志賀毒素(しがどくそ)は、細菌性赤痢の病原体である赤痢菌が産生する猛毒である。O157などの腸管出血性大腸菌が産生するベロ毒素と類似のものである。
赤痢菌は4種類あり、そのうち、志賀毒素を産生するのはA群(志賀赤痢菌)だけである。B群(フレクスナー赤痢菌)・C群赤痢菌(ボイド赤痢菌)・D群赤痢菌(ソンネ赤痢菌)は志賀毒素を産生しない。
主に大腸に作用し、細胞の合成を阻害するため、出血を伴う激しい下痢を起こす。赤痢という病名は、この出血性の下痢に由来する。
また、通常の赤痢症状(出血性下痢)の他、子供ではO157感染時でもみられる溶血性尿毒症症候群(略称、HUS。腎臓や血液の重い合併症であり、死に至ることもある。)を起こすことが知られている。