星骸布をホルシードたちから奪って逃げている最中、ダーカー兵器をけしかけられ窮地に陥る。そこを主人公たちに助けられ、以後はダークファルスの復活を阻止するべく行動を共にする。最初は余り信頼されていなかったが、すぐに人柄を理解され仲を深めていった。またジェネを見殺しにして目的を達成しようとするなど「エルジマルトの価値観」を見せたが、リーンから咎められたことですぐに自分が間違っていることに気づいた。エルジマルトは多くの民を生かすために少数の人間を切り捨ててきた。故に「目的のための犠牲」は当然のものと考えていたのである。

ネタバレ

以下はストーリーに関する重大なネタバレを含みます！

ストーリー後半にて主人公たちは、惑星カーネベデに封印されたダークファルスの復活を阻止するべく行動することとなる。ホルシードはダークファルスを倒すために復活させようとしたが、これを快く思わない者がいた。それは執政官のファルザードと、その配下であるナスリーンである。

土壇場で裏切ったナスリーンはホルシードを刺して戦闘不能にし、ファルザードの手によってアフタルとダークファルスが一体化してしまう。

実はアフタルのダークニクスは、ファルザードによって特別に調整がされていた。それによってダークファルスを抱え込めることができたのだ。しかもアフタルの意識には常に『歌』が流れており、ダークファルスの力を抑える効果があった。ファルザードの狙いはアフタルとダークファルスを合一させ、制御下に置くことでその力を活用することにあった。このことを知っていたホルシードは、だからこそ必死になってダークファルスを倒そうとしていたのだ。

これによりアフタルが力を解放すると、攻撃的な表情を浮かべた成人女性の姿へと変わった。正気を失って暴走したアフタルから逃れるべく、主人公たちはホルシードを保護して撤退した。

アフタルの意識はいずれダークファルスに喰い潰されてしまうと見られていたが、ダークファルスと一体化したことで現存していた。「わたしは怖いを想いをしてダークファルスの封印を続けていたんだから、みんなも怖い想いをすればもっと世界は平和になるはず」という真理に到達し、手始めにホルシードを手に掛けるべく主人公たちを追撃する。その際はホルシードに対し、「お姉ちゃんはわたしを守っていたつもりだったけど、本当はわたしがお姉ちゃんを守っていたんだよ？」と言い放ち、自分が姉の心の拠り所となっていたことを指摘した。ソルーシュが庇ったことで暗殺に失敗し、その場は引き下がる。その後、星骸布の力を発揮したホルシードと壮絶な姉妹喧嘩をすることに。

以後はファルザードの指示に従ってアークスシップの一隻を強襲し、再び主人公たちと対峙。ファルス・アームを率いて「恐怖を植え付ける能力」によって市民を混乱に陥れる。主人公たちとの戦いでは完全に圧倒し、前回は手を抜いていたことが判明する。しかしホルシードの「妹を助ける」という想いと主人公の「諦めない」という想いに次第に圧されていき、本来の人格を取り戻し始める。見咎めたナスリーンの手を借りてこの場は引き下がった。

本来ならアフタルの意識はダークファルスに飲み込まれて消滅し、そのダークファルスもファルザードの制御下に置かれるはずだった。しかし今の状態は「アフタルの犠牲心（エルジマルトのために犠牲になる、すべてを犠牲にしてでもエルジマルトを存続させる）」がダークファルスに反映され、それが表に出ているというものだった。

ファルザードの真の狙いは「恐怖」の能力で複数の惑星を混乱に陥れ、負の感情に引き寄せられたダーカー因子を集めることにあった。そうすることでアフタル以上の大規模な「ダーカー炉」を築きエルジマルトを守ろうとしていた。アフタルもまたそれに従い、各惑星にファルス・アームを向かわせる。これを阻止するべくアークス側も動き、舞台は再びカーネベデへ。そしてソルーシュ、ナスリーンを撃破して来た主人公たちと最後の戦いを演じる。

死闘の中、ホルシードの歌、星骸布、そして主人公たちのフォトンが合わさり新たな可能性を切り開く。それは闇の中に閉じ込められたアフタルの心に「歌」として届いた。

アフタル本来の意識は闇の人格に抑えられており、己の存在を手放すところまで追い詰められていた。そんな彼女を励ましたのが、亡き母と祖母であった。星骸布には二人の意志が宿っており、ホルシードの歌がアフタルに届いたことで語り掛けてきたのだ。姉の歌と共に伝わる温かな想いに包まれ、生きる気力を取り戻したアフタルは自らも歌うことでダークファルスの呪縛を打ち破る。

切り離された闇の人格は「エルジマルトのためにすべてを犠牲にするアフタル」となって襲い掛かって来たが、主人公たちは力を合わせてこれを撃破する。直後、その闇の残滓を取り込んだ最後のヴィーナー・ファルザードと決着をつけることに。ファルザードの力は強大であり、姉妹の歌もバリアに阻まれて通じなかった。しかしスレイマンの自爆特攻によってバリアを破り、更に星骸布の能力によって宇宙規模の大合唱が起こりファルザードの闇を抑え込む。そして星骸布に乗せた主人公たちのフォトンによって闇の残滓は今度こそ消滅したのだった。

全ての黒幕と思われたファルザードだが、本心ではこうなることを予期し、「エルジマルトの悪」として討たれることですべての罪を背負うつもりでいた。だがアネットに治療されたナスリーンが駆け付け、必死で説得したことで生きる気力を取り戻した。

だが戦いはまだ終わっていなかった。すべての元凶――ダークファルス【残影】はまだ健在だったからだ。彼のダークファルスは遠い昔、ダークファルス【巨躯】から分離した影の存在。人々に恐怖を植え付けることで争わせ、闘争を楽しんでいた。アフタルとホルシードによって星骸布は完全な力を取り戻し、カーネベデに潜んでいた【残影】を引きずり出すことに成功する。しかし紛い物とはいえダークファルスの力は絶大であり、歌の力も通じず恐怖の能力によって屈服させられそうになる。だがジェネが一時的に断翼ロート＝ラウトとしての力を取り戻したことで恐怖の能力を相殺。アフタルとホルシードは主人公を援護し、見事勝利へと導いたのだった。

カーネベデの空は元に戻り、ホルシードたちも新型イノセントブルーによって新たな肉体を得た。和解したダーカーバスターズとヴィーナーたちは、平和を取り戻したカーネベデにてパーティーを開くのだった。