日本における、最初に設立された独立リーグは1947年から2年間だけ存在した国民野球連盟。それ以降しばらくは独立リーグは存在しなかったが、2004年に起こったプロ野球再編問題の影響から独立リーグ設立構想が持ち上がった。その構想の多くは金銭的な問題、人材的な問題で頓挫したが、2012年現在では3つの独立リーグが活動している。

また2010年から日本で活動するプロ野球独立リーグ団体の取り纏め機関『独立リーグ連絡協議会』が発足、2014年に一般社団法人『日本独立リーグ野球機構』に引き継がれた。日本独立リーグ野球機構へは「四国アイランドリーグplus」「ベースボール・チャレンジリーグ」「九州アジアリーグ」（2021年加盟）、「北海道フロンティアリーグ」（2022年加盟）、「日本海リーグ」（2023年加盟）の5つのリーグが加盟している。

(その他のリーグは未参加。)

NPBには選手を送り出しているが特に、

2015年は12人が指名された。（四国アイランドリーグ6人、BCリーグ6人)
2023年には支配下ドラフトでは6人（四国アイランドリーグ3人、BCリーグ2人、日本海リーグ1人）、育成ドラフトでは17人（四国アイランドリーグ6人、BCリーグ6人、日本海リーグ2人、九州アジアリーグ2人、ベイサイドリーグ1人）の計23人が指名された。

現在活動している独立リーグ（2023年時点）

四国アイランドリーグplus

2005年設立。現代の独立リーグの中では最初に設立された。

現在の参加チーム

愛媛マンダリンパイレーツ…愛媛県が保護地域のチーム。主なOBは西川雅人、梶本達哉(共に元オリックス・バファローズ)など。
香川オリーブガイナーズ…香川県が保護地域のチーム。主なOBは三輪正義(東京ヤクルトスワローズ)、福田岳洋(横浜DeNAベイスターズ)など。
徳島インディゴソックス…徳島県が保護地域のチーム。主なOBは荒張裕司(北海道日本ハムファイターズ)、弦本悠希(広島東洋カープ)など。
高知ファイティングドッグス…高知県が保護地域のチーム。主なOBは角中勝也(千葉ロッテマリーンズ)。

かつて所属したチーム、準加盟チーム

長崎セインツ…2008年に加盟、2010年に脱退。東北楽天ゴールデンイーグルスに育成選手として指名された松井宏次が唯一のNPB指名者になった。
三重スリーアローズ…2009年はジャパン・フューチャーズベースボールリーグに所属。2011年の1シーズンのみ参加、終了後に解散。
福岡レッドワーブラーズ…2008年に加盟、2010年からは準加盟。主なOBは金無英(福岡ソフトバンクホークス)。

ベースボール・チャレンジリーグ

BCリーグとも。2007年に「北信越BCリーグ」として開幕。現在は北信越地方よりも関東地方のチームのほうが多い。

現在の参加チーム

群馬ダイヤモンドペガサス…2008年加入。群馬県が保護地域のチーム。主なOBはフランシスコ・カラバイヨ(元オリックス・バファローズ)。
新潟アルビレックス・ベースボール・クラブ…新潟県が保護地域のチーム。チーム名はサッカー・Jリーグのアルビレックス新潟から。主なOBは雨宮敬、渡辺貴洋(共に読売ジャイアンツ)。
信濃グランセローズ…長野県が保護地域のチーム。主なOBは星野真澄(読売ジャイアンツ)。
埼玉武蔵ヒートベアーズ…2014年に加盟。埼玉県北地域が保護地域のチーム。
福島レッドホープス…2014年に加盟。福島県が保護地域のチーム。
栃木ゴールデンブレーブス…2017年に加盟。栃木県が保護地域のチーム。
茨城アストロプラネッツ…2019年に加盟。茨城県が保護地域のチーム。
神奈川フューチャードリームス…2020年に加盟。神奈川県が保護地域のチーム。

※2024年シーズンから「新潟アルビレックス・ベースボール・クラブNPBの2軍戦（イースタンリーグ）に参加するため離脱予定。

ベイサイドリーグ

2022年、BCリーグから離脱した4球団により「日本海オセアンリーグ」として開幕。2023年からは運営拠点を首都圏に移した。

日本独立リーグ野球機構非加盟（BCリーグ時代は加盟）だが加盟申請はしている。

現在の参加チーム

千葉スカイセイラーズ…千葉県が保護地域のチーム。2023年より参加。
YKSホワイトキングス…神奈川県が保護地域のチーム。2023年より参加。

かつて所属したチーム

福井ネクサスエレファンツ…福井県が保護地域のチームで「福井ミラクルエレファンツ」から改称。主なOBは柳川洋平(元福岡ソフトバンクホークス)、前田祐二(オリックス・バファローズ)等。2022年活動終了。
滋賀GOブラックス…滋賀県が保護地域のチーム。BCリーグ時代1年目の2017年に山本祐大(横浜DeNAベイスターズ)を輩出。2023年より活動休止中。

日本海リーグ

2023年、「日本海オセアンリーグ」（NOL）から分離した北陸地区の独立リーグ。NOLの後身である「ベイサイドリーグ」との交流戦を行う。

富山GRNサンダーバーズ…富山県が保護地域のチーム。主なOBは野原祐也(元阪神)、和田康士朗（千葉ロッテ）、湯浅京己（阪神、2023年WBC日本代表）。
石川ミリオンスターズ…石川県が保護地域のチーム。主なOBは内村賢介(元楽天⇒横浜DeNA)

関西独立リーグ(2代目)

略称KANDOK。2013年12月に「BASEBALL FIRST LEAGUE」(略称・BFL)の名称で設立。関西独立リーグ(初代)に参加していた兵庫ブルーサンダーズと06BULLS、そして新球団・姫路GoToWORLDを加えた3球団で2014年より開幕。リーグ名は2018年12月に改称され現名。

日本独立リーグ野球機構非加盟の為、所属選手はNPBのドラフト指名は高校卒業及び大学中退者は3年間・大学卒業者は2年間指名できないルール（社会人野球と同じルール）を適用するが、2016年に初めて兵庫の向谷拓巳が楽天に、山川和大が巨人に育成選手枠で指名される。

現在の参加チーム

兵庫ブレイバーズ…「兵庫ブルーサンダーズ」から改称
大阪ゼロロクブルズ…「06BULLS」から改称
和歌山Waves（ウェイブス）…2017年から参加。2022年までは「和歌山ファイティングバーズ」。
堺シュライクス…2019年から参加。
淡路島ウォリアーズ…2023年から参加。

かつて所属したチーム

姫路GoToWORLD…2014～2016年まで参加、現在は活動休止。

北海道ベースボールリーグ

2020年よりリーグ戦を実施。初年度は2チームで参加。選手はシーズン中も球団の地元で就労しながら練習・試合をおこない、チームに監督を置かないなど既存の独立リーグとは異なる方針を採用する予定。日本独立リーグ野球機構非加盟。

富良野ブルーリッジ…2020年は「レラハンクス富良野BC」として活動。2021年から現名称に変更。
すながわリバーズ…2022年から参加。
滝川プレインウィンズ…2022年から参加。

北海道フロンティアリーグ

日本独立リーグ野球機構の早期加盟を求めて、北海道ベースボールリーグに参加していた3チームが離脱し、2022年に開幕。

ベースボールリーグへは美唄が2020年より、石狩と士別が2021年より活動していた。

美唄レッドダイヤモンズ
石狩レッドフェニックス
KAMIKAWA・士別サムライブレイズ…2023年1月までは「士別サムライブレイズ」。

九州アジアリーグ

2021年開幕。九州を活動地域とするプロ野球独立リーグ。一般社団法人九州アジアプロ野球機構が運営。

初年度は2チームで始まり、以降も以降も新チームの追加構想がある。

大分B-リングス
火の国サラマンダーズ…社会人野球・熊本ゴールデンラークスが母体。
北九州下関フェニックス…2022年から参加。2023年1月までは「福岡北九州フェニックス」。
宮崎サンシャインズ…2023年から参加。

リーグ非加盟チーム

琉球ブルーオーシャンズ

独立リーグには加盟せず、NPBが参入枠を拡大した場合に加盟することを目標として2020年度より始動。2020年に日本独立リーグ野球機構に賛助会員として単独で加盟したが、2022年に除名処分を受け現在法的措置を検討中。

かつて存在していたリーグ

新日本専門リーグ

1936年の1年のみ活動。

参加していたチーム

セントラルシチー中京…愛知県名古屋市に本拠地を置くチーム。
岐阜イースタン…岐阜県岐阜市に本拠地を置くチーム。
東京ユニオン…東京都に本拠地を置くセミプロチーム。

セントラルシチー中京は中京野球クラブに改称するも解散。関係者は後に結城ブレーブスに関与。岐阜イースタンは途中からセントラルシチー中京からの離脱者を受け入れイースタン東海に改称。後に関西コーモラント改称後解散。関西コーモラントは神戸野球倶楽部を引き入れ活動を継続するつもりだったとされる。(参考１,参考2,参考3)