概要
メガミッション2の続編であり、サブタイトルはEPISODE 3 / VS HYPER LIMITED（エピソード3 / バーサスハイパーリミテッド）。
詳しい時系列は紹介されておらず、進化したリミテッドとイクスの復活が描かれており、最後のカードにも続編を示唆するような終わり方を迎えているがX4の展開を控えていたのか当時は本シリーズを区切りにカードダスによる外伝は終了している。
本作はイクスがエックスとゼロの強化アーマーに変化して共闘するという異例な光景がある。
ストーリー
セントラルポイントにおいてイレギュラーハンター達が次々と襲われ消えていくという、過去のカウンターハンターの乱と酷似した謎の事件が多発。そのためハンターを失い治安の悪化したセントラルポイントでは自警団「マスカレーズ」が発足し、イレギュラーの暴動やハンター襲撃による被害を最小限に食い止めていた。たった4人の力で襲撃事件の被害を激減させたその強さと功績から、ハンター達の激減という事情もあり、ハンターベースは彼等を正式にイレギュラーハンターの一員として登録。エックスやゼロ達の頼もしい仲間として迎えたのだったが……。
登場キャラクター
マスカレーズ
セントラルポイントにて発足した自警団。たった4人の力で襲撃事件の被害を激減させた功績から、正式なイレギュラーハンターとして迎えられる事になる。
ロート・アーマー
ブラオ・ランチャー
グリューン・メタモ
ブラオン・エレキ
ハイパーリミテッド四人衆
過去にエックスたちによって撃破されたイレギュラーの再生体。前二作と異なり、名称の末尾に「HL（ハイパーリミテッド）」の一語が加わる。ハンター達の数を激減させ、自らの体をマスカレーズへと変えてハンター組織内部に潜り込んでいた。それぞれリミテッド・フィールドを作り出す事が出来、また周囲のメカニロイドを自分の意のままに操る事ができる。
アーマー・アルマージ・HL
ランチャー・オクトパルド・HL
メタモル・モスミーノス・HL
エレキテル・ナマズロス・HL
エックスとゼロのパワーアップ
リミテッド・フィールドの影響でエックスが過去の戦いで得た特殊武器を使用することができるようになるが圧倒的にパワーアップしたハイパーリミテッド四人衆には歯が立たず、ゼロもまた苦戦を強いられていた。しかし、エックス打倒に執念を燃やしているリターンイクスは二人の強化アーマーへと変化して協力、四人衆にも劣らぬ戦闘能力を獲得した。
- イクスアーマー
ハイパーリミテッドによる攻撃の一切を無効化することができ、バスターも大幅にパワーアップされている。性能は同じだが、外観は二人とも多少異なる。
- アルイクスアーマー
Σリミテッドとの戦いで傷ついたゼロのイクスアーマーを吸収して形成されたアーマー。右手をエックスバスターに、左手をリターンイクスバスターに変形させ同時に発射する事で超威力のダブルエックスバスターを放つことができるが、その膨大過ぎるエネルギーの放出にエックスの体のみでは耐えきれない。
本作のオリジナル設定
リミートオーダーブレイカー
ハイパーリミテッドの力で起動したオーダブレイカーで黒幕であるエナミスは、かつてタキオンが造っていた最強のオーダブレイカー。
制作が完了しないままタキオンがエックスによって倒されてしまったため、放置されていたがハイパーリミテッドの能力を得て起動し、暗躍していた。
腕部に仕込まれた荷電粒子砲とピストンナックルによって戦闘を行い、後述のミックス・フォートを用いてエックスたちと交戦するが窮地に追い込まれ、最後の手段として「Σ（シグマ）チップ」を使用する。
ミックス・フォート
合体リミートレプリロイドでハイパーリミテッド四人衆が、エナミスのコンバインチップの力を受けて合体した姿。
その力は元の4倍以上と言われ、ハイパーリミテッド四人衆の武器と技を全て同時に使いこなす事が出来るがイクスアーマーを装着したエックスとゼロに対しては無力で二人のコンビネーションで破壊されてしまう。
Σチップ
エナミスが最終手段として出したシグマのデータが入ったコンピュータチップ。このチップを取り込み、シグマの能力を手に入れてさらにパワーアップをしようとするエナミスだったが額にかざした瞬間、別の意識が彼の体の中に入り、意識を消滅させられてしまう。
Σリミテッド
Σチップのシグマの意識データがエナミスの身体を乗っ取ったことで変貌した姿。本人ではないがその信念と力はオリジナルに劣らず、唯一にして最強の武器である十指のサーベルネイルでエックスとゼロを追い詰めた。最終的にはアルイクスアーマーのエックスの繰り出した最大出力のダブルエックスバスターで破壊される。
余談
本シリーズは2018年の再販までこの三弾目で終了となったが実は当時のスタッフたちの手によって「メガミッション4」の構想が考えられており、当時のイベントではメガアーマー対応のオリジナルのライドチェイサーのサンプルが公開されていた。
しかし、「ロックマンX4」の発売に支障をきたす可能性があったのか、売れ行きが落ちていたのかは定かではないが「メガミッション4」はお蔵入りとなり、残された企画書、カードリスト、デザイン画当時のスタッフの手で大事に保管され、日の目を見ることはなかったと思われていた。
2018年に3作品の全カードおよびカードダス『ロックマンX』シリーズの一部カードを復活収録した『ロックマンX&ロックマンXメガミッション セレクションボックス』がプレミアムバンダイで商品化され、新たに『メガミッション4』のカードも特別収録という形で当時の企画書をもとに一部が新規制作され、付属する解説書にはストーリー紹介なども掲載されることとなった。
その他、玩具シリーズ『GIGA ARMOR』とのコラボカードおよび岩本佳浩先生による描き下ろしのファルコンアーマー装備のエックスのカードも『メガミッション』シリーズ準拠のデザインで収録されている。
この勢いに乗ってか翌年の2019年に岩本先生とメガミッションスタッフたちのタッグによる新作「ロックマンXギガミッション」が展開されることとなった。
