概要
レッド編のラスボス。それまでブラッククロス四天王などを率いてきたDr.クラインの改造技術により生み出された生体兵器とは別に存在する、軍団を率いる真のトップ。
しかしながら、地響きと共にDr.クラインが行方不明になりいきなり登場するだけなので、全リージョンを支配する野望を持っている以外に詳しいことは一切不明。良くも悪くも古典的な特撮のラスボスとしては相手にとって不足のない人物である。
多数の飛行物体を飛ばしてロケット砲を降り注がせる「ジャッジメントX」、ターン最初に何連撃も打ち込む「首領砲」などの攻撃を行う。以前の首領が展開していた特殊空間「トワイライトゾーン」もいっそうの強化がされている。
I am the real Master of BlackCross.
I control everything.
I rule everyreagion.
You shall die!
リマスター版ではヒューズ編にて強化バージョンと戦うことができる。レッドの物語を追う「ブラッククロス壊滅」では最終ボスが真の首領になるのだが、他のラスボスと違って最強状態になっても特に攻撃が追加されはしない。
しかし、首領砲が最大8連射で盾回避不可能（ディフレクトで回避可能）になっているほか、ジャッジメントXに発動前ターンの何もしない無駄行動がなくなり、多数の状態異常が付加されている。
さらに使用する度に威力が上昇するため長期戦が難しく、状態異常・戦闘不能の両方から戦線を大きく崩されやすくなった。
特に状態異常に混乱が入っているのが厄介で、こちらの指示を狂わせるうえに下手にターン数をかけると破壊力が増して回復が追いつかなくなり、そこに全ラスボス中でも屈指の高HPが重なることによる必然的な長期戦が難易度を押し上げている。
Last Battle -Red-
真の首領戦戦闘曲。作曲者は伊藤賢治。
アルカイザー最後の戦いである。
いかにも特撮ヒーローものを意識した曲で、力強い曲調（正義）とおどおどし曲調（悪）が交互に繰り返される構成となっている。特撮ヒーローが好きな人ならあまりにも「らしい」曲で感心したのではないだろうか。
トワイライトゾーン特有の流れる残像と相まってさながら特撮のクライマックスシーンである。
インペリアルサガ
高難易度シナリオ「キューブルート」の8種あるエンディングのうち5番目のルートの最終ボス。
おおむね原作のレッド編と同じだが、原作では機密事項だった「キューブ」の力を用いて永遠に存在する力を得たため、原作より遥かに強くなっている。
しかし最終的にはIRPOとアルカイザーの協力によって破壊され、キューブも力を使われ過ぎて消滅し、キューブの脅威もブラッククロスの脅威も去った。
しかしその意識は、メカの残存意識が漂う「メカにとっての冥府」へと流れ着き、
単純な思考回路しか持たなかったメカの亡霊たちを手先として使役。
まともなコアの入っていないメタルアルカイザーのボディを乗っ取れば現世に蘇れると考え、すでにレオナルド博士によって修復されていたメタルアルカイザーのボディを、自分のいる空間へと引きずり込んで奪おうとした。
だが、この空間に先に迷い込んでいたルージュや、メタルアルカイザーと共に吸い込まれたかつての部下メタルブラックが同行していたことで、メタルアルカイザーには小此木博士の意識の宿ったコアが宿り、計画はあと一歩のところで頓挫。
彼らによってトドメを刺され、その意識は散り散りに分解された。
