貨物を除く旅客6社（JR北海道、JR東日本、JR東海、JR西日本、JR四国、JR九州）について記す
会社順はいずれも下りの起点駅からとする
※なお直通運転にてJRを跨ぐ路線は含まない。
(JR東日本、東海道線の御殿場線直通やJR東海、飯田線の中央本線直通など。)
3社にまたがるもの
2社にまたがるもの
| 路線 | 境界駅 | 運営するJR会社 |
|---|---|---|
| 山陽本線 | 下関駅 | 西日本、九州（関門～門司間のみ） |
| 中央本線 | 塩尻駅 | 東日本、東海 |
| 関西本線 | 亀山駅 | 東海、西日本 |
| 紀勢本線 | 新宮駅 | 東海、西日本 |
| 高山本線 | 猪谷駅 | 東海、西日本 |
| 大糸線 | 南小谷駅 | 東日本、西日本 |
| 本四備讃線（瀬戸大橋線は通称） | 児島駅 | 西日本、四国 |
| 北陸新幹線 | 上越妙高駅 | 東日本、西日本 |
会社的にも路線的にも新青森駅が境界駅であり、会社間はまたがっていない。
新幹線開業後の青函トンネルの在来線は臨時列車以外の旅客列車が通過することはないが、新幹線開業前に主に青函間の在来線で使われていた「津軽海峡線」は瀬戸大橋線同様の通称で、正式路線名としては中小国駅で津軽線(東日本)と海峡線（北海道）で別れていて、厳密に会社間をまたがっていたわけではない。
会社的にも路線的にも新大阪駅が境界駅であり、会社間はまたがっていない（在来線は神戸が路線としての境界駅）。また山陽新幹線と九州新幹線も同様に博多駅が境界駅となる（在来線は下関が路線、門司が会社としてのそれぞれの境界駅）。
北陸新幹線（金沢以西）
金沢以西の延伸についてはルートや他新幹線との接続などを含めて難航していたが、京都を経て東海道新幹線とは別ルート（松井山手駅経由で、付近に新駅設置予定とされる）で新大阪までの延伸が正式決定されたため、路線内で会社をまたぐことはなくなった。
