概要
一乗寺賢の体内に埋め込まれていた物質。
賢が秋山遼と2年前にした冒険でミレニアモンを倒した時に体内に埋め込まれた。
暗黒系デジモンの力の糧となる闇の力を生み出す。
前向きな心を持った人間には全く効果のない脆弱なものだが、兄の死により心に影を落とした賢は、暗黒の種の力で頭脳・運動神経が超人並みになるが闇に支配され性格が変わってしまう。
改心後は両親の自分への愛情に気づいたことで種の暗黒の力を防いでいる。
また賢に埋め込まれたものはオリジナルであるためか、上手く賢の身体に適合したらしいがコピーした暗黒の種はそのままにしてしまうと「暗黒の花」が咲き、そのままその身体を蝕む。
及川悠紀夫がコピーした暗黒の種は誘拐された少年少女たちに埋め込まれたのち、闇の力の増大で花が咲き、その花はベリアルヴァンデモンの餌となった。
暗黒の花は精神的な物であるためか人間には見えない。