動に走ったりと過激（？）な一面を覗かせる者も多く、ファンからも「巫女は（敵に回すと）ヤバい」とよく評されている。
神世紀301年の最終決戦時には少なくとも6人以上の巫女が確認されている。しかし結城友奈の神婚により神官共々砂と化していった信仰深さから、1人の他に何人生存したのかは不明(その1人ですら親しい人物の目の前で人の形を失う寸前に至っている事から、他の巫女も人の世界に未練がない限りは人を失っている可能性が高い。実際『大満開の章』の最終話では生存しているその1人は異様に落ち込んでいる様子を見せており、何かが起きた事を仄めかしている)。
巫女の一覧
西暦
- 上里ひなた
- 安芸真鈴
- 花本美佳
- 藤森水都（諏訪の巫女であるため、四国の神樹とは系列が異なる）
- 巽、志紀、真鍋、大和田、千葉、篠原、香西、湯浅（名字のみ判明している巫女達。湯浅以外は奉火祭の生贄となった）
- ???（リンク先ネタバレ注意）
神世紀
巫女と呼べるかどうか微妙な人物
- 烏丸久美子（既に力を失っている元巫女、という事になっているが…?）
- 東郷美森（勇者であり正式な巫女ではないが、巫女としての力も備えている）
