概要
略称は「戦自」。英文表記は「JAPAN STRATEGY SELF DEFENSE FORCE (JSSDF)」。劇中では世界最強の軍隊の一角に数えられる。
セカンドインパクトの後、既存の陸上・海上・航空自衛隊は国連軍へと編入されていたが、2003年南沙諸島において発生した中国とベトナムの軍事衝突を契機に、固有の軍事力を必要とした日本政府により新たに設置された。国防省直属。
なお、国防省は架空の省庁であるが、一方でJAの起動算譜には実在する防衛庁（現実世界での日本国では2007年1月9日より「防衛省」に移行）の名前が入っている。JA計画について、「（戦自の）介入は認められず」とするリツコの台詞からは、国防省が戦自を、防衛庁が陸海空自衛隊を統括するという区分になっていると推測される。
戦力について
航空戦力
ハリアーに似た胴体を持つVTOL機（グリーン塗装の重戦闘機）
大型ミサイルを搭載、六発のエンジンを持つ攻撃機（第壱話で国連軍機としても登場）
陸上戦力
装輪戦闘車両
M551試作軽戦車
自走ロケット砲（9A52-4、MLRSの二種）
爆雷投射車両
指揮通信車両
輸送トラック
歩兵装備
H&K G11（ケースレス方式のドイツ製自動小銃：初期型）
FN ブローニング・ハイパワー（ベルギー製自動拳銃：リングハンマー仕様）
コンバット・ナイフ
携帯式無反動砲
バリスティック・シールド（個人携行用防弾盾）
ネルフ本部の直接占拠に際して投入された戦略自衛隊だが、その突入部隊の個人装備は閉所空間における任務の性格からCQB（近接戦闘）に特化した構成になっている。そのため、劇中ではブラックカラーで個人装備が統一され、戦闘服、タクティカルブーツ、タクティカルグローブ、ボディーアーマー、ヒップホルスターを着用した上、頭部及び眼球保護の目的からフェイスマスクとヘルメット、ゴーグルを着用するなど、SWAT（特殊火器戦術部隊）に代表される特殊作戦部隊の個人装備を意識した体裁となっている。
なお、劇中に登場する全ての隊員が着用していた特徴的なヘルメットは、通気用のホールが施されたデザインから樹脂製のクラッシュ・ヘルメットと思われる。クラッシュ・ヘルメットは元来アイススポーツなどに用いられる耐衝撃緩和を目的としたヘルメットであり、防弾性能は皆無だが軽量で通気性が良く機動性が確保できるため、CQB（近接戦闘）において高機動性を重視する実際の特殊部隊、特に船舶臨検部隊などに多用されている。
その他
N2弾道ミサイル
BC兵器（『Air/まごころを君に』に登場はしないが青葉シゲルと日向マコトが会話中で使用する可能性に触れている）
PSPゲームにおいて使用されることもある。
基本的な兵器から弾道ミサイルのように高度に戦略的な兵器、また爆雷投射車両という、そもそも使用機会があるか怪しい兵器まで装備しており、限定的な能力を持つ特殊部隊のような組織ではなく、あらゆる状況に対応できるよう整備された戦力である事が伺える。作中には登場しないが、制空戦闘機や海上戦力を有する可能性もある。
関係機関
技術開発のために戦略自衛隊技術研究所という研究機関を持つ。作中ではヤシマ作戦時に、ポジトロンスナイパーライフルの基となった試作自走陽電子砲を開発した戦略自衛隊つくば技術研究本部が登場した。
作中の立場
ヤシマ作戦と旧劇場版における本部侵攻以外にはこれといった出番は無いが、ネルフ関係者は何度か戦自を意識した発言をしており、ネルフへの対抗色の強い組織として描かれている事が伺われる。
また、ゲーム『鋼鉄のガールフレンド』では陸上軽巡洋艦「トライデント」の開発を行っていた。
