1868年、世界各地の海で船舶が謎の怪物に襲われ沈没する事件が相次いだ。船乗りたちは怪物を怖がり出港を拒み、港には出港できない船と乗客が溢れていた。出港できずに途方に暮れていた海洋学者アロナックス教授の元をアメリカ政府の役人ハワードが訪れ、怪物の正体を調査する軍艦への乗艦を依頼する。アロナックスは助手のコンセイユと共に調査艦に乗り込むが、3か月間の調査にもかかわらず怪物は発見できず、元々怪物の存在に懐疑的だったファラガット艦長は調査の打ち切りを決定する。その夜、調査艦の近くを航行していた船が爆発を起こし、怪物が姿を現す。ファラガット艦長は攻撃を命令するが、怪物に体当たりされ調査艦は沈没し、アロナックスとコンセイユ、銛打ちの名手ネッドの三人は海に投げ出されてしまう。三人は海を漂流した後、怪物こと潜水艦ノーチラス号に辿り着き、艦を操るネモ艦長に捕えられてしまう。ネモは海洋学者のアロナックスに興味を持ち歓待し、アロナックスも高度な技術を持ち、海底で自給自足の生活を送るネモを人類の未来に貢献する人物として興味を持つ。ネモはアロナックスをとある島に連れて行き、火薬の原料・硝酸塩を運び出すために強制労働を強いられている人々を見せ、「かつて、自分もこの島の奴隷だった」と告げ、硝酸塩を積載した運搬船を撃沈する。一方、ネッドは自由を求めノーチラス号からの脱出を目指し、アロナックスの身を案じるコンセイユも彼に同調する。二人はアロナックスの日誌から、ネモの拠点がヴァルケニア島という孤島であることを知り、バルケニア島の座標を書いたメモを入れた瓶を海に流す。

ヴァルケニア島への航海の途中でノーチラス号は座礁してしまい、修理の間、ネッドとコンセイユは付近の島に上陸する。ネッドは援軍を呼ぶためコンセイユと別れるが、島の食人族に見付かりノーチラス号に逃げ戻り、追いかけてきた食人族はネモが仕掛けた電気ショックに驚き退散する。ネモはノーチラス号から逃亡しようとしたネッドを処刑することに決め監禁するが、その日の夜に軍艦と遭遇しノーチラス号が損傷し、さらにクラーケンに襲われる。ネモは船員たちを連れ海上でクラーケンと戦い、食べられそうになったところをネッドに助けられ、彼の処刑を取り止める。

ヴァルケニア島に到着した際、アロナックスはネモにこれ以上人類と戦うのを止めるように説得し、ネモは自身が持つ技術をアロナックスに委ねようか迷っていることを伝える。しかし、ネッドが流した情報を聞きつけた軍隊が島に上陸したことを知ったネモは、技術が軍事利用され争いの火種となることを防ぐため、島を軍隊ごと爆破しようと試みる。ネモは基地に爆破装置を仕掛けるが、ノーチラス号に戻る際に軍隊の銃撃を受けて瀕死の重傷を負い、ノーチラス号も自沈させようとする。船員たちはネモと共に死ぬ運命を受け入れるが、道連れを拒否したネッドはノーチラス号を浮上させ、アロナックスとコンセイユを連れて脱出する。ボートで脱出に成功した三人が振り向くと、ヴァルケニア島は軍隊を巻き込んで大爆発を起こしており、ノーチラス号も時を同じくして海底に沈んでいった。

登場人物

ピエール・アロナックス教授

本作の主人公で語り部の海洋生物学者。

連続沈没事故について、新聞の取材の中で「怪物がいるのではないか」と発言したことにされてしまい、それが元でアメリカの調査艦に同乗する。が、ノーチラス号による体当たりによって船が沈没。助手のコンセイユ、銛打ちのランドと共に、ノーチラス号に保護される。

ネモには「仲間のために命を張れる人間」と評価され、最も親しくなる。ネモの過去や、ノーチラス号の秘密の動力についても、彼だけが特別に見せてもらった。彼の論文は、ネモもよく読んでいた。ディズニーシーの海底二万マイルのアトラクションのQライン中に展示されているミステリアスアイランド近海の海図にはアロナックス深海と呼ばれる海溝が載っている。

コンセイユ

アロナックスの助手。

調査艦から投げ出された教授を追って自らも飛び込むなど、原作同様教授に対して忠実な男。だが、ノーチラス号に入ってからは、ネモと親しくなるアロナックスと距離が生じ、ランドと共に話す機会も増える。

ネッド

銛打ちとして調査艦に雇われていた、ギター好きな陽気な男。調査艦の上で歌を披露したり、ノーチラス号に拾われてからも貝殻や骨を使ってギターを自作するほど。血気の盛んなところがあり、度々トラブルを起こす。ネモとは相性が悪い。

銛打ちとしての腕は確かで、ノーチラス号に襲い掛かりネモを食い殺そうとしていたクラーケンを、急所に一発で銛を打ち込んで仕留めた。また、触手に絡めとられたまま海に引きずりこまれたネモを助けたり、潜水するノーチラス号の甲板上にしがみ付き続けるなど、屈強な肉体も持つ。（俳優はみんな大好き

カーク・ダグラス）

ネモ艦長

19世紀には有り得ない技術の結晶である巨大潜水艦ノーチラス号を発明した天才科学者であり、ノーチラス号の艦長。ノーチラス号を操って、世界各国の海で艦船を沈めて回っている。

海底世界を異常に愛しており、反面、地上を嫌悪する。酸素補給と艦船攻撃の際ぐらいしか浮上したり地上に上がったりすることはなく、それ以外の食事などは全て海産物で賄っている。

ある国の軍が秘密裏に開発している孤島で、火薬や武器の開発のための奴隷として使役されていた過去を持つ。異常に地上を嫌悪し、艦船を攻撃するのもそのため。

少なからず常軌を逸した面があるものの、基本的には理知的で紳士的な人物。読書家で、アロナックスの論文を愛読していた。音楽にも通じており、劇中でもオルガンでトッカータとフーガニ短調を演奏している。勇敢でもあり、ノーチラス号に巻きついたクラーケンに自ら戦いを挑む。ネモ艦長を演じたのはジェームズ・メイソンであり、ディズニーのネモ船長は基本的にこの人。ディズニーシーのアトラクション「海底二万マイル」のQライン中のネモ船長の書斎に彼とノーチラス号が描かれた肖像画が飾られている。ジェームズ・メイソンは後にジュール・ヴェルヌのSF小説「地底旅行(Journey To The Center Of The Earth)」の実写映画「地底探検」にもリーデンブロック教授として出演しており、ディズニーシーのセンターオブジアースにネモ船長が登場する事と関係があるのかもしれない。彼が「地底探検」で発言した「人類の探究心を止めることは出来ない」という発言は、海底二万マイルのアトラクションの最後のネモ船長の言葉「我々の探検と研究に終わりはないのだ。」と似ている気がするのは気のせいだろうか？

ノーチラス号

武装

魚雷などは積んではいないが、主武装として船首に巨大な衝角を備え付けてあり、これを使って高速で敵船の船底を貫き、船体に備え付けられた鋸状の突起で敵船の船底をえぐるという、原作よりもエグい攻撃力を持っている。また、原作同様、船の防御機構として弱い高電圧電流を流す事が可能となっており巨大イカや人食い人種を怯ませる事が可能である。このギミックはディズニーシーの本作のアトラクションにも反映された。

動力

原作との大きな相違点の一つがこの動力である。原作では海中のナトリウムを利用し、船全体を電池のようにして発電した電力でモーターを回していたが、本作では動力室のシーンで防護服のような物をアロナックスが着用して見学したり、アロナックスが「宇宙の真のエネルギー」と表現した事や、ネモ艦長との会話でアロナックスが「これがあれば世界をすっかり変えることができる」と言ったのに対し、ネモ艦長が「破壊する事も可能だ」と返した事、そしてキノコ雲を上げて島一つを跡形もなく消し去る威力の爆発を起こすことなどから原子力であると推測される。ネモ艦長は死の間際、「世界がより良いものになった時、全てが実現するに違いない」と発言したがこれは潜水艦や原子力エネルギーの平和利用に関する言及だと思われる。因みにディズニーシーのミステリアスアイランドのドリリングマシン等の大型機械装置の一部は、地下坑道内で排気ガスを出さないようにする為に、ネモ船長が発見した熱を発生する金属「ネモニウム」を使って動かしているそうだが、もしかしたらこれが原子力エネルギーの正体かもしれない。

デザインについて

全体的にリベットで固められており、船首や背鰭に鋸状の突起が備えてある。操舵室に窓が三つありその内の二つは前方確認用の大きな目のような丸い形状をしている。（残り一つは後方確認用の小窓で、模型やディズニーシーのノーチラス号等で結構無視されている。）サロンの大窓は二つあり、カメラの絞りのような鉄板が開閉するギミックが備えられている。サーチライトは操舵室の上に二つ、サロンの大窓の周囲に大小のサーチライトが計八つつけられている。

世界中でノーチラス号のイメージといえばこの形と言っても過言ではないくらい有名なフォルムである。デザインはハーパーゴフ氏が担当し、スチームパンクを基調としてワニとサメを合わせた形にしたらしい。（タツノオトシゴに見えなくもない気がする。）

細部について

潜水服

独特な形状の潜水服で、クルーの役割によって異なる潜水服が用意されている。ネモ艦長の物だけ頭にサーチライトが備えてある。基本的に背中に酸素ボンベを背負いそこから額の部分にかけてチューブが伸びている構造になっている。この潜水服はディズニーシーの海底二万マイルのアトラクションのQラインやノーチラスギフトに展示されているので近くで観察してみよう。

水中銃

劇中で一回しか使用されないが、かなり単純かつ独特なデザインの水中銃である。バレルと銃床が直接つながっており、下部の圧縮空気タンクにトリガーが備えてある。弾丸は空気の力で発射され、赤い軌道を描いて飛ぶ。この銃を是非ともミステリアスアイランドにも置いて欲しかった...

食事

原作同様海から採れる材料で賄われており、ネモ船長のオススメはタコのハラコのソテーである。

ミステリアスアイランド内の食事も勿論全て海産物である。（最近は地底で取れたキノコとかも入れてるらしい）

ヴァルケニア島

ネモ船長が仲間達と逃げてきた地図に載らない無人の火山島。ここでネモ船長は科学的研究に没頭し、最新鋭の潜水艦ノーチラス号を建造した。島は何処かのネズミの王国で見たことのある火山島にそっくり(というかそのもの)であり、高い火山の麓に大きなカルデラ湖が広がるという独特な形状の複合火山である。この大きなカルデラ湖の中にネモ船長は秘密基地を構えており、カルデラ湖へは海底の秘密の洞窟を通って入る。劇中ではキノコ雲を上げて大爆発して太平洋へと消えたが、あるネズミの王の魔力によってネモ船長もろとも復活したらしい。現在温和になったネモ船長によってこの島への入島が許可されているため興味のある人は一度訪れてみるべきである。(ネモ船長にあった者は未だに誰もいないらしい...)尚最近は火山活動が活発なため訪れる際は十分に注意して行こう。