1993年に10クラブで開幕。
その後リーグの拡大路線によるクラブ数の増加に伴い、1999年からディビジョン（部門）制を導入し、J1（Jリーグディビジョン1）とJ2（Jリーグディビジョン2）の2部制に移行。
2014年よりディビジョン制から分割リーグ制に移行し（2016年で廃止）、J2の下位となる「J3リーグ」を創設。J1リーグ（トップ【上位】リーグ：日本の第1種区分全体においてのトップリーグでもある）・J2リーグ（ミディアム【中位】リーグ）・J3リーグ（ロー【下位】リーグ）の3リーグ制となった。

観客動員数では日本プロ野球を上回り、特にアジアでの人気も高い。

DAZNが2100億円という巨額の放送権によって、2017年からリーグ改革を実施している。

特徴

J1は2回戦総当り(34試合)、J2は2回戦総当たり（42試合）。J3は2016年から2回戦総当たりに変更（32試合。クラブ数によって毎年変動。）。

各クラブ間の実力が拮抗している為、優勝・残留・昇格争いのいずれかが最終節まで縺れ込むことが多い。最終節で逆転優勝という「どんでん返しの伝統」のもJリーグでは珍しくない。チャンピオンシップが廃止した2017年では川崎フロンターレが逆転優勝し、伝統も復活した。

特にJ1優勝候補だったクラブがまさかのJ2降格という場面が数多くある。

現在のJ1とJ2、J3の入れ替え制度

J1の17～18位が自動降格、J2の1位・2位が自動昇格。
J2の3位～6位の間でJ1参入プレーオフを行い、勝者がJ1の16位と決勝戦を行い、勝利チームにJ1参戦。
J2の21位・22位が自動降格、J3の1位・2位（但しU-23チームは除外され、下位クラブが繰り上がる）が自動昇格。
いずれの場合も、上位リーグに参加するためのクラブライセンスを持たないクラブが自動昇格順位に入った場合は下位クラブの繰り上がりはなく、下位リーグへの降格対象クラブも減る。また、J1参入プレーオフについては参加資格が与えられない。実際に、2017年のJ3で優勝したブラウブリッツ秋田がJ2ライセンスを持たなかったために昇格を見送られ、同年のJ2で21位に終わったロアッソ熊本が降格を免れてJ2に残留している。

2020年、2月に開幕したが新型コロナウイルス感染症蔓延により3月に中断、再開も5月以降にずれ込むことに。また3月24日には理事会で『全カテゴリーに於いて降格無し』の特例ルールの適用を決定した。その為2021年度はJ1が20チームになり（昇格条件が満たない場合は変動あり）、降格については今後決めるとの事である。

将来的なJFLとの入れ替え制度導入

まだ検討されている段階である。このことは、村井満チェアマンや原博実副チェアマンも様々なメディアで言及したりしている。現段階ではJ3の所属クラブ数の上限が決まっていないのでそれ次第になると思われる。

現在リーグに加盟しているクラブ（2020年シーズン）

カテゴリ	クラブ名	略称	ホームスタジアム	加盟年
J1	北海道コンサドーレ札幌	札幌	札幌ドーム	1998
J3	ヴァンラーレ八戸	八戸	プライフーズスタジアム	2019
J3	いわてグルージャ盛岡	岩手	いわぎんスタジアム	2014
J1	ベガルタ仙台	仙台	ユアテックスタジアム仙台	1999
J3	ブラウブリッツ秋田	秋田	ソユースタジアム	2014
J2	モンテディオ山形	山形	NDソフトスタジアム山形	1999
J3	福島ユナイテッドFC	福島	とうほう・みんなのスタジアム	2014
J1	鹿島アントラーズ	鹿島	茨城県立カシマサッカースタジアム	1993
J2	水戸ホーリーホック	水戸	ケーズデンキスタジアム水戸	2000
J2	栃木SC	栃木	栃木県グリーンスタジアム	2009
J2	ザスパクサツ群馬	群馬	正田醤油スタジアム群馬	2005
J1	浦和レッズ	浦和	埼玉スタジアム2002	1993
J2	大宮アルディージャ	大宮	NACK5スタジアム大宮	1999
J2	ジェフユナイテッド千葉	千葉	フクダ電子アリーナ	1993
J1	柏レイソル	柏	三協フロンテア柏スタジアム	1995
J1	FC東京	F東京	味の素スタジアム	1999
J2	東京ヴェルディ	東京V	味の素スタジアム	1993
J2	FC町田ゼルビア	町田	町田GIONスタジアム	2012※
J1	川崎フロンターレ	川崎F	等々力陸上競技場	1999
J1	横浜F・マリノス	横浜FM	日産スタジアム	1993
J1	横浜FC	横浜FC	ニッパツ三ツ沢球技場	2001
J3	Y.S.C.C.横浜	YS横浜	ニッパツ三ツ沢球技場	2014
J1	湘南ベルマーレ	湘南	Shonan BMWスタジアム平塚	1994
J3	S.C.相模原	相模原	相模原ギオンスタジアム	2014
J2	ヴァンフォーレ甲府	甲府	山梨中銀スタジアム	1999
J2	松本山雅FC	松本	サンプロアルウィン	2012
J3	AC長野パルセイロ	長野	長野Uスタジアム	2014
J2	アルビレックス新潟	新潟	デンカビッグスワンスタジアム	1999
J3	カターレ富山	富山	富山県総合運動公園陸上競技場	2009
J2	ツエーゲン金沢	金沢	石川県西部緑地公園陸上競技場	2014
J1	清水エスパルス	清水	IAIスタジアム日本平	1993
J2	ジュビロ磐田	磐田	ヤマハスタジアム	1994
J3	藤枝MYFC	藤枝	藤枝総合運動公園サッカー場	2014
J3	アスルクラロ沼津	沼津	愛鷹広域公園多目的競技場	2017
J1	名古屋グランパス	名古屋	パロマ瑞穂スタジアム	1993
J3	FC岐阜	岐阜	岐阜メモリアルセンター長良川競技場	2008
J2	京都サンガF.C.	京都	サンガスタジアム by KYOCERA	1996
J1	ガンバ大阪	G大阪	パナソニックスタジアム吹田	1993
J1	セレッソ大阪	C大阪	ヤンマースタジアム長居	1995
J1	ヴィッセル神戸	神戸	ノエビアスタジアム神戸	1997
J3	ガイナーレ鳥取	鳥取	Axisバードスタジアム	2011
J2	ファジアーノ岡山	岡山	シティライトスタジアム	2009
J1	サンフレッチェ広島	広島	エディオンスタジアム広島	1993
J2	レノファ山口	山口	維新みらいふスタジアム	2015
J3	カマタマーレ讃岐	讃岐	Pikaraスタジアム	2014
J2	徳島ヴォルティス	徳島	ポカリスエットスタジアム	2005
J2	愛媛FC	愛媛	ニンジニアスタジアム	2006
J3	FC今治	今治	ありがとうサービス. 夢スタジアム	2016
J2	アビスパ福岡	福岡	ベスト電器スタジアム	1996
J2	ギラヴァンツ北九州	北九州	ミクニワールドスタジアム北九州	2010
J1	サガン鳥栖	鳥栖	駅前不動産スタジアム	1999
J2	V・ファーレン長崎	長崎	トランスコスモススタジアム長崎	2013
J3	ロアッソ熊本	熊本	えがお健康スタジアム	2008
J1	大分トリニータ	大分	昭和電工ドーム大分	1999
J3	鹿児島ユナイテッドFC	鹿児島	白波スタジアム	2016
J2	FC琉球	琉球	タピック県総ひやごんスタジアム	2014

※J2→JFLへの降格に伴い2013年に退会、2014年に再入会(J3参入)。

J3への特別参加枠

カテゴリ	クラブ名	略称	ホームスタジアム	加盟年
J3	FC東京U-23	F東23	未定	2016
J3	ガンバ大阪U-23	G大23	未定	2016
J3	セレッソ大阪U-23	C大23	未定	2016

※ホームスタジアム表記はJリーグ公式によるが、クラブ本拠地・隣接球技場・都府内の中規模競技場などでホーム戦を行う。

Jリーグ百年構想クラブ（2020年現在）

カテゴリ	クラブ名	略称	ホームスタジアム	承認年度	J3ライセンス承認年度
JFL	ラインメール青森	青森	カクヒログループアスレチックスタジアム	2019	2020-
JFL	東京武蔵野シティFC	武蔵野	武蔵野陸上競技場	2016	2020-※1.
JFL	テゲバジャーロ宮崎	宮崎	（新富町に新設予定）	2019	未承認
関東1部	栃木シティフットボールクラブ※2.	栃木C	栃木市総合運動公園陸上競技場	2014	未承認

※1.東京武蔵野シティFCは「5年以内にスタジアムを新設すること」を条件に2020年度J3ライセンス取得。
※2.2018年までの旧名・栃木ウーヴァFC（栃木U）

過去に百年構想クラブだったクラブ

カテゴリ	クラブ名	略称	ホームスタジアム	承認年度	脱退年度
関東2部	tonan前橋	前橋	前橋総合運動公園陸上競技・サッカー場	2013	2019
JFL	奈良クラブ	奈良	ならでんフィールド	2013	2020※

※2015年から2019年までの5年間にホームゲームの入場者数の水増しを行っていたことが発覚。その後、Jリーグ百年構想クラブの解除条件付き失格処分が下されている。

因みにJクラブがない県は、福井県、三重県、滋賀県、奈良県、和歌山県、島根県、高知県、宮崎県の9県。

過去リーグに加盟していたクラブ

クラブ名	ホームスタジアム	加盟年	退会年	退会理由
横浜フリューゲルス	横浜市三ツ沢公園球技場（当時）	1993	1998	横浜マリノス(当時)への吸収合併
Jリーグ・アンダー22選抜	なし（全試合アウェイで開催）	2014	2015	活動終了

過去リーグに準加盟していたクラブ

※準会員となりながら正会員加盟ができずに資格を返上、または申請を取り下げたクラブ。

クラブ名	ホームタウン	承認年	備考
PJMフューチャーズ	佐賀県鳥栖市	1994年	1995年から『鳥栖フューチャーズ』改名するも1997年解散。詳細はサガン鳥栖も参照。
浜松F.C（仮称）	静岡県浜松市	1997年	本田技研工業サッカー部を母体に受け皿となる法人に対して申請したが1997年9月に準会員資格を返上