概要
エクエストリアのエバーフリー森に位置している。
スタースワールと彼の友達が植えた種子が起源だという。この木で開かれたエレメントオブハーモニー素は悪役たちを倒すための主人公たちの力の源泉であり、エバーフリー森の魔力を統制して森が他の場所を侵犯できないように防ぐ役割もした。
マイリトルポニーG4の世界観最強者。各シーズンの始まりと終わりに強敵が登場するたびに元素を借りてムチルという文字通りプロット上のデウスエクスマキナ。例外としてキング・ソンブラとクイーンクリサリス、スターライトグリマーはハーモニーの魔法と元素と相対しなかった。
この木ではエクエストリアの核心思想であるハーモニーの力が込められた六つのアーティファクトであるエレメントオブハーモニー(Elements of harmony)が開かれる。ハーモニーを成す五要素である信頼（Honesty）、忠実（Loyalty）、親切（Kindness）、優しさ（Generosity）、笑顔（Laughter）とこの五要素を一つにまとめる魔法（Magic）が集まってこそ力を発揮できる。
本編の最初のエピソードである1～2の内容がまさにこのエレメントオブハーモニーを探し出して、主演がこの元素を象徴する心氏を持っており、したがってこの元素を扱うことができることを証明する過程である。
元素が六つの理由は種に魔力を吹き込んで植えたスタースワールとその友達が6人だったからだ。
この時魔力を吹き込んだポニーたちのキューティーマークはそれぞれ力（Strangth）、勇気（Bravery）、癒し（Healing）、美しさ（Beauty）、望む（Hope）、魔術（Sorcery）。そして魔法の元素を除けば元素が最初からその意味を持っているわけではなかった。
主人公たちが試練を勝ち抜いて元素の主人になると、それぞれの元素が主人公たちのキューティーマークの形に変わり、それに合った意味を持つようになる。
通常ファンの間ではこの六元素を持つ主演をメーンシックスと言うが、二次創作物でエクエストリア内部の立場で彼らを呼称するときは代わりに元素の主人(Bearers of the Elements)、あるいは象徴する元素そのまま呼称することが多い。
トワイライトスパークルを「魔法のエレメント」と呼ぶのが代表的な例。
普段乱発するにはあまりにも強力な力を持っており、通常エクエストリア全体が危機に陥る緊急事態であるときにのみ取り出して使用するものと描写される。
最初はセレスティアが保管していたが、ディスコードを倒した後にはトワイライトが直接保管することになる。
千年前、セレスティアとルナが調和の木から元素を借りてディスコードを封印し、その後解放すると再び封印した後は教化のために解くのにも使用する。ルナがナイトメアムーンに倒れたとき、セレスティアが月に追放するために使用した。ナイトメアムーンが戻ったときはナイトメアムーンをルナに戻した。
第5世代ではアースポニー、ユニコーン、ペガサスそれぞれに対応するクリスタルがハーモニーの木が作ったと推定するファンがいる。
劇場版でハーモニーの木と推定される木が発見された。
活躍
シーズン4
ハーモニーの木の魔力が枯渇し、ディスコードが植えた略奪の種が這い上がって元素を木に返す。
すると木が回復すると同時に箱が現れ、友情に関連するものを集めて鍵に変えて第4シーズン最後のエピソードに最後の鍵を得てティレックを倒す。そしてエンディングではトワイライトの壊れた家に代わる宮殿を建て、宮殿内の地図で他の場所で起こった友情問題とこれを解決できる人物を表示する。
シーズン5
スターライトグリマーが友情の城の指導を利用して過去に時間旅行をして彼らの友情をなかったことにした。
これにより今まで強敵を退けてきたこともなかったことになったが、これを感知したのか、トワイライトがあった時間帯に友情の城があった場所に指導だけは回復しておいた。
シーズン8
トワイライトスパークルの形をしたアバターとして現れ、友情学校の学生たちをテストした。
黒幕の堕落にあってすべての魔法が消える危機を防いだのもハーモニーの木。
シーズン9 (最後)
キング・ソンブラによって打ち砕かれた。
しかし、すでにメーンシックスは元素を保有していなくても友情の魔法を使うことができる状態だった。以後は友情学校の学生たちが壊れたハーモニーの木で家を建て、これをベースにして新しい姿で復活する。共に粉砕されたエレメントオブハーモニーは回復しなかった。
アメリカコミ
展開される第10シーズンで意外と展開の核心に浮上しているが、世界中になんと五つのハーモニーの木が存在し、様々な種族にそれぞれ元素に対応するキャラクターがあると出てくる。
しかもハーモニーの騎士団という用語まで出てきてファンたちは混乱に陥る中。
