刑事裁判などで証言する証人を保護するための制度。元々はマフィアの「血の掟」によるお礼参りから証言者を保護する目的で設けられた。
該当者は裁判の期間中、或いは一生保護される。内通者によって居所を知られる可能性を排除するためパスポート、運転免許証、社会保障番号までもが新しく付与され完全な別人になる。居住の場所もアメリカ国内にとどまらず、ラテンアメリカ、ヨーロッパなどのNATO軍の施設、在外の米軍基地内などが割り当てられる。
証人保護プログラムを扱った映画にイレイザーや噂のモーガン夫妻など。
また、漫画・アニメの「名探偵コナン」にて、灰原哀がFBIから証人保護プログラムを受けて欲しいと頼まれるシーンがある。