概要
クロノス十二神将を頂点とした秘密組織、後に公然の世界政府。
最上位は総帥であり降臨者謹製の「原初の獣神将（オリジナル・ゾアロード）」ことアルカンフェルで一応彼に次ぐ序列として初接触者であるハミルカル・バルカスと統制局局長かつ普段の会合時の議事進行などを行っていたシン・ルベオ・アムニカルスが居る。
後述の野望のためにゾアノイドを次々と生み出し、深町晶をはじめとした主人公側の運命を一変させた。
日本を含めた世界各国に支部が点在しており、特にクロノス日本支部はゾアノイドの量産を成功させたり最重要機密である生きた状態の「遺跡宇宙船」のデータ分析の反映などの業績で本部から高く評価されている。…もっとも、肝心の日本支部長は序盤における数々の失態で本部から無能扱いされて失脚してしまった。
物語開始以前から世界各国を裏から操り、メディアによる情報操作で一部の者を除いて誰にも気づかれずに暗躍していた。
時には組織の妨げになる存在を様々な手段で闇に葬っており、目撃者に対しては薬物や催眠療法による記憶改竄で済めばまだ良い方で、OVA版でガイバーを目の当たりにした新聞記者・高里の場合は口封じで過激派の犯行に見せかけて白昼堂々と爆殺される等、クロノスの強大さを晶達に突きつけていた。
中盤では一斉蜂起してあっという間に世界征服を成し遂げた。
国境が廃止され、紛争や経済不均衡も解消され、クロノスのバイオ技術で医療が飛躍的に進歩を遂げ、地球規模で環境が改善された。
また、人類のゾアノイド化を目指しているが、基本的にゾアノイド化の強制はしないため、クロノスは世界中から支持される存在となり、クロノスの負の部分を知る主人公側は少数である故に孤立に追いやられていた。
これはクロノス、というより総帥アルカンフェル自身はあくまで降臨者に詰め寄る事が至上目的であり地球の支配制圧はその為の下準備である事や、一般的に言う「悪の組織」の様に無為に自分達にしか利益の無い事を行うよりも民間の人心掌握などを行い環境改善などを真っ当に行う善政を表向き程度とはいえ布いた方がより効率的でもある為である。
だが、どんな組織の活動にも途中で壁にぶち当たるのは世の常と言う物。
それはクロノスとて例外では無く、主人公側のゲリラ活動やガイバー関連に関して蚊帳の外扱いされていた事で生じたアルカンフェルへの忠誠の揺らぎなどによるクロノス十二神将の内輪揉め、そして第三勢力の暗躍によって、(少しずつであるが)クロノスのパワーバランスに綻びが生じ始める事となる。
