商業用アニメーション（テレビアニメ、アニメ映画など）の実制作を業務とする会社。制作会社の多くが加盟する一般社団法人として日本動画協会が設立されている。日本にある会社の多くが東京都（主に杉並区や練馬区）に拠点を構えるが、地方に構える会社もある。また、下請け会社や有名スタジオが地方にスタジオを構えることも珍しくない。

地方に本拠地を置く会社の例

京都府・京都アニメーション
富山県・P.A.WORKS
大阪府・GoHands

最大手でも従業員は数100人程度と非常に狭き門。特に現在のアニメーターは相当な力量が必要とされ、専門学校から一期に一人輩出すれば宣伝がうたれるほどで、正社員はおろか契約社員ですらなかなか採用されることがない。

作画のデジタル化が進んだ現在は、スタジオによる映像面でのクオリティの差はほとんどないと言われている。ちまたではクオリティの高いスタジオ、低いスタジオなどがまことしやかに評論されているが、多くの場合、予算と制作時間の違いに過ぎない（宮崎駿がポニョで手描きにこだわったのもそのためとされる）。但し会社ごとに戦闘シーンが得意だったり、長期シリーズが得意だったり、パロディーが得意だったり、所属するスタッフによって作風が会社ごとに異なることはもっぱら間違いではない。

混同されがちだが、製作および「販売会社」、つまりアニプレックスやポニーキャニオン、エイベックス、KADOKAWAのようなBD/DVDのパッケージを発売・販売する企業とは全くの別物。ただし、アニプレックスはA-1Pictures、KADOKAWAはENGIおよびStudioKADANをそれぞれ制作子会社として所有しており、2022年にはバンダイナムコグループの再編によりサンライズがブランド名を残しつつも旧バンダイビジュアルの事業を継承してバンダイナムコフィルムワークスに社名変更し、制作から製作・販売までを一貫体制で行う企業へ生まれ変わっている。
また、テレビ朝日がシンエイ動画を子会社化して以降、テレビ局による制作会社の買収も多くなり日本テレビがタツノコプロとマッドハウス、TBSテレビがセブン・アークス、フジテレビがdavid Productionをそれぞれ傘下としているが、各社とも親会社やその系列局以外のネットワークや独立局で放送されるアニメも制作している。大阪の朝日放送はSILVERLINK.を傘下に収めたが、これとは別に自社作品の供給に特化した「ABCアニメーションスタジオ」を2020年に立ち上げた。

アニメ制作会社は多くの場合、あくまで製作会社もしくは製作委員会からの発注で制作作業を担当しているだけであり、そのアニメが売れなかったからといっても、直接的な不利益を被ることはあまりない。
ただし、企画・製作にも関わる会社にとっては重大な問題となる。さらに長期的に採算が取れない場合も、会社が潰れてしまうリスクがある。

テレビアニメ、アニメ映画などの実制作を業務とする会社とあるが、ネット配信向けアニメ専門のアニメスタジオも存在する。

海外資本の国内進出

近年、中国のアニメ企業が人材獲得を目的に東京周辺にスタジオを設立する動きが相次いでいる。日本に進出した中国企業はアニメーターの正社員採用を打ち出しており、日本アニメの技術を取り込むだけではなく、日本を継続的な制作拠点とする思惑も垣間見える。今やアニメの市場規模は中国の方が遥かに大きく、中国企業の資金力も日本企業とは比較にならない。日本に拠点を置くアニメ制作スタジオの多くが中国資本という時代が、もうすぐやってくるのかもしれない。

アニメ制作会社の種類

・元請制作会社
アニメーションの企画、製作から制作までを行う会社。

・グロス請け制作会社 / 下請け制作会社
元請制作会社から、演出・作画・仕上げ・背景美術・撮影までの作業を一括して受注し制作業務全般を行う会社。

・専門スタジオ
作画・背景美術・撮影など、専門の制作工程のみの仕事を請け負う会社。