概要
男性(特にオタク)向けの、美少女（萌えキャラ）を登場人物としたアニメを指すことが多い。女の子が出ていても、女児向けアニメなどは萌えアニメと言われない。
その内容は作品によって大きく異なるが、多くの場合は主人公は男性であり、ヒロインなど周囲のキャラクターが女の子であるものが多い。一方、男主人公を物語の中心に置かない、或いは完全に排した百合や日常系の萌えアニメも多く登場している。逆に、女キャラクターが登場しない(男ばかりの)『カイジ』が逆萌えアニメと宣伝されたこともある。
女性に向けたイケメンキャラクターが多数登場するアニメは、女主人公を中心に据えた描写が多ければ乙女系、ニアホモ（BL）描写が多ければ腐向けと呼ばれやすい（一まとめにして夢向けと呼ばれることも）。
萌えアニメは原作としてライトノベルや漫画などを持ち、それがアニメ化されるというケースが多い（完全オリジナルというケースもあるにはある）。
これは、簡単に言うならば萌えアニメは深夜に放送されることが多いため、広告収入はあまり見込めず、その関連グッズ(BD,DVDやフィギュアなど)の売り上げを収入源の多くを占めるため、萌え要素を前面に置き売り上げを増やす必要があり、原作である程度の人気を博している方が収益が見込めるためである。
また、原作が萌えだけを狙っているケースが少なくとも、「視聴率を稼ぎたい」「女性声優を売り出したい」「原作のストーリーが難解でアニメに不向き」などの大人の事情で萌えアニメに改造されるケースが多いためである（玩具会社がスポンサーの子供向けアニメが、玩具を発売する為のアイテムを入れられたり、超人のキャラを増やされたりするようなものである）。
萌えアニメの大半は深夜アニメでもある。これは、萌え要素を前面に押し出す関係上、なかなか小さい子どもには見せられない表現(入浴シーン、水着、パンチラなど)が多々存在するためである。また、安い深夜しか放送枠が取れず、萌え要素を入れないと視聴率が稼げない時間帯の都合上、原作にないそういうシーンを無理矢理入れるケースが多い為である。
過度のエロ要素のあるアニメは萌えアニメではなくエロアニメと呼ばれることが多い。
萌えアニメの定義
その定義は非常に曖昧である。そもそもピクシブ百科事典の萌えキャラの項目を見て頂ければ分かるように、萌えキャラという定義自体も曖昧なものであり、萌えキャラが多く登場すれば萌えアニメだ、と言ってしまうと萌えアニメそのものの定義も非常に漠然としてくる。
さらに「萌え要素を前面に押し出した」といっても、「萌え」という概念自体が個人の主観や解釈次第である以上、価値観や嗜好の多様化もあって現代においては膨大な数の萌え要素が存在し、製作者が提示した萌えやエロだけが萌え要素ではない為、萌えの定義は難しい。
「平和」「癒し」「（美少女に限らず）かわいいもの全般を好む少女趣味」「ほのぼのダーク」など、人間以外のものに感じる感情も「萌え」と呼ばれる為、ますますややこしい。
極端な話、作劇上の文法が明らかに「萌えアニメ」的でなくても、視聴者個人が「萌え」を感じたアニメを「“俺にとっての”萌えアニメだ」と評することだって可能なんである。
よって、仮に「萌え要素が存在するアニメ=萌えアニメ」であると考えた場合はほぼ全てのアニメが萌えアニメと定義されることになりかねないし、同様に、萌えアニメでないアニメを探す方が難しくなる。
ライトノベルや漫画を原作に持つアニメの場合は原作を超えた表現は出来ないことが多いため、実際のところストーリー性よりもキャラクター性を重視するというケースは決して少なくない。特に日常系など、ストーリーで完結させる必要のない作品はこの傾向が強い。
ただ、間違いないのはこのように萌えアニメの定義は非常に曖昧なものであり、あるアニメが萌えアニメかそうでないか、という議論そのものは不毛であることには注意されたい。場合によっては萌えアニメと呼ばれることを忌諱とするファンもいる。
関連タグ
燃えアニメ(同音異義語)
萌えアニメにありがちなジャンル
日常系（萌え絵のもの） / 百合 / 美少女 / 魔法少女（女児向けは除く） / 恋愛(ラブコメディ) / ハーレム
萌えアニメにありがちなこと
入浴シーン / 水着 / パンチラ / 湯けむり / はいてない / 巨乳 / ラッキースケベ / エロゲ主人公 / 判子絵
