設立当初は四国の愛媛県・香川県・高知県・徳島県の4県にそれぞれ1チームずつ本拠を置いてリーグ戦を行っていた。
2007年12月1日に、九州の球団福岡レッドワーブラーズ（現在は準加盟）と長崎セインツが2008年シーズンから加入するのに伴い、「四国・九州アイランドリーグ」に名称が変更された。
しかし、その後、2010年のシーズンをもって九州からリーグ戦に参加するチームがなくなる一方、
2011年度から本州の球団として初の三重スリーアローズが新たに参加し、四国4チーム本州1チームとなった。
そのため、2011年度のリーグ名について検討・審議を経て2011年1月27日、同年2月1日よりリーグ名称を「四国アイランドリーグplus」に改称することが決定、発表された。
しかし、間もなく、2011年の公式戦終了後の9月24日、2012年度は四国4県のチームで公式戦を実施し、三重は不参加・脱退することになったと発表された。
2012年以降は、2007年度以前と同じく、四国4チームで公式戦をおこなう形に戻っている。
上記の経緯のためか、pixivでも依然として四国アイランドリーグplusの意味で使われている。（こちらのほうが四国アイランドリーグplusの使用数よりも遥かに多い）
