略称は「戦自」。英文表記は「JAPAN STRATEGY SELF DEFENSE FORCE (JSSDF)」。劇中では世界最強の軍隊の一角に数えられる。
セカンドインパクトの後、既存の陸上・海上・航空自衛隊は国連軍へと編入されていたが、2003年南沙諸島において発生した中国とベトナムの軍事衝突を契機に、固有の軍事力を必要とした日本政府により新たに設置された。管轄省庁は日本国国防省。

なお、国防省は架空の省庁であるが、一方でJAの起動算譜には実在する防衛庁（現実世界での日本国では2007年1月9日より「防衛省」に移行）の名前が入っている。JA計画について、「（戦自の）介入は認められず」とする赤木リツコの台詞からは、国防省が戦自を、防衛庁が陸海空自衛隊を統括するという区分になっていると推測される。（ただし上記の通り陸空海の自衛隊は国連軍に編入されているため矛盾ができてしまう）

エヴァンゲリオンANIMAではネルフ本部改めネルフJPNと協力関係にある。

新劇場版にも登場。こちらは日本国内務省管轄の組織と設定されている。サードインパクト発生後、その戦力の一部はWILLEに吸収された可能性がある。

戦力について

国連軍でも使用されているものもあれば、独自の装備もある。

航空戦力

UN重戦闘機

その名の通り国連軍でも運用されているVTOL攻撃機。直線的で全幅が薄いシルエットが特徴なティルトジェット機で、主翼両端に可動式エンジンノズルを有する。武装は国連軍所属機と同じくロケット弾ポッド4基。
塗装はグレーを基調とする国連軍所属機と異なり、ダークグリーンを基調としたもの。

超大型爆撃機

第壱話でも国連軍所属機として登場した大型爆撃機。6発機で、T字尾翼とH字尾翼を組み合わせたような独特の尾翼を持つ。武装は国連軍所属機と同じく（機体の3分の2程度の大きさ）大型ミサイル1基。
こちらも塗装はUN重戦闘機同様ダークグリーンを基調としたもの。

プラティパスII

ANIMAに登場。ロシアから輸入したSu-27をベースにN2技術の実験機として戦自技研とネルフJPNが共同開発した機体。動力源にN2リアクター、推進器に重力子フローター、そして武装には陽電子砲を搭載している。
単座型と複座型の2種類が存在するが無人機としての運用も可能。
本機の開発によって得られた技術はアレゴリックウィングの開発に大いに役立てられている。
作中には白と青に塗装されたネルフJPN所属機が4機、灰色に塗装された戦自所属機が2機登場。
戦自所属機のコールサインは「モズ１」と「モズ２」。

陸上戦力

レオパルト2A7/A10主力戦車

実在するドイツの主力戦車・レオパルト2の改良型。現実のレオパルト2にもA6Mの近代化改修型に同じ名称が付けられているが、こちらはそれとは全く無関係。塗装は茶色。
新劇場版では国連軍所属車両として、緑基調の塗装をした車両が登場。

M551試作軽戦車

かつてアメリカ軍で運用された空挺戦車と同じM551の名を持つが別物。82式指揮通信車に似た車体を持つ6輪式の装輪戦車。74式戦車に似た砲塔を搭載している。塗装は茶色。
こちらもレオパルト2A7/A10同様、緑基調の塗装をした車両が国連軍所属車両として登場。

自走ロケット砲（9A52-4、MLRSの二種）
爆雷投射車両
指揮通信車両
輸送トラック
高機動車
三式試製メーザー砲車(エヴァンゲリオンANIMA)
軽装甲機動車（ヱヴァンゲリヲン新劇場版）

歩兵装備

H&K G11（ケースレス方式のドイツ製自動小銃：初期型）
FN ブローニング・ハイパワー（ベルギー製自動拳銃：リングハンマー仕様）
コンバット・ナイフ
携帯式無反動砲
火炎放射器
バリスティック・シールド（個人携行用防弾盾）
ネルフ本部の直接占拠に際して投入された戦略自衛隊だが、その突入部隊の個人装備は閉所空間における任務の性格からCQB（近接戦闘）に特化した構成になっている。そのため、劇中ではブラックカラーで個人装備が統一され、戦闘服、タクティカルブーツ、タクティカルグローブ、ボディーアーマー、ヒップホルスターを着用した上、頭部及び眼球保護の目的からフェイスマスクとヘルメット、ゴーグルを着用するなど、SWAT（特殊火器戦術部隊）に代表される特殊作戦部隊の個人装備を意識した体裁となっている。

なお、劇中に登場する全ての隊員が着用していた特徴的なヘルメットは、通気用のホールが施されたデザインから樹脂製のクラッシュ・ヘルメットと思われる。クラッシュ・ヘルメットは元来アイススポーツなどに用いられる耐衝撃緩和を目的としたヘルメットであり、防弾性能は皆無だが軽量で通気性が良く機動性が確保できるため、CQB（近接戦闘）において高機動性を重視する実際の特殊部隊、特に船舶臨検部隊などに多用されている。

その他

N2弾道ミサイル
超重N2弾「イピクロス・ジャベリン」
BC兵器

登場はしないが、『Air/まごころを君に』の劇中で青葉シゲルと日向マコトが会話中で使用する可能性に触れている。
PSPゲームにおいて使用されることもある。

トライデント級陸上軽巡洋艦「雷電」「震電」

PCゲーム『鋼鉄のガールフレンド』に登場。

四式統合機兵「あかしま」

ジェットアローンの発展機。詳細はジェットアローンを参照。

ヰ409特改

近代化改修によって予備浮力などを強化した2隻の潜特型潜水艦(史実では未成艦であるヰ404とヰ405)を並べてブリッジ翼で結合した双胴潜水艦。上陸部隊の支援を目的とした運用が成されている。

戦自艦「やまと」

戦艦大和の改修艦。主機を大型N2リアクター、副砲を単装砲に換装し艦首にVLS、艦橋にフェーズドアレイレーダーを設置するなど大幅な改修が施されている。
後部甲板にはエヴァ用の武装を搭載する事も可能。

基本的な兵器から弾道ミサイルのように高度に戦略的な兵器、また爆雷投射車両という、そもそも使用機会があるか怪しい兵器まで装備しており、限定的な能力を持つ特殊部隊のような組織ではなく、あらゆる状況に対応できるよう整備された戦力である事が窺える。

関係機関

技術開発のために戦略自衛隊技術研究所という研究機関を持つ。作中ではヤシマ作戦時に、ポジトロンスナイパーライフルの基となった試作自走陽電子砲を開発した戦略自衛隊つくば技術研究本部が登場した。

作中の立場

ヤシマ作戦と旧劇場版における本部侵攻以外にはこれといった出番は無いが、ネルフ関係者は何度か戦自を意識した発言をしており、ネルフへの対抗色の強い組織として描かれている事が窺われる。
また、ゲーム『鋼鉄のガールフレンド』で戦自は元少年兵の霧島マナをスパイとして碇シンジに接近させエヴァの秘密を探らせたりトライデント級陸上軽巡洋艦の開発を行っていた。作中のマナ救出作戦では葛城ミサトが戦自の対応にイラつく場面がある。
ANIMAでは上述の通り協力関係にあるが、仲はあまり良くなくユーロ軍のネルフJPN侵攻部隊を素通りさせている。