ギドゴジ
ぎどごじ
身長100m、体重60000t。
後述する出来事により容姿は変化しており、前作より巨大化し身長は20m、体重は10000t増加している。これは1950年代頃よりも1990年代頃の核エネルギーが強くなっているからである。
頭部のトサカのような隆起が高い他、胴体は胸筋（と思われる筋肉）が発達している。
ゴジラ抹殺のため未来人によってゴジラの変異前であるゴジラザウルスの状態でベーリング海に転送されるが、転送された海域で沈没したソ連の原子力潜水艦の核燃料を吸収しゴジラとして復活。
その後、ゴジラを復活させてキングギドラに対抗するべく同海域を訪れた帝洋グループの原子力潜水艦「むさし2号」を撃沈しその核エネルギーを摂取して更なるパワーアップを遂げ、前作よりも巨大かつ強大な存在と化した。
むさし2号撃沈後は北海道に上陸し、網走原野にて未来人にコントロールされるキングギドラと対峙。キングギドラの自らの首を利用した首絞めなどに苦しめられるが、コントロールが解けた隙に反撃。一気に形勢は逆転し、キングギドラの中央の首を破壊した上、逃走するキングギドラの翼を熱線で撃ち抜いて海に沈める。
だが問題はその後、残ったゴジラである。キングギドラを倒した後、ゴジラは札幌を襲撃し、更には東京へ上陸。新宿に侵攻し、帝洋グループ本社ビルで、ゴジラサウルスの時に縁のあった新堂と再会する。そして間を置いた後に、熱線で新堂共々ビルを破壊したのだった。
この勢いのままでは最早ゴジラによって日本が滅ぼされる状況となってしまうが、未来人がキングギドラをサイボーグ改造して復活させたメカキングギドラが23世紀から飛来し、新宿副都心を舞台にゴジラとの戦闘を繰り広げる。ゴジラはメカキングギドラと戦い、これに大きな損害を与えるがマシンハンドで捕獲され、最後は限界に達したメカキングギドラと共に海に沈んだ。
しかし死んだというわけではなく、海の中で目覚めたゴジラが咆哮を挙げ、熱線を吐いて暴れる姿を映しながら「ゴジラvsキングギドラ」はエンドロールとなる。
