スパーク・マンドリラー・Lとの戦いにより爆発した発電所のエネルギーを吸収し、強化されたエネルギーアーマー。ボディのみだったエネルギーパーツが脚部までを覆っている。ヘッドパーツに相当する部分は存在しない。タキオンらの展開するリミテッド・フィールドを無効化する事が出来る。またネオバスターも、パワーアップしたアーマーから流れ込んで来るエネルギーにより、エナジーショットの破壊力が飛躍的にアップしている。

エックスのパワーアップ

前回の戦いでバスターに僅かに残っていたリミテッドのデータがレプリロイドを強制的にイレギュラー化する「リミテッド・フィールド」に反応し、武器チップが無いにもかかわらずバスターが過去のデータを元に特殊武器を再現している。

レプリキャプチャー

黒幕であるタキオンの造ったリミテッドに捕食され、彼の意のままに操られるようになってしまったエックスの姿。リミテッドの影響を受けた「リミートエックスバスター」で、親友であるゼロに襲いかかる。最終的にゼロが捕食していたリミテッドを破壊されたため、元のエックスに戻った。

ギガアーマー

戦闘で傷ついたゼロが、アーマーやネオバスターを含む全エネルギーをエックスに託す事によりエックスの体に新に形成されたアーマー。メイン画像のようにヘッドパーツに相当する部分は存在しない。リミテッド・フィールドの無効化の他、蓄積されたエネルギーを一気に放出する「ギガクラッシュ」を使用することができる。

武装として、ネオアーマーとネオバスターの能力を得た「ギガバスター」を放つことができる。またタキオンとの戦闘で奪ったサーベルをサブウェポンの「ギガサーベル」として操ることも可能。

本作のオリジナルキャラと設定

タキオン

かつて廃工場にて倒されたマザーリミテッドの一片の細胞が、ドッペルタウン跡に遺されていたドップラーの残留データを吸収して分裂・増殖を繰り返す事で、新たなレプリブレインへと成長した姿。頭部のカバーにはドップラーの顔が映っている。自身の更なる成長の為にその知識を駆使し、ドップラーの野望を砕いたエックスの捕獲に乗り出した。

自身の一部を分離、成長させてブラディオン・ルクシオンを生み出し、彼らとともに、内部に居るレプリロイドを強制的にイレギュラー化する「リミテッド・フィールド」を作り出す事が出来る。

戦闘の際には左腕のバスターから発射する「リミートスマッシャー」と左手に持ったサーベルによる戦闘術「サーベルグラップ」を駆使する。

終盤の戦闘でサーベルをエックスに奪われて追い詰められた際にはリミテッドマザー同様のレプリギガント形態なる最終形態へと変化して追い詰めるが最終的にギガアーマーの全エネルギーを解放した「ギガクラッシュ」で消滅する。

オーダーブレイカー

タキオンが自身の一部を分離、成長させ創り出したレプリロイドの総称。タキオンとともに、内部に居るレプリロイドを強制的にイレギュラー化する「リミテッド・フィールド」を作り出す事ができ、その為に「秩序の破壊者」という意味のこの名を名乗っている。構成員はブラディオン、ルクシオンの2名から成っている（但し、次回作で未完成であったエミナスが存在していたことが判明する）。最終的にゼロによって全滅させられる。