1993年に10クラブで開幕。
その後リーグの拡大路線によるクラブ数の増加に伴い、1999年からディビジョン（部門）制を導入し、J1（Jリーグディビジョン1）とJ2（Jリーグディビジョン2）の2部制に移行。
2014年よりディビジョン制から分割リーグ制に移行し（2016年で廃止）、J2の下位となる「J3リーグ」を創設。J1リーグ（トップ【上位】リーグ：日本の第1種区分全体においてのトップリーグでもある）・J2リーグ（ミディアム【中位】リーグ）・J3リーグ（ロー【下位】リーグ）の3リーグ制となった。

観客動員数では日本プロ野球を上回り、特にアジアでの人気も高い。

DAZNが2100億円という巨額の放送権によって、2017年からリーグ改革を実施している。

特徴

J1は2回戦総当り(34試合)、J2は2回戦総当たり（42試合）。J3は2016年から2回戦総当たりに変更（32試合。クラブ数によって毎年変動。）。

各クラブ間の実力が拮抗している為、優勝・残留・昇格争いのいずれかが最終節まで縺れ込むことが多い。最終節で逆転優勝という「どんでん返しの伝統」のもJリーグでは珍しくない。チャンピオンシップが廃止した2017年では川崎フロンターレが逆転優勝し、伝統も復活した。

特にJ1優勝候補だったクラブがまさかのJ2降格という場面が数多くある。

現在のJ1とJ2、J3の入れ替え制度（2018年現在）

J1の17～18位が自動降格、J2の1位・2位が自動昇格。
J2の3位～6位の間でJ1昇格プレーオフを行い、J1の16位と対戦し勝利チームにJ1参戦。
J2の21位・22位が自動降格、J3の1位・2位が自動昇格。
昇格するには成績のほか、Jリーグが定める「クラブライセンス」と呼ばれるスタジアム設備や育成組織、更に経営基盤などの広範な基準を満たすことが必要である。実際に、2017年のJ3で優勝したブラウブリッツ秋田はJ2ライセンスを持っていないために昇格が見送られている。

将来的なJFLとの入れ替え制度導入

まだ検討されている段階である。このことは、村井満チェアマンや原博実副チェアマンも様々なメディアで言及したりしている。現段階ではJ3の所属クラブ数の上限が決まっていないのでそれ次第になると思われる。

現在リーグに加盟しているクラブ（2019年シーズン）

カテゴリ	クラブ名	略称	ホームスタジアム	加盟年
J1	北海道コンサドーレ札幌	札幌	札幌ドーム	1998
J3	ヴァンラーレ八戸	八戸	ダイハツスタジアム	2019
J3	いわてグルージャ盛岡	盛岡	いわぎんスタジアム	2014
J1	ベガルタ仙台	仙台	ユアテックスタジアム仙台	1999
J3	ブラウブリッツ秋田	秋田	あきぎんスタジアム	2014
J2	モンテディオ山形	山形	NDソフトスタジアム山形	1999
J3	福島ユナイテッド	福島	とうほう・みんなのスタジアム	2014
J1	鹿島アントラーズ	鹿島	茨城県立カシマサッカースタジアム	1993
J2	水戸ホーリーホック	水戸	ケーズデンキスタジアム水戸	2000
J2	栃木SC	栃木	栃木県グリーンスタジアム	2009
J3	ザスパクサツ群馬	草津→群馬	正田醤油スタジアム群馬	2005
J1	浦和レッズ	浦和	埼玉スタジアム2002	1993
J2	大宮アルディージャ	大宮	NACK5スタジアム大宮	1999
J2	ジェフ千葉	市原→千葉	フクダ電子アリーナ	1993
J2	柏レイソル	柏	日立柏サッカー場	1995
J1	FC東京	F東京	味の素スタジアム	1999
J2	東京ヴェルディ	V川崎→東京V	味の素スタジアム	1993
J2	FC町田ゼルビア	町田	町田市立陸上競技場	2014
J1	川崎フロンターレ	川崎F	等々力陸上競技場	1999
J1	横浜F・マリノス	横浜FM	日産スタジアム	1993
J2	横浜FC	横浜FC	ニッパツ三ツ沢球技場	2001
J3	Y.S.C.C.横浜	YS横浜	ニッパツ三ツ沢球技場	2014
J3	S.C.相模原	相模原	相模原ギオンスタジアム	2014
J1	湘南ベルマーレ	平塚→湘南	Shonan BMWスタジアム平塚	1994
J2	ヴァンフォーレ甲府	甲府	山梨中銀スタジアム	1999
J3	AC長野パルセイロ	長野	長野Uスタジアム	2014
J1	松本山雅FC	松本	松本平広域公園総合球技場	2012
J2	アルビレックス新潟	新潟	デンカビッグスワンスタジアム	1999
J3	カターレ富山	富山	富山県総合運動公園陸上競技場	2009
J2	ツエーゲン金沢	金沢	石川県西部緑地公園陸上競技場	2014
J1	清水エスパルス	清水	IAIスタジアム日本平	1993
J1	ジュビロ磐田	磐田	ヤマハスタジアム	1994
J3	藤枝MYFC	藤枝	藤枝総合運動公園サッカー場	2014
J3	アスルクラロ沼津	沼津	愛鷹広域公園多目的競技場	2017
J1	名古屋グランパス	名古屋	パロマ瑞穂スタジアム	1993
J2	FC岐阜	岐阜	岐阜メモリアルセンター長良川競技場	2008
J2	京都サンガF.C.	京都	京都市西京極総合運動公園陸上競技場	1996
J1	ガンバ大阪	G大阪	市立吹田サッカースタジアム	1993
J1	セレッソ大阪	C大阪	キンチョウスタジアム	1995
J1	ヴィッセル神戸	神戸	ノエビアスタジアム神戸	1997
J3	ガイナーレ鳥取	鳥取	とりぎんバードスタジアム	2011
J2	ファジアーノ岡山	岡山	シティライトスタジアム	2009
J1	サンフレッチェ広島	広島	エディオンスタジアム広島	1993
J2	レノファ山口	山口	維新百年記念公園陸上競技場	2015
J2	徳島ヴォルティス	徳島	ポカリスエットスタジアム	2005
J3	カマタマーレ讃岐	讃岐	Pikaraスタジアム	2014
J2	愛媛FC	愛媛	ニンジニアスタジアム	2006
J2	アビスパ福岡	福岡	レベルファイブスタジアム	1996
J3	ギラヴァンツ北九州	北九州	ミクニワールドスタジアム北九州	2010
J1	サガン鳥栖	鳥栖	ベストアメニティスタジアム	1999
J2	V・ファーレン長崎	長崎	トランスコスモススタジアム長崎	2013
J3	ロアッソ熊本	熊本	えがお健康スタジアム	2008
J1	大分トリニータ	大分	大分銀行ドーム	1999
J2	鹿児島ユナイテッドFC	鹿児島	鹿児島県立鴨池陸上競技場	2016
J2	FC琉球	琉球	沖縄県総合運動公園陸上競技場	2014

J3への特別参加枠

カテゴリ	クラブ名	略称	ホームスタジアム	加盟年
J3	FC東京U-23	F東23	未定	2016
J3	ガンバ大阪U-23	G大23	未定	2016
J3	セレッソ大阪U-23	C大23	未定	2016

※ホームスタジアム表記はJリーグ公式によるが、クラブ本拠地・隣接球技場・都府内の中規模競技場などでホーム戦を行う。

J3ライセンスを保有しているJリーグ百年構想クラブ（2019年現在）

カテゴリ	クラブ名	略称	ホームスタジアム	承認年度
JFL	奈良クラブ	奈良	ならでんフィールド	2013
JFL	FC今治	今治	今治スタジアム(建設中)	2016

Jリーグ百年構想クラブ（2019年現在）

カテゴリ	クラブ名	略称	ホームスタジアム	承認年度
JFL	東京武蔵野シティFC	武蔵野	武蔵野陸上競技場	2016
JFL	ラインメール青森		新青森県総合運動公園陸上競技場（仮称）	2019
JFL	テゲバジャーロ宮崎		（新富町に新設予定）	2019
関東1部	栃木シティフットボールクラブ※	※	栃木市総合運動公園陸上競技場	2014
関東2部	tonan前橋	前橋	前橋総合運動公園陸上競技・サッカー場	2013

※2018年までの旧名・栃木ウーヴァFC（栃木U）

過去リーグに加盟していたクラブ（2019年現在）

クラブ名	ホームスタジアム	加盟年	退会年	退会理由
横浜フリューゲルス	横浜市三ツ沢公園球技場（当時）	1993	1998	クラブの吸収合併
Jリーグ・アンダー22選抜	なし（全試合アウェイで開催）	2014	2015	活動終了