JR・国鉄の場合
優等料金を徴収しない列車のこと。
したがって、特に都心では必ずしも一番遅い種別ではない。それどころか通過駅が存在する普通もある。各駅停車の項も参照。
言い換えれば、「優等列車」（つまり急行列車）でない全ての列車のこと。急行列車とは優等料金を運賃と別に徴収する全ての列車を指す。
- 例えば特急は「特別な急行」なので「特別急行」、つまり急行の一部であるため普通ではない。かつて国鉄にも準急があったが、同じく「準急行」として急行の一部であった。両者とも特別急行券・準急行券を徴収する。
「普通車」と言うと、グリーン車とかじゃないと解釈されかねない。
快速
快速列車も広義の普通列車である。
基本的に優等料金を徴収しない種別であるため、停車駅が少なくてもこれに該当する。指定席やグリーン車が存在する場合に指定席料金・グリーン料金を徴収するが、あくまで指定席・グリーン車のみの料金であり、同じ列車に自由席があれば料金は徴収されない点で、「優等列車」とは扱いが異なる。
国鉄・JRにとっての快速列車とは「快速運転をする普通列車」の略称に過ぎず（私鉄の快速急行が「快速運転をする急行列車」であるのと同じ）、特別快速などの更なる派生種別もまたその一部に分類される。
客案内上は別路線として運用されるが、路線分類上は同一の場合
現在ではこうした場合停車駅の少ない「路線」に悉く「快速」と名付けているため、首都圏のごく一部でしか見られない現象である。
京浜東北線と、東海道本線・東北本線の一部は並走している状態にあるが、「客案内上での表記」と「路線分類上の扱い」では事情が異なる。
たとえば蒲田駅を例に挙げる。
- 客案内上での表記 - 京浜東北線ホームしかないため、京浜東北線は停車し、東海道線・東北線（上野東京ライン）は「普通」でも通過する。
- 路線分類上の扱い - 京浜東北線は東海道本線・東北本線の線増線と扱われ、他の区間でいう複々線の緩行線と看做される。京浜東北線の停車は「東海道本線として停車するもの」と扱われる。
中距離電車
略して「中電」とも言われる。前述の「東海道線・東北線」の普通もこの中電の一種に含まれる。中電も基本的には普通列車として運用されるが、当たり前のように通過駅が存在し、通過駅に停車するのは「近距離電車」である「各駅停車」が担っていた。
場合によっては中電である「普通列車」は近距離運転の「快速電車」より停車駅が少ない例すら存在した。かつての常磐線においてこの逆転現象が長く続いたが、現在では中電である「普通列車」と近距離の「快速電車」に停車駅差はなく、また「各駅停車」が運行される区間においては中電も「快速」として案内されるためややこしさは緩和されている。
極端に利用の低い駅の通過
こちらは都心よりむしろ地方の駅に見られる現象である。路線内に利用率が極端に低い駅がある場合、一部の時間帯においてその駅のみ通過する普通列車が存在する。通過するのは1つ、2つの場合が多く、「快速」などの種別はつけずにそのまま普通として運行される。
私鉄の場合
殆どにおいて各停=普通と同義であり、ほぼ全ての普通列車が各駅に停車する。しかしながら南海電気鉄道においては今宮戎駅・萩ノ茶屋駅にホームが無い南海本線の列車は「普通」、ホームのある高野線の列車は「各停」と明確に分離されるなど、JRさながらの種別区分を行っている場合がある。
なお私鉄の殆どは有料優等は特急に限られ、急行も快速も優等料金不要種別として運用されるのが普通であるから、普通列車とは専ら「普通列車」という種別を掲げている列車単体に限られる。
