概要
1987年の国鉄民営化直前に、九州地区の老朽車両の取替えを促進し、経営基盤の整備を図る目的で、JR九州になった後の製造分も含めて両運転台車が23両製造された。
後に大分所属車の5両がロングシートに改造されている。
人吉所属のキハ31 14は運用開始間もない頃のいさぶろう・しんぺい用として座席の一部が畳敷きに改造されていた。この車両はいさぶろう・しんぺいの車輌置き換えにより快速「九千坊号」として運用されたが現在は一般運用に戻っている。
なお、トイレは設置されていない。
キハ31 20は2004年にくま川鉄道に移籍してKT311形として運用されたが、2013年に運用離脱して廃車となった。本形式の初の廃車でもある。
現在は筑豊本線(福北ゆたか線以外)・後藤寺線・日田彦山線(日豊本線)・三角線・肥薩線で運行されている。