G1
サイバトロンのリーダーが代々受け継いできたクリスタル状のパーツ。歴代のリーダー達の魂（スパーク）が宿っており、「英知の結晶」と呼ばれている。
受け継ぐ素質のある者がいない時期は、セイバートロン星の長老であるアルファートリンが保管していた。900万年前、彼がオライオン・パックスを初代コンボイへとリペアした際、その胸へと埋め込んだ。
両脇の把手を左右に引き出す事でクリスタル状のパーツが露出し、マトリクスに宿った英知を解き放つ事ができるが、素質のない者には把手を開く事すらできない。
ユニクロンは、このマトリクスから発せられる霊的な光「サイバトロンのエッセンス」を唯一の弱点としており、ガルバトロンに破壊を命じた。
因みにデストロンにはマトリクスに相当するアイテムは存在しないものの、玩具展開のみのシリーズでは、マトリクスとは相反する存在となるデッドマトリクスが登場。
ユニクロンの尖兵であるネメシスプライム（ビッグコンボイのリカラー品）やブラックコンボイ（『マスターピース』版コンボイVer.2.0のリカラー品）の胸部に格納されており、マトリクスの力を打ち消す効果があると言われている。
なお、アニメでは『ザ・ムービー』から登場した後付け設定である為、アニメの第1・第2シーズンでは名前を含めて一切登場していない。
但し、第1シーズンと並行して展開されていたアメコミ版では、トランスフォーマーに魂を与える事ができる「クリエーション・マトリクス」という物が登場しており、これがアニメ版マトリクスのアイディアの元になっている。
その後のシリーズでは
G1シリーズのオフィシャルな続編である『ビーストウォーズメタルス』にも登場し、初代コンボイのスパークが一体化していると説明された。これを体内に一時収納したメタルスコンボイをパワードコンボイへと変化させている。
国内版アニメシリーズでは、サイバトロンの各司令官が「ウルトラマトリクス」（ジンライ）「エネルゴンマトリクス」（ライオコンボイ、ビッグコンボイ、ファイヤーコンボイ）などといったパーツを「司令官の証」として所有しているが、これらは本来のアニメの世界には存在しないものである。
実写映画
『トランスフォーマー/リベンジ』にて初登場。
オールスパークから派生したリーダーの証であり、「リーダーのマトリクス」と呼ばれている。
その正体は、恒星を破壊してエネルゴンを得るスターハーベスターを作動させる為の鍵だった。
プライムの一人、フォールンに悪用されないようにする為、先代のプライム達が命と引き換えに封印。「勇気ある者」だけが手にする事ができると言われている。
サムはこれを見つけ、機能停止したオプティマスプライムを蘇らせた。
『トランスフォーマー/ダークサイド・ムーン』では、月面に不時着した宇宙船・アークに眠るセンチネルプライムを蘇生する為にオプティマスが使用した。
プライム
オライオンパックスが戦争で汚染されたサイバトロン星の最深部に入った時、プライマスに託された。これによりオライオンは最後のプライム、オプティマスプライムとして生きていくようになる。それ以後の記憶はマトリクスの英知に刻まれていたのか、ガイアユニクロン封印の際に記憶を無くしてしまい、オライオンに戻ってしまった。
また、アイアコンの遺産マトリクスセイバー（原語名スターセイバー）は、マトリクスの力に反応するという事が劇中で述べられている。
余談
ホットロディマスがロディマスコンボイとなった際に老け顔になってしまった事や、コンボイがよく高所から落ちる事から、ファンの間では「老け顔と落下のスキルを受け継ぐ」というネタがあったりなかったり…
