概要
501JFW所属のミーナ・ディートリンデ・ヴィルケ、ゲルトルート・バルクホルン、エーリカ・ハルトマンの三人は帝政カールスラント出身で、501JFW結成以前からの戦友であり、階級を超えてタメで呼び合う仲である。
第3期9話はこの三人がメインとなる（OVAを除き少しでも関わっていることが多い主人公の宮藤芳佳が全く関わらないという今まででは珍しい回）。
キール港を奪還し、ベルリンを奪還する反攻作戦がいよいよ始まり、故郷奪還に意欲を燃やすミーナ、バルクホルン、エーリカ。しかし、キール港へ向かう途中、バルクホルンはどこか具合が悪そうなミーナに気付く。キール港に到着すると、統合軍西方軍集団最高司令官のジェラルド・S・パットン大将はすぐに戦車隊を率いてベルリンへと進軍。また、キール港でエーリカの双子の妹・ウルスラと再会。彼女が新兵器（というよりも珍兵器）について説明している途中、突如キール近郊で謎の爆撃が発生。ベルリンに向かっていたパットンが爆撃を受けて負傷（しかし、軽傷で担架の上でネウロイに対し怒鳴り散らしていた）する。
後の調査で爆撃は最終目標ネウロイの巣・「ウォルフ」から発射されたロケット型ネウロイで、キール港を破壊することが目的と判明。そのネウロイは最高速度は音速を超えるため、迎撃が困難であった。キール港を守るためにロケット型ネウロイ及び砲台を破壊することになった501メンバーは、ロケット型ネウロイの対策でウルスラが用意した新型ストライカーユニット・Me163「コメート」を使うことに。「コメート」の使用をミーナが志願し、試験飛行も上々の結果となるが、魔法力の消費もいつものストライカーと変わらないはずにもかかわらず何故かミーナは酷く疲労していた。
次の日、ミーナがシャワーをしていたところにバルクホルンが現れ、魔法力の減退が始まっていることを見抜かれる。魔法力の減退を心配するバルクホルンに誰かと代わるべきと説得されるが、ミーナは自分の固有魔法が無ければロケット型ネウロイを倒せないと強い決意の前にバルクホルンは説得を諦める。
その後の作戦会議で、音速に達する前に撃破しなければならず、しかも「コメート」の飛行時間が短いため飛びながら迎撃することが出来ない。そのため、発射した直後を狙うためにネウロイの巣の近くまでいかなければならなくなった。その危険な任務にミーナ、バルクホルン、エーリカ、ウルスラの四人（宮藤も志願したが、まだ魔法力が回復していないため断念する）が行くこととなり、道中ネウロイに見つからないために夜間に慎重に目的地に向かった。
無事に目的地の到着して準備に取り掛かるが、自分達の接近を予期していた「ウォルフ」は予想よりも早くロケット型ネウロイの発射態勢に入り、さらに6話に登場(詳細はエーゲルで)した強力な小型ネウロイが妨害に現れる。準備がまだ整っていない「コメート」を守るため、バルクホルンとエーリカは小型ネウロイと交戦、そして「コメート」の準備が整うとミーナは発進し、発射されたロケット型ネウロイを追撃して見事撃破に成功。
小型ネウロイも撃破され、帰投しようした矢先、なんと新たに数十機ほどのロケット型ネウロイと砲台が出現。このまま全部発射されればキール港は完全に破壊されてしまい、反攻作戦が台無しになってしまう。魔法力の減退と「コメート」の負荷でほとんど魔法力がなかったミーナだったが、決死の覚悟を決めてバルクホルンとエーリカに後を託してネウロイの破壊を敢行。死力を尽くしてすべての砲台を破壊したミーナだったが、力尽きて墜落しネウロイの巣に落ちようとしたが、間一髪でバルクホルンとエーリカに助け出される。
バルクホルンに涙ながらに烈火の如く怒鳴られ、エーリカに呆れられながら「ミーナが悪い」と叱られると、さすがのミーナも二人に謝罪してウルスラの元に帰投した。が、ウルスラが誤って「コメート」の燃料(服に掛かると服だけが溶ける特殊な燃料)をぶちまけてしまい、そのせいで四人の服が解けて全裸となってしまいパニックになってしまう。
終始シリアスな展開で進められていたが、最後の最後でそれをぶち壊す結末となってしまった。
第3期12話では、逃亡する「ウォルフ」を追跡し、高速で逃げる「ウォルフ」に追いつけなかったが、「ウォルフ」を上回る速度を持つ震電で先回りした宮藤がシールドで足止めしている隙を突いて三人で一斉射撃してコアを破壊し、悲願のベルリン奪還を果たす。
