基本的に不通となった鉄道の沿線にあるバス会社か自社直営あるいはグループのバス会社が優先して担当する。ただし距離が長い場合は代行輸送区間を営業エリアに持つ貸切バス会社へ依頼することもある他、台数や運転手の要員数の関係でかなり遠方のバス会社が担当することもある。
一例として、2018年夏の豪雨で不通となった呉線の代行バスには地元のバス会社だけでなく、京都バス、京阪バス、近江鉄道、帝産湖南交通、明星観光、JR北海道バスなど遠方のバス会社も代行バス輸送に参加している。
JRグループで大規模なバス代行輸送を行う場合、同じJRグループの好もあってか、遠方からバスとドライバーを派遣することもある。
前述した呉線代行バスの他、阪神大震災の時にはJR神戸線代行バスにJR九州バスが参加、2019年の台風災害の時には両毛線代行バスにJR北海道バス・西日本JRバス・中国JRバスがそれぞれ参加している。