概要
ニンテンドーDSで2005年6月23日発売。北米は2005年8月22日発売。Wii U用バーチャルコンソールは2016年4月20日配信開始。
2画面を利用した、地上と空中のマップ表示などの新要素がある。二人のショーグンをセレクトが可能そしてタッグブレイクシステム追加。ストーリー上のつながりは大きくないが、前作にあたる『ゲームボーイウォーズアドバンス1+2』とは地続きの世界観となっている。
ショーグンもヘルボウズを除いて引き継いでいる。
以下は新たにショーグンに加わったキャラクター。
既存のキャラについては⇒ファミコンウォーズを参照。