ストーリー展開はおおよそ原作と同じであるが、尺と話数の関係上、原作にはあったシーンが本バージョンでは一部入っていなかったりしており、特に新ケロロとケロロ小隊の直接対決シーンは後の第14話「二つのケロンスター」で新ケロロとブラックスターの対決シーンでそれを思わせるかのような描写で取り入れられている（そのため本話で初披露とされていた新ケロロのスタイルチェンジも第9話では使っておらず、第14話で初めて披露していることになっている）。また原作では別枠として登場していた明が放送話数の都合により本話と合併される形で繰り上げ登場した。

結末は原作と同じように新ケロロと灯が友達になるような終わり方で作られたが、尺のカットが多くされたためにそれ以前のストーリーが僅かに変更され、2人の対面も原作より僅かに早くなった。

読者からの評価

結論から言うと賛否両論だった。

「新ケロロかわいい」「これからの展開が楽しみ」と好意的な意見があった一方、突如現れた新キャラが急にメイン同然のようにしゃばって頻繁に登場したということで「どうしてこんな展開にしたのか」「なんだこいつら」と思った読者も多かった（残念なことに、現在でも「新ケロロ」と検索すると「いらない」「嫌い」と出てきてしまうのが現状）。

特にケロロ軍曹という作品自体がメインキャラクターで固定されていたために「ケロロ軍曹がケロロ軍曹でなくなってしまった」と思う読者が続出したことで、このエピソードから原作のケロロを読まなくなったという読者も多い。

それが作者の耳に届いたのか、その後のエピソードでは「新ケロロ」や「火ノ原灯」といった新レギュラーの出番が格段に少なくなってきている。特にケロロンボール編の途中である30巻あたりから極端に減ったが、作者がそれを意識したのかは不明である。

とはいえ、原作ですでにネタ切れ状態であったことを考えれば「かなり高く評価できる展開だった」といえるし、新ケロロや火ノ原灯の再登場に期待している読者も多くいるため、彼らの登場の仕方や今後のエピソード展開に改めて期待したいところではある。