1981年の日本SF大会「DAICON 3」のオープニングアニメーションに関わった岡田斗司夫、武田康廣、赤井孝美、山賀博之、庵野秀明、村濱章司といった関西の学生らが、「DAICON FILM」として映像制作を行っていた。DAICON 3の後、岡田と武田は大学を中退しSFグッズショップ「ゼネラルプロダクツ」を設立。ゼネラルプロダクツは学生主体のDAICON FILMと密接な関係を持ちながら活動した。

なお上述のメンバーの大学時代における活動やエピソードなどは島本和彦の「アオイホノオ」に詳しく描かれている。

1984年秋に上京した岡田は『王立宇宙軍～オネアミスの翼』（王立宇宙軍）を企画し、同企画の制作にあたりガイナックスを設立した。岡田は『王立宇宙軍』のパイロットフィルムと企画書をバンダイビジュアル（BV）の役員会に持ち込み、BVは投資を決断。1987年3月、『王立宇宙軍』は劇場用映画として公開された。

ガイナックスは当初『王立宇宙軍』が完成すると同時に解散する予定であったが、同作品の制作費が予定を大きく超過したため、超過分は借金となった。そのため借金を返済すべく経営を続け、OVA作品の『トップをねらえ!』を制作した。努力と根性とエッチを売りにした同作品は好評だったがこちらにも過大な制作費をかけてしまったため、結果的に借金は膨らんだ。ガイナックスはさらに経営を続けざるを得なくなる。

1989年からは岡田の発案により、パソコン向けコンピュータゲーム制作にも乗り出しアニメと両輪の企画・制作を続けた。特に赤井が監督とキャラクターデザインを担当した1991年の『プリンセスメーカー』シリーズは育成シミュレーションゲームというジャンルの先駆けとなった。製造原価が低く済み、開発費も殆ど掛からなかった事からアニメ制作で出た赤字を補填し、当時会社にとって重要な収益になっていたという。

1988年からのOVA『トップをねらえ!』で注目を集め始め、TVアニメ『ふしぎの海のナディア』は1990年の最大の話題作となった。そして、1995年の『新世紀エヴァンゲリオン』はアニメの枠を越えて社会現象を巻き起こし、ガイナックスは一躍脚光を浴びた。

しかし、この「エヴァがもたらした利益」は後々、零細に等しかったガイナックスを放漫経営へと走らせる契機となり、種々の不祥事（後述）を引き起こす要因ともなった。

2004年にガイナックスは設立20周年を迎える。生誕20周年記念作品としてアニメーション作品『この醜くも美しい世界』、『忘却の旋律』を製作・公開。OVA『トップをねらえ2!』を制作。

2006年には庵野がガイナックスを離れる。

2007年には久しぶりとなるガイナックスオリジナルのアニメ作品『天元突破グレンラガン』が制作され、テレビ放送ののち翌年には劇場版も公開される。また、『新世紀エヴァンゲリオン』の劇場版リニューアル4部作『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』の製作が承認され、第1作『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序』が劇場公開された。新劇場版より同シリーズの制作はガイナックスからスタジオカラーへと移った（スタジオカラーはTV版当時エヴァを作った主力スタッフとともに、庵野監督が立ち上げたスタジオである。ガイナックスは直接制作には関わっていない）。

2011年には『グレンラガン』座組であった今石洋之らが退社。スタジオTRIGGERを設立する。

2012年にはめだかボックスを制作、放送。この頃より経営が悪化の一途を辿る。

2015年1月19日に、福島県に「福島ガイナックス(現:ガイナ)」を設立すると発表。三春町にある閉校した中学校に制作スタジオとミュージアムを併設し、同年4月に開設した。この企業はガイナックスとは資本関係にない。同時期、地方に関連子会社を相次いで設立している。

2015年春に『放課後のプレアデス』を制作・放送。

同作品を最後に、2016年9月30日にはアニメーション制作部門が事実上廃止され（所属していたスタッフは福島ガイナックスの関連会社に全員引き取られている）、以後新たなアニメーション作品の制作は行っていない。

この背景には後の「不祥事」の項目にある通り、庵野や今石らが去った後の放漫経営や幹部による会社資産の私物化に等しい行為があった。

長年経営の混乱が続いていたため元社員が運営するカラーやTRIGGERなどの各社が協力、グラウンドワークス代表の神村靖宏が代表に就任した。

勝手に売り払われた知的財産や多額の債務などの対応を神村らは必死に行ったものの、旧体制による放漫経営のツケはもはや収拾にも限界があり、2024年5月をもって破産申請が申し立てられたことが公式サイトで神村の署名により発表。設立40周年を迎える年でガイナックスの歴史に終止符を打った。

ガイナックス（GAINAX）の商標・称号については現在、カラーが権利を取得・管理したことも発表され、上記の「ガイナックス」「ガイナ」の名を冠した会社とも何らかのカラーとの折衝が行われる可能性がある。

主な作品

テレビシリーズ

ふしぎの海のナディア（グループ・タック、世映動画と共同制作　1990-1991）

新世紀エヴァンゲリオン（タツノコプロと共同制作 1995-1996）

彼氏彼女の事情（J.C.STAFFと共同制作 1998-1999）

まほろまてぃっくシリーズ（シャフトと共同制作 2001-2003、2009）

アベノ橋魔法☆商店街（マッドハウスと共同制作 2002）

ぷちぷり*ユーシィ（AICと共同制作 2002）

この醜くも美しい世界（シャフトと共同制作 2004）

忘却の旋律 (J.C.STAFFと共同制作 2004)

これが私の御主人様（シャフトと共同制作 2005）

天元突破グレンラガン（2007）

屍姫シリーズ (feel.と共同制作 2008、2009)

はなまる幼稚園（2010）

パンティ&ストッキングwithガーターベルト（2010）

ダンタリアンの書架（2011）

めだかボックス　(2012)

ステラ女学院高等科C3部（2013）

放課後のプレアデス（2015）

OVAシリーズ

トップをねらえ!（実制作はスタジオ・ファンタジア 1988-1989）

おたくのビデオ（1991）

炎の転校生(当初はレーザーディスクのみ 1991)

フリクリ（Production I.Gと共同制作 2000-2001）

Re:キューティーハニー（東映アニメーションと共同制作 2004）

トップをねらえ2!（2004-2006）

劇場作品

王立宇宙軍～オネアミスの翼（王立宇宙軍　オネアミスの翼）（1987）

新世紀エヴァンゲリオンシリーズ（1998-1998）

天元突破グレンラガンシリーズ（2008-2009）

Webアニメ

放課後のプレアデス（2011）※2015年にテレビシリーズとして放映

実写作品

エアーズロック

ネギマン

ゲームソフト

アリシアドラグーン（ゲームアーツと共同開発 1992年）

電脳学園シリーズ

プリンセスメーカーシリーズ

バトルスキンパニック

ミュージッククリップ

Marionette/BOØWY（アニメーションパート 1987）

その他

アニメ店長PV（2002）

製作中止作品

トップをねらえ!3(仮題)

蒼きウル

作品の特徴

サイエンス・フィクション（SF）ジャンルの作品世界構築や、いわゆる「美少女キャラクター」の登場人物造形を得意とするスタジオであった。

『トップをねらえ』、『天元突破グレンラガン』をはじめ、作品の始まりには地に足のついた描写からスタートしていたものが、終盤近くでは大幅に物語世界のスケールをインフレさせる作品作りは一つの特徴であると言える。

作品によっては視聴者を「突っぱねる」結末で終わる作品が少なからずあり（「視聴者突っぱねエンド」）、そうした点は賛否両論を生むことがある。

作品の最終回には過去の何らかのSF小説のタイトルを引用することがある。

また初期の作品を中心に、パロディやオマージュを多用したことも特筆される。

不祥事

ベータ版データ流出

1998年、韓国でPC版「プリンセスメーカー　ゆめみる妖精」を販売する際、韓国のゲーム会社「マントラ」に流通業務を委託。ローカライズ版を作成するためベータ版データを渡したが、社員の1人が闇市場に流出させてしまう。ガイナックスはマントラに多額の賠償金を請求し、当時マントラはずさんな財政管理もあって資産が底を尽き、マントラは倒産した。

ちなみに当時、のちに韓国ゲームメーカー「SHIFT UP」の代表になるキム・ヒョンテがイラストレーターとして在籍していた。

脱税事件

1999年11月に東京国税局から所得隠し15億6000万円と脱税5億8000万円（2年分）の告発を受ける。

後にこの時の社長であった澤村武伺が逮捕され、辞任に追い込まれた。

ファン侮辱

2007年4月、「天元突破グレンラガン」の第4話の表現方法に批判的なファンを侮辱・罵倒する内容の書き込みをあろうことか社員が行っていたことが発覚、しかもその批判・罵倒の尻馬に乗ったかのような書き込みを重役の一人であった赤井孝美が書き込んだことで話が大きくなってしまう。その結果、赤井はガイナックス重役を辞任した。

主要スタッフの離脱と迷走と分裂

澤村の逮捕を受け、次期社長となった山賀博之は庵野秀明に取締役に入ってもらうよう依頼。庵野としては当初は名前だけの役員のつもりだったものの、役員入りして会社の内情を知り、驚愕することになる。

例としてほとんど仕事をしていない人に高い給料を支払い続ける一方、貢献しているスタッフには一切還元していなかった。庵野は経営陣に改善策を提案するも全く聞き入れてもらえなかったという。

その後大手二社からの増資とエヴァンゲリオンのパチンコ化で業績が回復すると同時にエヴァの認知度がアップした。一方で庵野はガイナックスを離れる決断をした。ガイナックスでは若手中心の別のシリーズが動いている中で新たなエヴァンゲリオンを作ろうとしていた。そんな中で経営が危ないガイナックスで作るのは危険と判断したことや、自分が参加することで若手スタッフが遠慮してしまうことを憂慮し、結果別会社で作ることを許可してもらい庵野を中心としたエヴァンゲリオン関連のスタッフが離れ株式会社カラーが設立。ヱヴァンゲリヲン新劇場版シリーズが製作されることとなる。

エヴァの権利自体は「エヴァは庵野のものだから」として庵野・カラー側に移ったものの、版権管理及び商品化窓口はガイナックスに残していた。

2007年に「天元突破グレンラガン」、2011年に「パンティ&ストッキングwithガーターベルト」を製作し、それぞれ一定の評価を得たもののその後は大ヒット作に恵まれず、2011年今石洋之を中心としたグレンラガン関連のスタッフが離脱しTRIGGERが設立される等人材がどんどん離れていく。

この人材流出は2014年ごろからさらに加速、ゲーム関連で活躍したスタッフが米子ガイナックスを設立。ここから各地にガイナックスの名を冠した会社が次々と設立していった。

同年に福島ガイナックス、2016年にGAINAXWEST、ガイナックス新潟、2017年にガイナックス京都が設立。山賀はGAINAXWEST設立時の発表の際「昔は人、金を集めるのが難しかった。昔も今のような状況であれば関西でやってたのでやっと帰ってこれた」「地方の人材を生かしたい。3年後には立派なスタジオに」と前から関西で仕事がしたかったことと意気込みを明かしている。

といいつつも2018年にガイナックスインターナショナルを設立。芸能事務所、声優を扱っている。さらにCG製作会社として2010年に吉祥寺トロンを設立するが、2016年以降活動が確認されていない。

かろうじて米子ガイナックスはゲーム関連、福島ガイナックスとガイナックス京都はアニメ関連で仕事をしているのが確認できるが、GAINAXWESTは設立時にニコニコ生放送で社長が直々にアニメーターを募集したがホームページには一切業務内容の記載がなく、ガイナックス新潟に至ってはホームページすらないという有様であった。唯一の繋がりが山賀と同じ新潟出身で尊敬する監督も山賀。というだけだった。

さらにGAINAXWESTは神戸で新たに店舗を開いた。そこで販売されていたのは何を血迷ったか、トマト。ガイナックストマトと称し、プチトマト三種類とトマトジュースを販売していた。

ちなみに後述するが、これらの会社はガイナックス本家とは一切資本関係がない。福島ガイナックスは一時期資本関係はあったものの2015年12月に株式を引き取りハウスメーカーの木下グループ傘下に入り、名称も株式会社ガイナに変更された。

とまあ、このように怪しい子会社を次々と設立していった。

カラーとの訴訟騒動

エヴァンゲリオンの権利関係でカラーに支払う契約を交わしていたが、2012年になって支払いが滞るようになり、山賀とガイナックスのスタッフが庵野に相談し、分割支払いを申し込んできた。

ところが2014年になって、今度はガイナックス側から「このままでは潰れるからあと3日以内に1億円貸してほしい」という申し出が来た。庵野にとっては古巣がつぶれると困るということで、もともと段階的に行う予定であったエヴァンゲリオンの商品化窓口の移譲の前倒しを条件に融資することにした。

庵野としては少しでも経営が楽になればと『トップをねらえ!』や『ふしぎの海のナディア』といったカラーのスタッフのかかわりが大きい作品の原作権買取も提案。この話はかなり進んだのだが、突如ガイナックスから「当初の6倍の値段で買い取ってくれ」と言われた。ほかの売り先が見つかったので吹っ掛けたと推測される。

2016年4月、ガイナックスからカラーへの支払いが完全に焦げ付いた。同年7月期の決算では資金はほぼなくなっており、役員や従業員への貸付金が減り長期貸付金が増えていた。

ガイナックスに関する悪い噂や上述の怪しい子会社の件で作品が心配になってきた庵野は同年8月、債券仮差押えを申し立て執行。

同年9月、返済を求める訴訟を提訴した。これでも庵野としては示談に応じ、きちんと返済計画を提示すれば内々だけの話し合いで終わらせるつもりだったのだが、ガイナックスは返済計画を提示せず、裁判で争う姿勢を見せた為全国報道されてしまい、庵野の善意は悉く踏みにじられた。

2017年6月、支払い命令の判決が下りガイナックスも控訴しなかったため確定判決となったものの、訴訟を起こされた2016年9月時点でガイナックスのアニメ制作部門のスタッフは全員解雇され、直後に設立された福島ガイナックスの東京スタジオに移籍。さらに庵野が懸念していた過去作の資料が大量に福島ガイナックスに売却されていたことが判明。現在は庵野が金と時間をかけて買い戻し、関係各所の了承を得た上でATAC(アニメ特撮アーカイブ機構)に収蔵されている。

社長による準強制わいせつ事件の発生、同事件のとばっちり、及び発覚したお家騒動

2019年12月5日、当時の社長であった巻智博が準強制わいせつ罪の容疑で逮捕される事件が起きた。

この事件の報道で「新世紀エヴァンゲリオンなどの制作会社」と一部報道されたことで、現在エヴァシリーズの諸権利を持つ株式会社カラーが、現在はガイナックスはエヴァンゲリオンの制作に関わっていないことと、件の社長が一度もエヴァンゲリオン作品に携わった事がない無関係の人物(※1)である旨の抗議文を公表（全文）。同じく資本関係にない「米子ガイナックス」「GAINAX京都」も同様に無関係であるとの断りをツイートしており（米子ガイナックスのツイート）（GAINAX京都のツイート）、とんだとばっちりを受けてしまっている。

本件の影響でスタジオカラーは営業的な不利益も被ることとなり(中にはカラーの不祥事あるいは庵野が逮捕されたという誤解まで起きたらしい)、対応に追われた。これを受けて庵野は改めて取材に応じ、彼がガイナックスから離れた経緯や長年の友人であった山賀との確執、同社の放漫経営ぶり(および製作資料から始まる知的財産権の散逸)を告発している。庵野による当該「特別寄稿」記事(※2)

この事件で報道がなされたのは、東京都武蔵野市に本社を置く企業である。それ以外のガイナックスを名乗る制作会社は資本関係がない別会社であって、厳密には子会社ではなく本社とは経営上無関係であるとされる。（なお、この事についても庵野は「ガイナックス」の名前を冠する「GAINAX京都」「米子ガイナックス」の二社は子会社でもないのに「ガイナックス」を名乗っていたが為にとばっちりを食らったのだといった苦言を呈している）

この事件を受け、逮捕された巻は社長を退任している。

その後、2019年12月27日の臨時総会において役員の総入れ替えが行われ、全員が社外から選任された。翌2020年2月18日には新社長としてカラーの版権管理会社グランドワークス代表の神村靖宏が社長を兼任。取締役にはKADOKAWAアニメ事業局アニメ制作部部長の高石優子とキングレコード上席執行役員の森山敦、TRIGGER副社長の宇佐義大が就任。この体制下で現在、ガイナックスの資料、知的財産権の散逸状況確認が進んでいる。

この版権整理自体が具体的にどう進んでいるかは明かされていないが、『パンティ&ストッキングwithガーターベルト』はカラー（後にTRIGGER）に版権を移管していることが判明しており、裏ではしっかりと整理が進められている様子。

※1…巻はもともとパチンコ関連の仕事をしておりアニメとは無縁の仕事をしていたのだが、ガイナックスインターナショナルの社長も兼任しており、女性と専属契約を結んで自宅マンションに同居したり地域のラジオに出演した地下アイドルを出待ちして声をかけていた。そのとき巻が被害者に「エヴァンゲリオン制作に携わった」「俺はエヴァの社長」と騙ったとされる事によるもの。当時社長だった巻は元々はガイナックスの株主だったらしく、挙句は企業乗っ取り紛いのことをしていたらしい。ちなみに上述のトマト事業を始めたのも彼である。

※2…この寄稿によれば、かつて「エヴァンゲリオン」関係のゲームにおいて庵野に話を通していない形で勝手に発売されたものがあったという。少なくとも庵野が監修したと判明している作品には「新世紀エヴァンゲリオン2」、またはクロスオーバー参戦の形での「スーパーロボット大戦シリーズ」がある。