元々は詰め将棋のぷよぷよ、とでも言うべきモードであり、予めフィールドに積まれたぷよと落ちてくるぷよ（組ぷよ）をいくつか使って指定の条件（○連鎖する、○匹のぷよを同時に消す等）を達成するモードである。最近の作品では詰め将棋としての要素はあまり無く対戦ルールとして採用されている事が多く対戦相手よりも先に表示される条件をクリアし、一定個数を先に達成した方が勝ちとなるルールとなっている。
MSX&ディスクシステムの元祖ぷよぷよでMISSIONとして採用されたのが最初期である。また、最初からある程度の連鎖が可能になっているものを延長して連鎖数を増やす、というフィーバー以降の連鎖のタネのようなものを使った問題もある。またこの時は指定手数というものは存在しなかった（但しある手数を超えると落ちてくるぷよが1色になりクリア不可能になる）。
その後ゲームギアで発売された「なぞぷよアルルのルー」以降では条件が明確化され「5連鎖するべし」であれば6連鎖はクリアとみなされなくなった。また、指定手数も決められており、その手数まででクリアできなかった場合は失敗とみなされる。
ストーリーを持った作品も存在しており、「アルルのルー」などいくつかの作品はRPG仕立てになっている。
基本的には本編同様にアルル・ナジャが主人公であることが多いが、
スーパーファミコンで発売された「す～ぱ～なぞぷよ ルルーのルー」「す～ぱ～なぞぷよ通 ルルーの鉄腕繁盛記」ではアルルのライバルのルルーが主人公になっている。
また、ストーリーは無いが「なぞぷよエディタ」では何故かシェゾ・ウィグィィがメインキャラになっている。
ぷよぷよSUN以降の作品ではとことんなぞぷよという一人で出てくる問題を次々と解くモードが追加された。ここからは詰め将棋のような要素は無く一から組んでいく事になるし、問題もランダムで出題される。
セガぷよでも一部作品でなぞぷよモードは健在しており、ぷよぷよ!、ぷよぷよ7、ぷよぷよ!!では対戦ルールとしても登場（上述）。またぷよぷよ!!では一人用のチャレンジモードで非常に難しいなぞぷよのようなものに挑戦出来る（5連鎖のタネを10連鎖にせよ、等）。セガぷよの方はこれまででは厳密には判明しづらかった問題も｢以上｣や｢ちょうど｣といった補足がちゃんと追加されたことにより問題の解答が明確化されている（例えば問題が『2連鎖以上』なら3連鎖以上してもOKだが『ちょうど2連鎖』だとこれまでと同様3連鎖以上してはいけないことになる）。
