ファンタシースターシリーズに共通して登場するエネルギー。本作では、宇宙空間から大気、果ては体内まで存在する。また他者の感情の影響を受けやすく、それによって能力を変容させるという特質がある。正体は、全知存在（アカシックレコード）の情報収集端末であり全知存在そのもの。全知存在はフォトンを通して宇宙の全てを記録している。そのためフォトンはどこにでも存在する。アークスはフォトンから「エネルギー発生の記録を引き出す」ことでフォトンアーツを用いている。

テクニック

ファンタシースターシリーズに共通して登場する呪文。大気中のフォトンを使い、いわゆる「魔法」のような現象を起こすもの。似たようなものとして「マジック」が存在するが、テクニックはマジックを誰にでも扱えるように科学技術で再現したものである。

マターボード

EP1～EP3において深く関わる超重要アイテム。劇中ではどういったものなのか明言されておらず、ユーザー側に推測させるような記述となっている（シオンの望む未来に向かわせるためのもの、など）。

アルマの解説によれば、「歴史を変えたとしても時間の自浄作用が働き、どこかで同じようなことが起こる」という。たとえば死ぬはずだった人間を助けても、別の時間で死んでしまう。

しかし、シオンはその結果も見えているので、どういう風に改変すればそうならないかもわかっている。「それ」を主人公に伝えるためのアイテムがマターボードである。

とはいえ、シオンの想定通りに歴史を改変したとしても上手く行くとは限らない。プレイヤーは改変に成功するまで無意識に時間を遡っていたのだ。

後にシエラが2年間の休眠から目覚めた主人公の為にストーリーボードを作成。こちらのストーリーピース開放条件は指定したクエストのクリア程度に止めており、ルートもメインストーリーは分岐もなくシンプルになっている。

創世器

各種武器のプロトタイプ。採算度外視で開発されたため非常に高性能。

……ということになっていたが、その正体はフォトナーを素材にして創り上げたもの。そのためか名称にはフォトナーの名前が用いられている。マザーシップ（シオン）からエネルギーが供給されており、これにより絶大な威力と性能を発揮している。

現在ではフォトナーを素材にしなくても創世器を作れるようになっており、EP3ではジグが新たに作った新創世器が登場した。こちらはシャオによってエネルギーが供給され、従来通りの性能を引き出している。

なお、すべてのフォトナーが自ら望んで創世器になったわけではない。

シンパシー

「キャラクターソングCD」シリーズに登場する装置。その人間の深層心理を読み取り、歌を自動生成する。虚空機関によって開発された。

真の狙いはシオンの心を読み取るためのものである。

EPISODE4

マザー・クラスタ

エーテルの通信技術を用いて実質的に世界を支配している組織。各国の有権者を仲間に引き入れているだけではなく、その気になればいつでも核ミサイルを発射できる立場にある。

アースガイド

古くから『地球の導き手』として活動していた秘密組織。現在は権力を一手に担うマザー・クラスタを危険視し、対立している。だが戦況は芳しくない。

エーテル

表向きは近年、地球で発見されたという粒子。大気中に存在し、これを使えば媒介の必要もなく情報通信が可能となる。地球ではエーテルを用いたネットワーク通信が確立されており、その技術力はオラクルに引けを取らない。能力としては、何かをかたどったり、情報の伝達（伝える）に特化されている。エーテルを扱う素養の持ち主ならば、イメージを具現化させることが可能。

正体は、地球次元に捨てられた最初の人造全知存在の「他者と繋がりを持ちたい」という想いによって変質したフォトン。情報通信に秀でている反面、フォトンほどのエネルギーは生み出せない。

エーテル通信

地球で日常的に使われている超高速通信。場所を選ばずに通信が可能な上、異次元だろうが通信が行える。マザー・クラスタはこれを用いてオラクル次元に『PSO2』からアバター体を送り込んでいた。

ESC-A（エスカ）

コンピューターの基幹となる、オペレーティングシステム（OS）の名称。マザー・クラスタが開発・普及させたもので、エーテル通信を用いたクラウド技術が使われている。

2027年にはパソコンやスマートデバイスなど、様々な機器に採用され日常生活に浸透している。

エスカタワー

エーテルを散布し、エーテル通信を広めるための施設。地球の至る所に設置されている。

PSO2（ピーエスオーツー）

地球で大人気のオンラインゲーム。その実態は、マザー・クラスタがオラクルの情報を得るために作ったアプリ。プレイヤーはアバターを通して知らず知らずの内にマザーへと情報を送っている。

アバター体

『PSO2』でプレイヤーが操作するキャラクターのこと。アバター体はエーテルで創られており、身体構造はオラクルの人間と殆ど変わらない。なお、エーテルを扱う素養のある人物ならば、よりリアルにアバター体を操ることができる。

具現武装

地球人がエーテルによって具現化させた武器。使い手のイメージが反映されており、心の強さと意志の強さが具現武装の能力を向上させる。その姿形はエーテルの素養がなくても目にすることができる。

EPISODE5

全知存在（アカシックレコード）

宇宙の始まりから終わりまでを記録し続ける存在。フォトンは全知存在の端末のようなものであり、これを用いて宇宙のすべてが記録されている。当初はシオンがこの全知存在とされたが、EP3設定資料集では「ルーサーの思い込みだった」と説明され、EP5では正真正銘の全知存在が登場。地球次元から流れ込んだエーテルによって全知存在が具現化（目に見える存在になった）し、異世界オメガとして登場した。

そして、EPISODE6最終章では誕生の秘密が明らかになった。

ブラックホール

オラクルと地球の次元に突如として出現したもの。通常ではありえない速度で拡大を続けており、放っておけばやがて宇宙そのものを飲み込んでしまうという。EP5における目的はこのブラックホールを消し去り、宇宙の消失を阻止することにある。

エフィメラ

異世界オメガのいたるところで咲き乱れる紫の花。魔術の触媒として非常に優秀であり、オメガではこれを用いた様々な魔術体系が確立されている。異世界から人や魔物を呼び込む召喚術、身体能力を強化する魔人化などなど。

その正体は、ダーカー因子の塊。オメガと【深遠なる闇】が融合したことで数十年前に誕生した。ダーカー因子と同じく使用する者の精神を蝕み、自分に賛同しない人間に対して攻撃的になる。

EPISODE6

人造フォトナー

フォトナーたちが生み出した人造存在。「終の女神」「義の男神」「偽の女神」が該当。

劇中では彼らもフォトナーと呼ばれ、特に区別はされていない。神とまで呼ばれるほどの強さを誇り、主人公でも一人では太刀打ちできないほどの力を持つ。

世界の器

すべてのフォトンを受け入れられる体質のこと。これに該当する者は【深遠なる闇】の依代にもなれる。

大いなる光

人の祈りや希望の集合体。負の感情の集合体である【深遠なる闇】に対抗できる唯一の力。

登場勢力

オラクル

PSO2に登場する惑星航行船団。EP5からは「オラクル次元の宇宙」という意味も込めてオラクルが使われるようになった。

アークス

PSO2においてプレイヤーが所属する組織及び人員の名称。フォトンを操る能力を持つ。

「惑星の調査」と「原住民との交流・交渉」を役割とする……ということになっているが、真の目的はダーカーの殲滅にある。

実は彼らは、フォトナーがとある惑星の原住民たちを拉致・改造したことで生み出した存在である。自分たちに代わってダーカーと戦わせるために、フォトンを扱う能力と最も相性のいい原住民を選び、フォトンが扱えるように改造した。これがヒューマンの始祖である。ちなみにオラクルでは、試験管ベビーが日常的に生み出されているという。

フォトナー

アークスたちの造物主。かつてオラクルを支配し、全宇宙に版図を広げた人間でもある。

元々は地球に毛の生えた程度の技術力しか持っていなかったが、宇宙に進出した際にシオンと接触し、フォトンの扱い方を教えてもらったことで文明が発展を遂げる。いつしか全宇宙に版図を広げ、様々な惑星を支配するようになっていた。そのため肥大し過ぎた組織の管理を人造全知存在（シオンの模倣体）にやらせようとしたが、フォトナーたちの「怠惰」の影響により【深遠なる闇】へと変異。一人のフォトナーを犠牲にすることでこれを封印するが、残されたダークファルスたちには太刀打ちできず命からがら逃げ出した。ダーカーから逃げ続ける中、アークスを生み出し、自分たちはシオンとの同化を考えるようになった。

ダーカー

PSO2における宇宙の敵。生物・無生物問わず憑依し、乗っ取ることで形を成す。

仮に倒したとしてもダーカーの残滓である「ダーカー因子」が近くにいる生物を侵食し、また新たなダーカーに作り変えてしまう。侵食を受けた生物は自我を失い、生ける屍も同然の状態になる。こうなると助ける方法がないため殺すしかない（クロト談）。ダーカーはアークスを狙っており、アークスの現れるところならどこにでも現れる。また侵食の影響を受けた生物は、アークスに対して攻撃的になる。

正体はダークファルスの一部。自我はなく、【深遠なる闇】の意志によって動かされる駒である。